导读
科学出版的未来会是什么样的？为什么有那么多好的出版想法失败了？本文讨论的是发表后讨论，生物预印本和众包协议存储库 - 三个伟大然而初始阶段失败的想法。
---作者Lenny Teytelman 是www.protocols.io的创始人。
本文由ISE翻译并仅仅提供给ISE客户阅读，不做任何商业用途。
研究人员做的大多数实验都失败了。偶尔发现有意义的结果也是无休止的重复和不断的调整得到的。实验本身的失败不是信息;相反，这是理解为什么某些东西不能奏效，但是可以富有成效。然而，当谈到科学传播中的创新思想时，将失败视为数学证据是常见的，认为某种想法永远不会成功。本文讨论的是发表后讨论，生物预印本和众包协议存储库 - 三个伟大然而初始阶段失败的想法。
发表后评论与讨论
十多年前，BioMed Central（BMC）认识到发表后讨论的重要性。发表前同行评议可以改善手稿和捕获错误，但只有随着时间和其他科学家们的后续工作才能真正显示出版物的结果是强有力并有效的。与印刷版杂志不同，互联网允许读者对发表的论文进行评论。所以在2002年，BMC开发并允许对其所有期刊的每篇文章的评论。这不仅允许出版后评论，而且使读者能够轻易地向作者和其他读者询问问题。公众的回应丰富了原稿，澄清并帮助提高了对作品的理解。
这是一个了不起的想法，但并没有真正抓住本质。2008年Euan Adie分析，经过五年的评论，37,916份BMC论文中只有2％收到了评论1。另外一个创新出版社PLOS几年后采取发表后评论，18％的论文收到评论，其中40％来自论文作者2。这种评论尽管很少仍然有用，似乎远低于BMC和PLOS的期望。怀疑论者从这个实验中得出结论，科学家没有兴趣和时间来评论别人的论文 - 一个合理（我认为）但错误的结论。
对已发表论文评价的一个障碍是科学家不愿意在单独的出版商建立帐户。时间对于研究人员来说是宝贵的，虽然他们用一分钟可以提出一个关于论文的问题，但他们可能需要花费10分钟开立一个帐号。尽管在PLOS注册相对来说比较快而方便，但是任何注册按钮的点击对科学家来说都很谨慎。然而，如果科学家可以在没有创建帐户的情况下进行评论，他们会愉快地进行。因此，他们会在Twitter上对研究文章进行了积极而活跃的讨论。
对已发表论文发表评论的另一大障碍是对评论者带来影响的恐惧。 PLOS和PubMedCommons平台都不允许匿名帖子。图1显示了当在线期刊俱乐部PubPeer开始允许真实匿名时发生了什么。
图1.随着时间的推移，PubPeer和PubMed Commons的每月评论(blog.pubpeer.com/?p=200).。
预印本
值得注意的是，尽管在1990年为物理学家创造了arXiv，尽管物理界热衷于预印，但是当时认为在生物学使用预印本是绝不可能的。普遍的观点是，生物学家与物理学家不同，而且arXiv成功并不具有普遍意义。许多人注意到自然出版集团（NPG）2007年预印本计划的死亡。 NPG尝试对Nature Precedings使用预印，但采用率较低，2012年NPG叫停了该实验3。这也引发了一些人对冷泉港出版社（Cold Spring Harbor Lab Press-CSHL）的bioRxiv预印版的前景的怀疑4。评论家告诉CSHL出版社总经理John Inglis，生物学的预印本根本不可行5。
再次，我们必须询问Nature Precedings失败的原因。NPG是否因为生物学家的行为与物理学家不一样而叫停预印？我们知道情况并非如此。“纽约时报6”和“经济学人7”近期发表文章表明生物学预印本当今很火爆。他们加快科学传播，确保文章的开放获取版本可供选择 - 科学家们喜欢这些。与物理学20年的预印使用相比，生物预印本还处于早期阶段。但bioRxiv中的文章积累正在快速增长（图2）。除了bioRxiv，还有数千种生物预印本在The PeerJ，F1000 Research和figshare。
我对Nature Precedings叫停预印没有内幕知识。我猜测是以下一个或多个原因：缺乏明确的货币化计划（bioRxiv的出版社CSHL是一个非营利组织，并且以社区资源支持bioRxiv）；认识到使用预印本，需要重大的文化转型，需要市场推广和时间；生物学家对支持商业出版社主办的内容平台表示犹豫（再次，CSHL作为非营利组织的一部分，bioRxiv可以成为独立的跨发布者预印资源和倡导者）。
图2.随着时间的推移，bioRxiv中的预印本的累积计数。
众包社区议定书
2012年冬天，阿列克谢·斯托利亚科克（Alexei Stoliartchouk）和我提出了协议的想法protocols.io - 科学家们可以在某个地方集中分享科学方法。我们想创建一个网站，即使在杂志发表后，也可以将不断调整和校正的科学方法进行分享。
在我们推出protocols.io之前，我的博导Jasper Rine将他的前博士后的学者Chris Yoo介绍给了我。在我来到伯克利前几年，Chris离开了Jasper的实验室，和其他朋友共同创建了bioprotocols.com8。 凭借一百万美元的风险投资，他创建了我和阿列克谢10年后想创建的协议库。 Bioprotocols.com失败了。我强烈怀疑Jasper安排我与Chris的会面，是因为他认为Chris将会分享给我他公司失败的原因清单。事实上，我得到了这个名单，我也得到了Chris热心的承诺，他会竭尽全力帮助我们创建protocols.io，并确保他的梦想取得成功。
很少有人知道bioprotocols.com，但很多人都知道OpenWetWare（OWW）和Nature Protocol Exchange - 这两种都是开放获取社区资源共享协议。两者都提醒我无数次protocols.io不会取得成功。与预印本一样，OWW和Protocol Exchange面临的问题似乎证明生物学家不会在这样的平台上分享他们的方法的细节。与bioRxiv一样，我们在protocols.io的早期阶段，但从下图中的增长来看，很难认为生物学家不需要这个，也不会花时间公开分享他们的方法。
图3.公共方法在protocols.io的累积增长。
每个研究人员未能重现某人的出版结果，都要问：“发表的结果是错的吗？我搞砸了吗？还是我的应用中的细胞系，应变或一些细节的差异？“了解为什么一个好的实验失败是很关键和有益的；一个失败创意错误原因的推断是科学传播创新的严重障碍。
References
1 Adie E. Who comments on scientific papers—and why? Nascent, July 22, 2008. http://blogs.nature.com/nascent/2008/07/who_leaves_comments_on_scienti_1.html.
2 Adie E. Commenting on scientific articles (PLoS edition). Nascent, February 11, 2009. http://blogs.nature.com/nascent/2009/02/commenting_on_scientific_artic.html.
3 Oransky I. Tracking retractions as a window into the scientific process: Nature Precedings to stop accepting submissions next week after finding model “unsustainable.” Retraction Watch, March 30, 2012. http://retractionwatch.com/2012/03/30/nature-precedings-to-stop-accepting-submissions-next-week-after-finding-model-unsustainable/.
4 Kaiser J. New preprint server aims to be biologists’ answer to physicists’ arXiv. Science, November 12, 2013. http://www.sciencemag.org/news/2013/11/new-preprint-server-aims-be-biologists-answer-physicists-arxiv.
5 Kaiser J. BioRxiv at 1 year: A promising start. Science, November 11, 2014. http://www.sciencemag.org/news/2014/11/biorxiv-1-year-promising-start.
6 Harmon A. Handful of biologists went rogue and published directly to Internet. New York Times, March 15, 2016. http://www.nytimes.com/2016/03/16/science/asap-bio-biologists-published-to-the-internet.html?_r=2.
7 Economist. Taking the online medicine. Economist, March 19, 2016. http://www.economist.com/news/science-and-technology/21694990-old-fashioned-ways-reporting-new-discoveries-are-holding-back-medical-research.
8 DeFrancesco L. BioProtocol, a web-based collection of protocols, is launched. Bioprocess Online, May 4, 2000. http://www.bioprocessonline.com/doc/bioprotocol-a-web-based-collection-of-protoco-0001.
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