DIA定量蛋白质组学检测分析
传统的蛋白质组学采用数据依赖采集DDA策略（包括shotgun、Label free、iTRAQ/TMT以及SILAC等）的采集模式为DDA（Data Dependent Acquisition）。在这种模式下，质谱根据离子化的肽段母离子的强度，依次选择N个（一般10-20）强度最大的离子进入串联质谱，进行进一步碎裂，然后经过与模板蛋白质数据库比较确认。这种方法无疑丢失了大量有用的肽段母离子信息。此外，经过二级碎裂的二级谱图，在后期使用软件鉴定中也仅有少量谱图得到解析（约30%-50%），大部分谱图依然得不到有效利用。由于质谱选择离子的随机性，造成鉴定的重复度较低。又由于空间电荷效应的存在，大大限制了分析的动态范围，一些重要的低丰度蛋白得不到解析。
解决方案：
DIA(Data independent acquisition) 技术融合了传统蛋白质组学“鸟枪法”(shotgun)和质谱绝对定量“金标准”选择反应监测/多反应监测（SRM/MRM）技术的优势和特点。在DIA分析中，指定质荷比（m/z）窗口内的所有肽段都经过碎裂；分析重复，直至质谱仪覆盖整个m/z范围。这实现了准确的肽段定量，而不限于分析预先定义的肽段。DIA技术具有全景式扫描、数据可回溯等优势。DIA质谱技术被Nature Methods杂志评为2015年最值得关注的技术。被称为“Next Generation Proteomics”（新一代蛋白质组学技术）。
蛋白质组学研究策略：
蛋白质组学研究策略：
- DIA实验流程
DIA分析流程：
核心仪器简介：
设备名称：Q Exactive™ HF/HF-X
设备简介：
Q Exactive HF/HF-X质谱仪可以更快速更准确的鉴定和定量出更多的蛋白，多肽，脂类，多糖及小分子。Q Exactive HF/HFX系统结合了先进的分段四极高性能母离子离子选择和高分辨率、高精度(HR/AM)超高场轨道Orbitrap质量分析仪，能够提供扫描速度、分辨率、质量精度、谱图质量和灵敏度的优化组合。使用Q Exactive HF/HFX质谱仪可实现用一台仪器进行单次定性，定量及确认分析。
结果交付：
1 完整详细的中英文实验报告
2 定性、定量蛋白质结果统计表
3 样本前处理质控分析报告
4 下机数据质控分析报告
5 结果统计学分析（PCA图，PLS-DA图，火山图，HCA图等）
6 生物信息学分析（GO功能注释、富集分析，KEGG通路注释、富集分析，KOG（COG）分析，STRING-DB蛋白相互作用网络等）
7 后续实验建议
技术优势：
1、重复性大幅度提升 DIA的数据采集模式相比于常规非标定量DDA模式，有更少的缺失值，数据记录更为完整。
2、DIA定量准确性更高 定量方式由通过一级质谱信号定量，升级为由每个肽段通过多个二级质谱峰面积信号进行定量。定量信息更为全面，定量准确性提升，CV值下降
3、实验操作简单，周期缩短 与传统的iTRAQ/TMT/LFQ相比，通过构建DDA谱图库的模式，样本信息采集使用DIA模式，样本无需分馏分上机，极大缩短了每个样品的检测周期。
4、基于Orbitrap的DIA技术的优势 35,000-120,000分辨率采集，对复杂样品定性定量准确度高；质量轴长期稳定地保持在1 ppm，无需内标校正或频繁外标校正，数据更放心、通量更高；Amol (10-18 mol) 级的超高灵敏度，谱图质量高；12-20 Hz 的超快扫描速度，同时保持 amol 级的超高灵敏度：动态范围及线性范围达5个数量级以上；
1、重复性大幅度提升 DIA的数据采集模式相比于常规非标定量DDA模式，有更少的缺失值，数据记录更为完整。
2、DIA定量准确性更高 定量方式由通过一级质谱信号定量，升级为由每个肽段通过多个二级质谱峰面积信号进行定量。定量信息更为全面，定量准确性提升，CV值下降
3、实验操作简单，周期缩短 与传统的iTRAQ/TMT/LFQ相比，通过构建DDA谱图库的模式，样本信息采集使用DIA模式，样本无需分馏分上机，极大缩短了每个样品的检测周期。
4、基于Orbitrap的DIA技术的优势 35,000-120,000分辨率采集，对复杂样品定性定量准确度高；质量轴长期稳定地保持在1 ppm，无需内标校正或频繁外标校正，数据更放心、通量更高；Amol (10-18 mol) 级的超高灵敏度，谱图质量高；12-20 Hz 的超快扫描速度，同时保持 amol 级的超高灵敏度：动态范围及线性范围达5个数量级以上；
送样指南及蛋白组学后续实验建议见附件
应用方向
生物领域各个研究方面，如：
▶ 农林领域：抗逆胁迫机制，生长发育机制，育种保护研究等；
▶ 畜牧业：肉类及乳品质研究，致病机理研究等；
▶ 基础医学、临床诊断：生物标志物，疾病机理机制，疾病分型，个性化治疗等；
▶ 生物医药：药物作用机理，药效评价，药物开发等；
▶ 微生物领域：致病机理，耐药机制，病原体-宿主相互作用研究等；
▶ 海洋水产：渔业资源，海水养殖，渔业环境与水产品安全等；
▶ 生物能源、环境科学领域：发酵过程优化，生物燃料生产，环境危定风险评估研究等；
▶ 食品营养：食品储藏及加工条件优化，食品组分及品质鉴定，功能性食品开发，食品安全监检测等。
▶ 农林领域：抗逆胁迫机制，生长发育机制，育种保护研究等；
▶ 畜牧业：肉类及乳品质研究，致病机理研究等；
▶ 基础医学、临床诊断：生物标志物，疾病机理机制，疾病分型，个性化治疗等；
▶ 生物医药：药物作用机理，药效评价，药物开发等；
▶ 微生物领域：致病机理，耐药机制，病原体-宿主相互作用研究等；
▶ 海洋水产：渔业资源，海水养殖，渔业环境与水产品安全等；
▶ 生物能源、环境科学领域：发酵过程优化，生物燃料生产，环境危定风险评估研究等；
▶ 食品营养：食品储藏及加工条件优化，食品组分及品质鉴定，功能性食品开发，食品安全监检测等。
合作案例：
欧米克斯服务项目：
常规蛋白质组学
常规蛋白质组学
- 蛋白胶条、蛋白条带：双向电泳和SDS-PAGE电泳分离蛋白质混合物，经胶内酶解后用于质谱分析以获得蛋白质信息。
- 蛋白质全谱检测：蛋白混合物酶解成肽段混合物，通过液相色谱分离，串联质谱检测，最后数据库检索匹配，可同时鉴定成百上千种蛋白质。
- 多肽组学：一种全新的多肽提取技术，能更加准确和全面的发现细胞内和细胞间间隙存在的内源性肽，寻找潜在的生物标志物。
- TMT/iTRAQ定量蛋白质组学检测分析：利用多种同位素试剂标记蛋白多肽N末端和赖氨酸侧链基团，经高精度质谱仪串联分析，可同时比较多种样品之间的蛋白表达量。
- DIA定量蛋白质组学检测分析：一种真正全景式的、高通量的质谱技术，同时也大大提高了定量的可重现性。
- Label Free 定量蛋白质组学检测分析：无需标记，操作简单，不受比较样品数限制，适合大样本量的定量比较。
- 相互作用蛋白质组学：通过LC-MS/MS技术对IP、Co-IP、Pull-down等技术得到样本中的蛋白混合物进行鉴定，从而构建蛋白质相互作用谱。
- PRM/MRM靶向定量蛋白质组学：一种高分辨、高精度质谱的靶向定量技术，能够对目标蛋白质/肽段进行选择性检测，从而实现对目标蛋白质/肽段的精准定量。
- 特殊样本蛋白质组学检测：不断优化鉴定技术流程，为您提供稳定性可靠性的膜蛋白、线粒体蛋白、叶绿体蛋白、石蜡包埋蛋白质组学解决方案。
- 石蜡切片定量蛋白质组学检测：可直接处理石蜡切片样本，蛋白提取得率高，充分利用临床积累的病例样本助力生命科学研究。
- 亚细胞器定量蛋白质组学：通过提取细胞内特定细胞器的总蛋白，实现亚细胞蛋白质组学全面分析，为您的科研提供更精准的指导。
- 蛋白翻译后修饰位点鉴定：IP获得目的蛋白，SDS-PAGE分离纯化目的蛋白，在经过LC-MS/MS质谱，数据库检索得到蛋白上的修饰位点。
- 磷酸化蛋白质组学定量检测分析：采用主流的TiO2 / IMAC富集方法，特异性高，富集效率好。
- 泛素化蛋白质组检测分析：通过高分辨率、高扫描速度的质谱，对富集的泛素化肽段进行大规模鉴定。
- N-糖基化蛋白质组修饰检测分析：采用主流凝集素亲和法富集N-糖基化肽段，旨在揭示蛋白质的调节功能。
- 乙酰化蛋白质组检测分析：可用于药物作用靶点、疾病标志物筛选、植物胁迫/抗逆、作用机制等方面的研究。
- 欧米克斯服务特色：
1 质量有保障：客户收到结果前，不收取任何费用。
2 诚心的服务：提供终身售后服务。任何问题，24小时内给出满意解决方案。
3 快速的周期：拥有自建质谱平台，数十台先进质谱仪，最快10个工作日完成项目。
4 丰富的经验：15年经验团队，随时为您提供科学严谨，个性化高性价比的组学解决方案。
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