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生信笔记 1 | 查找 miRNA 结合位点

2021-03-25 10:52

预测 miRNA 结合位点的数据库有很多,小编在做实验的时候用过很多个不同的数据库来预测结合位点。下面小编给大家介绍几个比较权威好用的 miRNA 结合位点预测工具。

>>>TargetScan

网址:http://www.targetscan.org/vert_72/
TargetScan 是一个 miRNA 靶基因预测的网站 , 包括了人(TargetScanHuman),小鼠(TargetScanMouse),果蝇(TargetScanFly),线虫(TargetScanWorm),斑马鱼(TargetScanFish)共 5 个物种的 miRNA 靶基因结果。新版本为 release 7.2,2018 年 3 月更新。

输入步骤依次为:1、选择物种;2、输入你需要的 gene symbol 或者 miRNA 名,例如本次输入“miR-9-5p”;3、点击 Submit 确定。结果如下:


结果显示的表格就是 miR-9-5p 预测到的靶基因,我们可以点击 Download table 来下载整个结果。之后我们选择我们需要的靶基因点击 Sites in UTR,结果如下:

 

就可以看到结合位点以及其他参数。同样可以下载整个表格。

>>>starBase

网址:http://starbase.sysu.edu.cn/

starBase 是由中山大学设计的一个整合多个数据库的寻找结合位点的网站。

在主页面,我们选择 miRNA-Target→miRNA-mRNA,进入如下界面:

预测 miRNA 结合位点的数据库有很多,小编在做实验的时候用过很多个不同的数据库来预测结合位点。下面小编给大家介绍几个比较权威好用的 miRNA 结合位点预测工具。

>>>TargetScan

网址:http://www.targetscan.org/vert_72/
TargetScan 是一个 miRNA 靶基因预测的网站 , 包括了人(TargetScanHuman),小鼠(TargetScanMouse),果蝇(TargetScanFly),线虫(TargetScanWorm),斑马鱼(TargetScanFish)共 5 个物种的 miRNA 靶基因结果。新版本为 release 7.2,2018 年 3 月更新。

 

我们可以看到还有很多不同的数据库可以查看结果,我们可以根据需要选择不同的数据库进行比较,得出心仪的结果。

 
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