免疫系统的功能是保护动物体不受外来物和传染性微生物影响。它对病原体发生特异性反应并且对之前接触过的致病原具有长期记忆功能。免疫系统包括两个功能组成部分:
 

非特异性防御 (固有性或非适应性免疫系统)

特异性防御 (适应性免疫系统)
 

非特异性防御可通过各种物理、生化和细胞屏障(皮肤、粘膜、溶菌酶、补体和吞噬细胞)来阻止许多致病原侵入和扩散。其不会因为重复感染相同致病原而得到加强。
 

特异性防御可用于抵抗并清除有害物。适应性免疫系统包括各种细胞和分子，其中淋巴细胞和免疫球蛋白是关键组成部分。淋巴细胞合成细胞表面受体或分泌与外来分子发生特异性结合的蛋白。这些分泌的蛋白被称为抗体。凡可与抗体结合的分子皆称为抗原(抗体产生器)。“免疫球蛋白”一词可与“抗体”交换使用。

 

抗体反应

抗体与抗原的相互作用形成了所有免疫化学技术的基础。抗体中与抗原反应的区域被称为抗体结合部位。抗原中与抗体作用的区域称为表位。亲和力是衡量表位与抗体结合强度的指标。亲合力是衡量抗体与抗原复合物的整体稳定性的指标。
 

淋巴细胞不断从骨髓的祖细胞产生。可将淋巴细胞分为三个基本类型来说明免疫系统的大部分功能：

B 细胞

细胞毒 T 细胞 (TC 细胞)

辅助 T 细胞 (TH 细胞)
 

适应性免疫反应可由体液或细胞介导。B 淋巴细胞在辅助 T 细胞的辅助下介导体液免疫反应。细胞介导性免疫反应包括使细胞毒 T 细胞与外来细胞或感染细胞相结合，然后将这些细胞溶解。辅助 T 细胞也参与了细胞介导性免疫反应。
 

所有三种淋巴细胞均携带有可与抗原结合的细胞表面受体。免疫系统的特异性表现在一种细胞只能识别一种抗原。所有的抗原受体均为糖蛋白并且这些过程确保了任何一种细胞内都只能合成一种受体。
 

抗体反应是巨噬细胞、T 淋巴细胞和 B 细胞之间一系列作用的结果。抗原提呈细胞（APC，即巨噬细胞、朗格汉斯细胞、树突细胞、淋巴结和单核细胞）首先吞噬抗原，然后在胞内将抗原部分降解。抗原片段与名为 MHC II（主要组织相容性复合物）的细胞表面糖蛋白结合后，以复合物形式呈现于 APC 表面上。MHC 分子有两类：I 类 MHC 在大多数细胞的表面上表达，II 类MHC 只在抗原提呈细胞表面上表达。这种抗原-MHC II 复合物可促使辅助 T 细胞与 APC 结合，从而造成辅助 T 细胞发生增殖。然后 T 细胞与 B 细胞上的 MHC 复合物结合，造成 B 细胞发生增殖和分化。B 细胞转化为浆细胞而分泌出大量的细微调节抗体。部分 B 细胞则转化为记忆细胞，以便为日后病原体的入侵做好准备。