作为一个只做湿实验的生物汪，拿到公司给的 RNA-Seq 分析结果时是开心的，然而感觉离 published figure 差一点点，作为精益求精的汪必需要亲自上手。

求教了一下会生信的同学，他说：「R 就可以作图。」

「我不会，我也不想学啊！」

他又说:「Excel 就可以作图，散点图即可。」

哇，既然是散点图，那 GraphPad Prism 就可以做啊！于是我开始了新一轮的用 GraphPad Prism 做火山图的探索（想练手的可以去 GEO 数据库里下载别人发表的数据来一起探索，我就用自己的数据来做示范）。

作图前，我们先有点预期，了解一下火山图该有的模样（大致如下，我们就拿它当模板吧）

图片来源于作者

既然要做图就要有参数。瞅一眼横纵坐标，心中了然，要做图需要两个参数：差倍数及 P 值（或 FDR，或 Padj 值）。在 RNA-Seq 的数据表格中拎出这两组参数（另外，请把 genename 也一道拎出来，后续有用）

1. 作图前的数据预处理

在做火山图前，需要将所获得的基因表达的表格中对应的 P 值及差倍变化（FC，fold change）换算成”-log10P” 和 “log2FC”。

然后将基因名（symbol 或 GeneName）、 log2FC、-log10P 这三列参数单独拷贝到一个新的 excel 表格中备用 (如下图)。

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2. Prism5 处理数据

a. 打开 Prism，新建一个 XY 模式的文件（如下图），选择 “Y: Enter and plot a single Y value for each point” 并点击最下角的 “Create”。

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b. 将数据粘贴到表格中（如下图）。

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c. 粘贴后将 X，Y 的表头改成比较规范的全称（这些表头将出现在未来的图中，也可以直接去 “Graphs” 中修改图中的 X，Y 的 title）

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并将 log 的底改成脚标

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在 Text 里可以修改文字格式，角标 / 脚标 / 斜体等等，然后输入后得到下图。

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d. 数据输入完成后 Prism 会自动生成一个 Graph

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看起来有点火山图的样子了，但是参照一下模板，还差一点点。

3. 细节处理 ——X，Y 轴调整

双击图片的 X 轴或 Y 轴，调出 XY 轴的参数。

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a. 在「Frame and Origin」-「Frame and Grid Line」-「Frame style」的下拉框中选择「Plain Frame」即可将 X-Y 轴去掉，变成「边框」。

点击 Apply （或 OK 键）后会得到以下图。我们点击 Apply 即可。（如果点击 OK，需要再次双击 X，Y 方可调出参数栏）

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b. 如果散点不够连续，如上图在 Y=30-60 之间并没有散点。那么我们将这个 Y 轴变成不连续的两截会让整个图看起来更紧凑美观。

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在 Left Y axis 中将 Y 轴变成两部分：点击「Two segments」，在 Segment Bottom 调节相关参数。

比如我们的散点都分布在 35 一下，那么我们将 Y 轴大部分「70% of axis」的最大值定为 35。图变成这样了。（对应的 Top 部分的参数也会改变，但是我们还需要再自行调节一下）

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以此类推！再调节上半部分，点击点击「Two segments」，在 Segment Top 调节相关参数。因为上半部分的散点较少，我们适当减少 Y 的距离。我们将 Y 轴大部分 “30% of axis” 的最小值定成 70，最大值定为 90，间距变成 10。

c. 调节 X 轴，让图看起来更对称。

如图在 X-axis 中点击去掉自动调节的勾选，这样可以自己调节 X 轴的最大值和最小值（总之你要根据你自己的数据灵活调节好 X-Y 轴的各种参数）。

4. 细节处理 —— 散点处理

双击图片，调出 Graph 的参数界面。在 symbols 中将点的大小改为 1，让每一个点都显示出来（不要堆叠），点击 Apply。

5. 特殊的点的标记

a. 画一条 P=0.05 的分界线（在 Details 中调节这条线的各种参数，如颜色粗细类型）

并将 P 值小于 0.05 的点变成浅灰色，将 P 值大于 0.05 的点变成深灰色。你可以点击没有给散点分别命名每个点的颜色。当然这是不可取的。

我们在原始表格里。框选所有 P<0.05 p="">0.05 的点的颜色也改变。

如图，红线 P=0.05 以下和以上的散点就用颜色区分开了。

6. 特殊点的颜色修改

在某个点上点击鼠标右键，（如图）给想要标记的 symbol 标记不同的颜色。

也可以通过右键选择「Show Row Title」(这就是为什么当初让大家留下 gene name 的参数) 这样可以更直观地表现某个基因在整个表中的位置。

这样我们的 RNA-Seq 火山图就做好了。大家可以自己再调整各种参数，直至满意。