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COVID-19 核酸检测、机理研究及药物研究方案浅析

2020-12-30 10:27

2019 年 12 月,中国湖北省武汉市陆续报告了几例病因不明的肺炎。在这种肺炎的早期阶段,会出现严重的急性呼吸道感染症状,一些患者迅速发展为急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome, ARDS)、急性呼吸衰竭和其他的严重并发症。

2 月 11 日,世界卫生组织总干事谭德塞博士在例行新闻通报会上宣布了由新型冠状病毒引发的疾病的正式名称:2019 冠状病毒病,英文缩写 COVID-19 (Corona Virus Disease 2019)。COVID-19 病毒属于冠状病毒,冠状病毒属的病毒是具有囊膜、基因组为线性单股正链的 RNA 病毒,是自然界广泛存在的一大类病毒。冠状病毒具有包膜结构,包膜上存在棘突,不同的冠状病毒的棘突有明显差异。

自疫情爆发以来,多家公司和研究机构都陆续开展了针对 COVID-19 的各项研究,包括致病机理、传播途径、流行病学分析以及药物和疫苗的研发,并逐渐取得了一些进展。然而国内多地出现的零星病例,以及英国等国家出现的变异新冠病毒相关确诊病例都在提示我们全球疫情的严峻性,亟需有效的疫苗或药物用于疫情的防控和治疗。

COVID-19 核酸检测
新型冠状病毒的检测方法主要包括核酸检测、抗体检测、抗原检测等,目前较多采用核酸检测和抗体检测两种方法。在《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第六版)》确诊病例要求中,新冠病毒核酸检测(RT-PCR)被认为是确诊感染的 “金标准” 之一,具有早期诊断、灵敏度高、特异性高等特点。根据《新型冠状病毒感染的肺炎实验室检测技术指南(第四版)》,新型冠状病毒的 ORF1ab 和 N 基因区域是推荐的核酸检测靶点。
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COVID-19 机理研究
准确了解新冠病毒的基础结构和致病机理对于治疗和防控疫情都具有重要意义。冠状病毒颗粒包含 4 个主要结构蛋白,分别是刺突蛋白(S),膜蛋白(M),囊膜蛋白(E)和核衣壳蛋白(N)。S 蛋白参与受体识别和膜融合等病毒感染过程;E 蛋白参与病毒的组装和释放并与病毒的致病性有关,它与 M 蛋白的相互作用对病毒出芽过程起重要作用;M 蛋白主要参与病毒组装,促进膜弯曲 (curvature) 以及结合至核衣壳 (nucleocapsid) 上;N 蛋白是所有结构蛋白中诱导免疫反应最强烈的蛋白。其中 Spike 蛋白是冠状病毒疫苗、治疗性抗体和诊断方法的关键靶标,N 蛋白是冠状病毒血清学检查最为合适的抗原。近日,英国报告的一种新型变异的新冠病毒存在的 17 个特殊突变中,最重要的就是刺突蛋白(S)中 RBD 区域的 N501Y 突变,这将导致变异毒株的传染力提高了 71%。

年初,中国科学院武汉病毒研究所石正丽团队研究成果证实新型冠状病毒 COVID-19 可以通过血管紧张素酶 II (ACE2) 受体感染宿主细胞。ACE2 在人体很多器官、组织中都有,包括呼吸道上皮细胞,特别是肺泡的上皮细胞。所以肺就成了新型冠状病毒的主要入侵部位。因此针对 ACE2 的研究对于了解新冠病毒的致病机理和药物研究至关重要。
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COVID-19 药物研发
除了疫苗外,针对新冠肺炎的治疗药物目前也在加紧研发和筛选当中。主蛋白酶 (main protease, 简称 Mpro),在介导病毒复制和转录中起关键作用,且人体内没有同源蛋白,故 Mpro 主蛋白酶是一个抗病毒药物研发的理想靶点,自 2003 年 SARS 爆发后,已有大量基于 Mpro 结构为基础的抗 SARS 药物的研究。Lopinavir(洛匹那韦) 与 Ritonavir(利托那韦) 等抗 HIV 药物也是作用于类似的蛋白酶靶点,并在临床上得到很好的验证。

在新冠肺炎药物筛查中,很多已知具有抗病毒活性的化合物也再次受到了研发人员的青睐。Ebselen 是 HIV-1 复制过程中衣壳蛋白的小分子抑制剂,主要通过抑制衣壳蛋白两个 α 螺旋折叠区域中的 C 端结构域 (CTD) 的二聚化使 HIV-1 丧失感染宿主细胞的能力,在 COVID-19 病毒感染的 Vero 细胞中,Ebselen 抑制了 COVID-19 病毒关键药物靶点 Mpro,EC50 为 4.67μM;Remdesivir 是腺苷类似物的单磷酰胺酸盐前药、RNA 依赖的 RNA 聚合酶 (RdRp) 抑制剂,2020 年 4 月 10 日发表于 New England Journal of Medicine 的 Remdesivir 临床试验报道了 53 例被确诊为 COVID-19 病毒感染并住院的患者使用 Remdesivir 治疗的情况。有限的临床数据显示,68% 的重症新冠肺炎患者临床症状由于 Remdesivir 的治疗而得到了改善。
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