Pipeline Pilot 创新科学工作流平台

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创腾科技专注于生命科学和材料科学领域信息化的开拓与创新。通过 AI 及移动互联技术，我们为广大用户提供：计算模拟与数据建模、科研创新及质量合规等全方位的信息化解决方案，全面提升企业的研发效能和数字化转型价值。在中国，已有千余家生命科学和材料科学领域的机构选择了创腾科技的产品和服务，包括国内知名的制药企业、新药研发合同服务企业、石化企业以及高校、科研院所。
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Pipeline Pilot™ 强大的信息整合和流程定制的科学平台
BIOVIA Pipeline Pilot 是一个图形化的科学创新应用平台，通过实现科学数据的自动化分析，让用户能够更好更快地获取企业内部资源，以及可视化、可定制的研究结果报告，从而优化科研创新流程，提高工作效率，同时降低研究和 IT 的成本。通过 Pipeline Pilot，用户不仅能够整合和挖掘杂乱无章的海量研究数据，自动化数据的分析流程，而且还可以实现企业级的研究成果快速分析、可视化与共享，提升大范围的协作能力。

Pipeline Pilot 既支持简单的数据格式（文本和数字），又支持复杂的科学数据类型（图像、化学结构和生物序列）。科学的广度与深度，再加上 Biovia 公司广泛的合作伙伴，使得 Pipeline Pilot 能够满足众多研究性工业的各种需求，包括制药、生物技术、材料科学、个人消费品、石油、翔气、汽车、航空航天、能源和国防。

Pipeline Pilot 优化研究创新周期：为科学数据分析（绿色）提供专业的分析工具；实现数据准醐数据采集工作（蓝色）的自动化和标准化。让科学家和工程师能够将更多的时间和精力投河真正研究工作中，从而更多地产生知识创新。

■ 通过 Pipeline Pilot ，用户可以
・通过利用已有的研究成果和自动化日常的数据采集和分析过程，更快地完成研发项目，速度通常可以提高 10 倍，甚至更多。
・通过在单一环境中快速整合和处理来自多重研究领域的海量结构性和非结构数据，发现隐藏在数据里面的知识。
・把最佳的方法和流程封装并部署在团队内部，以确保在整个研发团队内的兼容性和协作性。
・根据建立用于发现的模型进行预测，减少直接的研发费用。
・基于标准技术和广泛接受的科学方法，快速建立和部署高质量的科学解决方案。
・根据实时报告得到更好更快的实验结果，从而提高决策能力。
・通过整合不同软件工具和数据库来提高软件的应用能力。

强大的数据处理能力
Pipeline Pilot 能够图形化地定制符合您的要求的数据管理和信息挖掘等科研工作流程。Pipeline Pilot 中包含了上干个不同功能的组件 ( Components )，您可以根据自己的需求，将其组合成不同的数据处理流程 ( Protocols )，实现各种功能，如数据检索和处理，化合物各种性质的计算、筛选与显示等。Pipeline Pilot 平台还提供了 Web 服务层接口，允许您将建立的数据处理流程部署在服务器上，通过 Web 向外界提供服务。

Pipeline Pilot 拥有强大的数据处理引擎和灵活的架构，这使得它能完美地解决研发机构面临的众多难题。Pipeline Pilot 具有以下功能：

・对文本、数字和包括化学结构、生物序列和科学图像在内的复杂数据结构进行数据管理、分析和生成报告。
・对工程师、开发人员和领域专家来说，Pipeline Pilot 是一使速的应用开发环境，它帮助收集用户需求并将之模型化，从而直接形成一个最终的产品系统。
・提供可用于数据检索、处理、过滤和显示的可配置组件。
・使用标准技术来构建自定义组件，这些标准技术包括 SOAP/Web Services、Perl、Java 和命令行方式。
・提供一个灵活的、可配置的、面向服务的架构。
・提供大量已由实践检验的科学组件和最佳工作流，这些组件和工作流涵盖了众多的科学领域。
・能够整合第三方应用数据库和已有的常用科学工具，包括微软 SharePoint、微软 Office 应用程序、化学制品注册数据库、图像数据管理系统、在线数据库 ( 如 PubMed 和 PubChem )、专利数据库、RCSB ( 生物序列数据和蛋白质结构 ) 和 BLAST ( 序列数据库 )。 Pipeline Pilot 的开放式架构使得它能够整合大量其它的第三方数据资源，包括 ODBC、JDBC 或网络服务兼容的那些资源。

灵活的数据与应用程序整合能力
Pipeline Pilot 通过一系列的标准化技术，能帮助您将各种不同格式的数据，如内部数据库，文档或任何从企业中获得的数据组织成统一有序的信息，为您的决策提供有力依据。对于科研工作者，Pipeline Pilot 还可以读取各种通用格式的化学、生物序列、文本、图像和数字信息并对它们进行实时的分析。同时，通过 SOAP、Perl、Java、VB Script 和命令行等方式，研究人员可以把工作相关的第三方软件整合成为新的组件，建立更符合自己科研习惯和要求的数据处理流程，这些新组件将被自动整合为系统模块组件的一部分，能以系统原有组件相同的方式与其他用户共享使用。

zui佳流程的共享和部署能力
在 Pipeline Pilot 中，可以对数据处理流程实现自动获取，注释和版本编号，还可以方便地将建立的数据处理流程发布给其他研究人员，实现流程共享，使得团队合作开发变得更加方便。为了进行更广泛的交流，您甚至可以将您的数据处理流程通过 Pipeline Pilot 的 Web 接口发布到网络上，提供基于浏览器的使用方式，供更多人的交流和使用。

可定制的报告和网络应用的开发能力
在 Pipeline Pilot 中，可以使用表格、图表、图片和文字等定制数据报告，对数据分析和数据挖掘过程进行总结和展示，并按照您的意愿设计合适的报告布局和报告内容，从而更深入地解释所获得的结果。您在同一张报告中使用表格、图表和图像，可以从不同的视角上观察同一份数据，或使用不同的方式对不同来源的数据进行相互比较，从而得出合理的结论，为最终决策提供依据。您还可以使用多种格式输出报告，包括 HTML、PDF、Word 和 PowerPoint 。

为了让您的报告更加生动，您可以在其中加入 Web 交互元素，如报告内加入超链接，各种信息提示等。您甚至可以将几个数据处理流程整合成为一个网络应用程序，由最终用户来决定显示哪些数据和用哪种方式来显示数据，而不需要最终用户设计任何数据处理流程。

系统架构和客户端类型
Pipeline Pilot 采用灵活的系统架构，其服务端支持 Windows 和 Linux 平台，并可以按 Client / Server （客户端 / 服务器）和 Browse / Server （浏览器 / 服务器）两种模式来部署，使得各种流程和任务能够方便地跨平台（ Windows/Linux ）运行。

Pipeline Pilot 拥有两种不同的客户端使用模式和界面：
• Pipeline Pilot Professional Client
Pipeline Pilot 专业版客户端能够使用 Pipeline Pilot 所有功能。在该客户端模式中，您可以创建和修改工作流来满足特定的要求，并可以将开发出来的流程发布给其他人共享使用。基于专业版客户端，用户还可以用来创建全新的组件，或者在已有的组件上进行修改，来满足科研及数据分析的需求。

• Pipeline Pilot Webport Client
Pipeline Pilot 网页客户端允许您通过浏览器即可轻松地浏览和使用 Pipeline Pilot 中已发布的数据处理流程，并根据自己的需求设置合理的参数，从而完成相应的数据分析。Pipeline Pilot 的网页客户端使您可以在多种 Web 环境下使用 Pipeline Pilot ，如常用的浏览器，Microsoft SharePoint ，RSS feeds ，网页链接，以及用 SDKs 所开发的任何定制化客户端。

拓展和提升 Biovia 应用程序的能力
Pipeline Pilot 不仅是提升个人和团队工作效率的有力工具,同时也可以用于扩展和提升各种 Biovia 应用程序的应用能力，如 Insight ，Insight for Excel，Workbook ( ELN )，Notebook 和 EKB 等。大部分 Biovia 应用程序都提供有相应的接口，使得 Pipeline Pilot 可以为其提供数据分析服务，如生成分析图表或者是完整的报告，从外部文件、数据库和网络资源中加载数据，与其他应用程序和工具的整合等等。Pipeline Pilot 的强大的科学数据分析处理能力为这些程序的应用能力拓展提供了无限可能。而且这种集成往往是无缝的整合，最终用户通常感觉不到他们正在运行的 Pipeline Pilot 流程。

Pipeline Pilot 的主要科学模块和说明如下
Pipeline Pilot 组件是构成科学信息平台的一个一个 "积木" ，它们被按照科学领域或功能进行分类。研究人员、开发人员和 IT 专家通过这些为数众多的组件既能执行待定的科学分析，也可以进行常见的数据处理。他们以可视化的方式搭建分析流程，从而实现数据检索、筛选、分析和生成报告等功能。

谁将从 Pipeline Pilot 中收益 ?
化学家
提高关键研晚开翅程的效率,包括化学制品的注册、筛选和数据分析。
更容易和有效地访问、分析和展示化学制品信息。
在一个灵活的环境下进行强大的特定化学分析和报告。
管理化合物列表，收集相关信息，通过我们的 MedChem 应用案例进行分析和纯化

生物学家
解决从生物疗法到转化型研究多个生物科学领域的问题。
提高了知识共享、决策和工作能力。
可以对所有和图像相关的数据进行加强、整合、分析、分类和政报告。
通过 Accel rys 的 Biologies Registration system 进行注册、鉴定、更新、追踪、关联和查询已有的生物制品。

信息学家
数据流的拖放操作方式使得直接地调试和迅速部署流程成为可能。
与统计工具的紧密结合提高了预测结果的可靠性。
提高用户数据模型的质量。

IT 和开发人员
在一个科学信息平台上整合自己开发的和商业的应用程序。
能读取和分析所有的科学数据格式。
快速建立和部署网络应用服务。

■ Chemistry 化学
• Chemistry Component Collection
Chemistry 模块提供了多种对化合物的筛选和学习方法，实现化合物的性质计算、分析和处理等功能，并能将您的化合物与其他数据库中的化合物进行对比，发现其中性质独特、结构新颖的分子。另外还能快速枚举和分析组合化学的反应产物，识别一系列化合物中的公共子结构，实现第三方处理程序与 Pipeline Pilot 的无缝连接，自动执行对化合物的全部分析过程。该模块支持绝大多数的工业标准化学格式，包括来自 MDL 的 MOL、SD、RG、RXN、ISIS ，来自 Daylight 的 SMILES、SMIRKS、MARTS. TDT ，以及常用的 MOL2 等各种表达化学结构的文件格式，并可实现各种格式之间的转化。

通过 Chemistry 模块，用户可以：
• 兼容大部分工业标准化学数据格式
• 计算众多的分子属性和指纹
• 标准化和处理分子结构
• 通过反应和 RGroup 枚举组合化合物库
• 枚举产生生物等电体库
• 使用 Perl 和 Java 工具包来创建新的化学组件
• 多个化合物库的标准化和比较
• 子结构和相似结构检索
• 化合物的聚类分析和多样性分析
• SAR 分析和最大公共子结构检索

• ADMET Component Collection
ADMET 模块能够计算化合物在生物体内的吸收、分布、代谢、排泄和毒性特征，包含的模型有：人体肠内吸收预测模型、水溶性预测模型、血脑障碍渗透性预测模型、血浆蛋白结合率预测模型、细胞色素 P450 2D6 抑制率预测模型和肝毒性预测模型，此外，本模块还能够预测已知药物的代谢产物。

通过 ADMET 模块，用户可以：
• 快速计算化合物的 ADMET 性质
• 排除 ADMET 特性不佳的化合物
• 在合成之前，评估用于提高化合物 ADMET 属性的纯化方法
• 在化合物分析报告里整合 ADMET 属性、实验和其它计算属性

■ Biology 生物
• Gene Expression Component Collection
Gene Expression 模块在开源软件 BioConductor 的基础上，实现了基因表达实验的数据处理、可视化、分析、标记和报告生成等一系列功能。利用 Pipeline Pilot 的图形化数据处理流程设计能力，与 BioConductor 引擎相结合，可建立复杂的工作流程，同时也可将基因表达分析与 Pipeline Pilot 的其他功能的联合，如序列分析、文本分析和报告生成等，以完成更复杂的工作，而这一切都无需任何编程工作。

通过 Gene Expression 模块，用户可以：
• 分析和注释基因表达实验
• 无需编程和熟悉 R 语言，就能够使用 BioConductor 工具
• 很容易地创建用于比较不同分析方法的流程
• 整合 R/BioConductor 和其它的 Pipeline Pilot 模块的分析，包括 R Statistics 和 Sequence Analysis 模块
• 创建包含 R 产生的图表和 Reporting 模块分析结果在内的综合分析报告
• 下载和分析 GEO 数据集

• Sequence Analysis Component Collection
Sequence Analysis 模块通过 180 多种的序列分析组件提供了一整套的生物信息学工具，将模块化工具与图形化的设计方式结合，实现对蛋白质和核酸的序列的注释和特征分析，序列搜索和比对，产生引物和扩增子，siRNA 设计，发现限制性酶切位点等功能。同样，本模块可以通过 Java 和 Perl 建立新的组件来扩展系统功能，或通过与 EMBOSS 整合而实现功能的扩展。

通过 Sequence Analysis 模块,用户可以：
• 自动化新序列数据的常规分析
• 跨物种比较基因和基因组
• 在分析瞧中整合用户的算法
• 执行 ClustalW、Muscle、HMM 和 BLAST 分析
• 设计 siRNA 分析牌
• 在分析流程中整合 E-Utilities 和 Entrez 查询功能
• 和其它模块结合进行更复杂的

• Mass Spec for Proteomics Component Collection
Mass Spec for Proteomics 模块提供了一系列对基于生物质谱的蛋白组数据处理工具，可以对来自质谱实验的数据进行读入、输出、显示、处理、分析、比较和发布。可以和 Sequence Analysis 和 Gene Expression 模块进行连用做其他实验数据的分析以及生物标记的识别和验证。

通过 Mass Spec for Proteomics 模块，用户可以：
• 读取多种数据格式，.RAW*、.wiff、SEQUEST DTA、 ANDI (netCDF). Mascot MGF、或 mzXML 文件
• 以多种形式查看用户数据，比如交互式的色谱图、2D 质谱运行图、扫描图、峰值图、保留时间草图和热图
• 使用 X！Tandem 进行蛋白质成分鉴定
• 使用 XCMS 提取、鉴定和比对不同图谱间的峰值
• 以 web port 交互式的方式发布分析结果
• 计算 2 个样本中蛋白丰度的 ASAPRatio 值

• Next Generation Sequencing Component Collection
Next Generation Sequencing （NGS）模块让用户能够分析和解析目前大多数高通量测序仪产生的大量数据集。基于强大的 Pipeline Pilot 平台，NGS 模块带来了很多专门分析 NGS 数据的组件和流程，功能涉及序列拼接、reads 定位、RNA- seq 数据分析、多态性与结构差异查找以及 reads 筛选等多个方面，还可以整合其他更多的 NGS 程席和算法，一起构建 NGS 信息化平台。

通过 Next Generation Sequencing 模块，用户可以：
• 通过简单的鼠标拖放操作创建和执行整套的新数据处理流程
• 通过定制的交互式网页报告来评估分析质量和覆盖率
• 为任何知识库添加属性，比如基因和 dbSNP 入口号
• 通过 BWA、Bowtie 或 mapreads 比对 reads
• 通过 Velvet 执行 de novo 拼接
• 查找 SNP、插入、删除和拷贝触化等信息
• 浏览用户实验的比对分析统计结果

■ Life Science Modeling & Simulation 生命科学建模和模拟 *
• Catalyst Collection（药效团）
Catalyst 模块提供了一整套药效团建模和 3D 分子数据库筛选工具。Pipeline Pilot 整合了著名的药效团软件 Catalyst，从而简化了药效团的建模和分析过程。通过该模块，用户可以轻松实现基于 Catalyst 的化合物 3D 构象的生成、创建 3D 数据库、产生药效团模型和进行虚拟筛选等功能。

• CHARMm Collection（分子模拟）
CHARMm 模块整合了著名的分子动力学引擎 CHARMm，CHARMm 的开发者 Martin Karplus 获得了 2013 年的诺贝尔化学奖。
CHARMm 模块使得 Pipeline Pilot 的应用能力得到进一步拓展，使其可以用来模拟生物分子，能为蛋白质、核酸、小分子和蛋白质配体复合物进行稳定而又准确的分子力学和分子动力学模拟。

* Life Science Modeling & Simulation 的模块通过 Discovery Studio 中提供，更多模块功能和细节信息请参考 Discovery Studio 的相关资料。

* 欲了解更多 Pipeline Pilot 的主要科学模块和说明信息请参考 Pipeline Pilot 的技术资料，可进入创腾科技官网咨询更多详情。