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合作文章八连发∣二代转录组测序这次也想站C位

2020-07-20 08:46

二代转录组测序作为高通量测序领域的老前辈,不仅低调朴实,而且还天生自带CP感。一提起多组学联合分析,总是少不了二代转录组测序这片尽职尽责绿叶的身影。虽然绿叶当的好,但二代转录组测序也一直有一个“C位梦”~

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转眼2020年已经过半,安诺基因RNA方向合作文章表现依旧亮眼,近期更有合作文章八连发的傲人成绩,二代转录组测序这次终于可以站一下C位啦!小编为大家挑选了其中四篇文章进行详细解读,话不多说,我们赶快开始吧!

表1 安诺基因二代转录组测序近期合作文章

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文章名称:Arabidopsis NUCLEAR FACTOR Y A8 inhibits the juvenile-to-adult transition by activating transcription of MIR156s[1]

发表时间:2020.05

发表期刊:Journal of experimental Botany(IF 5.36)

合作单位:山东农业大学

材料选择:No-0野生型拟南芥株系、NF-YA8-3MYC过表达拟南芥株系

文库构建:普通转录组文库

可借鉴点:使用转录组测序的方法对Y A8超表达株系中表达失调的基因进行筛选,进而对核因子Y A8的作用机理进行探究。

 

研究思路

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研究总结

在高等植物的生活史中,营养生长期到生殖生长期的变化是至关重要的。MicroRNA156(miR156)及其靶基因SQUAMOSA启动子结合蛋白-like(SPL)是营养生长到生殖生长过渡中的主调控因子。随着植株年龄的增长,miR156水平逐渐下降,其表达迅速受到糖的抑制。然而,MIR156基因转录调控的潜在调控机制仍然很大程度上是未知的。本研究发现了拟南芥核因子Y A8(NF-YA8)直接与MIR156家族多个基因启动子中的CCAAT顺式元件结合,从而激活其转录,抑制拟南芥从幼龄期到生殖期的转变。

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图1 NF-YA8通过作用于MIR156抑制拟南芥从幼龄期到生殖期的过渡

 

文章名称:RNA-seq analysis of potential lncRNAs for age-related hearing loss in a mouse model[2]

发表时间:2020.04

发表期刊:Aging-US(IF 5.515)

合作单位:滨州医学院

材料选择:6周龄和1岁的C57BL16J小鼠耳蜗

文库构建:lncRNA文库

可借鉴点:构建合理的动物模型和细胞模型对候选lncRNA进行筛选和验证

 

研究思路

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研究总结

年龄相关的听力损失(AHL)是老年人群的重要健康问题,其分子机制尚未完全阐明。本研究通过转录组测序分析了6周龄和1岁C57BL16J小鼠耳蜗中的mRNA和lncRNA的差异表达情况。结果显示,差异表达的mRNA中,34个基因和听力损失相关,其中29个富集于声音感觉的GO通路。选择11个对上述34个和听力损伤相关的基因有调节作用的lncRNA,使用qPCR的方法验证其在AHL动物和细胞模型中的表达水平。其中lncRNA NONMMUT010961.2的差异最为显著。敲降lncRNA NONMMUT010961.2之后发现,在HEI-OC1细胞中,Ar基因(控制氧化应激和凋亡)和Hgf基因(听力损失)的表达显著降低。本研究表明lncRNA NONMMUT010961.2可能与AHL有关,为AHL的治疗提供了新思路。

 

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图2 6周龄和1岁小鼠中差异表达基因聚类和富集

 

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图3 mRNA-lncRNA调控网络的构建

 

文章名称:The mechanisms in the altered ontogenetic development and lung-related pathology in microcystin-leucine arginine (MC-LR)-paternal-exposed offspring mice[3]

发表时间:2020.05

发表期刊:science of the total environment(IF 5.589)

合作单位:南京大学

材料选择:连续喂养6个月MC-LR(15ug/L)的雄性小鼠精子(5生物学重复)&对照组雄性小鼠精子(5生物学重复)

文库构建:small RNA文库

可借鉴点:候选piRNA的调控和相关作用机制的探究 


研究思路

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研究总结

父系罹患的疾病可能会遗传给他的后代,前人研究表明,微胱氨酸-亮氨酸精氨酸(MC-LR)可引起雄性小鼠睾丸结构损伤和精子质量下降,但父系接受的范围和程度对后代健康的影响尚不清楚。本研究发现被喂养MC-LR的子代小鼠表现出产仔数和体重减少,同时肺部异常情况增加。对喂养MC-LR父系小鼠精子中small RNA进行转录组测序分析,结果显示大量富集于调控胚胎着床途径的靶基因的piRNAs下调。基因和蛋白表达分析以及生化和功能研究显示,喂养MC-LR雄性小鼠的睾丸组织中Hsp90α的表达受到抑制,睾丸组织中Hsp90α蛋白的减少影响了后代的发育,MC-LR改变了睾丸组织中Hsp90α的表达,从而改变了雄性小鼠精子的piRNAs表达谱。这些变化导致子代小鼠肺组织中Wnt/β-catenin信号通路被异常激活,造成肺组织损伤和发育异常。本研究证明了喂养MC-LR可诱导父系小鼠产生表观遗传改变,这种改变可以影响后代小鼠的发育,产生代际发育缺陷。

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图4 MC-LR引起的睾丸损伤导致了Hsp90的低表达进而导致子代肺组织中Wnt/β-catenin通路异常激活

 

文章名称:Intranasal Delivery of Immunotherapeutic Nanoformulations for Treatment of Glioma Through in situ Activation of Immune Response[4]

发表时间:2020.05

发表期刊:International Journal of nanomedicine(IF 4.471)

材料选择:GL261型脑肿瘤小鼠 

文库构建:普通转录组文库

合作单位:暨南大学

可借鉴点:使用转录组测序方法对于新药治疗机理进行探究

 

研究思路

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研究总结

目前一些化疗药物已被证明可诱导damage associated molecular patterns(DAMPs)的释放和I型干扰素(IFN-I)的产生,从而导致免疫原性细胞死亡(ICD)。然而对于胶质瘤而言,其标准化疗药物替莫唑胺(TMZ)不能诱导ICD,因为它不能激活IFN-I信号;此外,通过血脑屏障(BBB)进行免疫刺激的效率低下是诱导大脑局部免疫反应的主要障碍。本研究通过Au-S共价键对AuNPs进行mPEGd-PEI修饰形成Au@PP,它可以通过诱导静电作用与聚肌苷酸-聚胞苷酸(poly(I:C))形成新的寡核苷酸纳米制剂(Au@PP/poly(I:C))。Au@PP/poly(I:C)可以在体外诱导胶质瘤细胞内吞作用,产生I型干扰素(IFN-I)。Au@PP/poly(I:C)+TMZ治疗方案可以显著提高GL261型脑肿瘤小鼠的总生存率。

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图5 转录组测序结果显示不同治疗组的差异表达基因及其富集情况

 

安诺基因在转录组测序方面拥有多样化的产品类型,涵盖了普通转录组测序产品、医学转录组测序产品、lncRNA测序产品、医学lncRNA测序产品、单细胞转录组测序产品、全转录组测序产品等,各类型产品均有丰富的项目经验及物种经验,拥有专业的实验团队、分析团队以及二代、三代测序平台,为大家提供高质量的测序服务,满足广大科研工作者们的研究需求,一切只为助力科研。

 

参考文献

[1] Hang Zhao,Ke Lin,Lin Ma,et al. Arabidopsis NUCLEAR FACTOR Y A8 inhibits the juvenile-to-adult transition by activating transcription ofMIR156s[J]. Journal of experimental Botany,2020 May 23;eraa197.

[2] Tong Zhao ,Xuizhen Liu, Zehua Sun et al. RNA-seq analysis of potential lncRNAs for age-related hearing loss in a mouse model[J]. Aging-US, 2020 Apr 26;12(8):7491-7510.

[3] Xiannan Meng,Ling Zhang,Jiwei Hou et al. The Mechanisms in the Altered Ontogenetic Development and Lung-Related Pathology in Microcystin-Leucine Arginine (MC-LR)-paternal-exposed Offspring Mice[J].science of the total environment, 2020 May 25;736:139678.

[4] Peidi Yin,Huifeng Li,Chao Ke,et al. Intranasal Delivery of Immunotherapeutic Nanoformulations for Treatment of Glioma Through in Situ Activation of Immune Response[J]. International Journal of nanomedicine, 2020 Mar 6;15:1499-1515.

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