高通量测序—转录组测序服务

服务名称 ：转录组测序

技术简介
转录组指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合。转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是目前研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。转录组测序可以得到特定条件下所有RNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体。高通量的测序技术，可以帮助研究人员获得研究对象基因组转录区域信息，辅助研究人员在全基因组范围内，鉴定转录发生位点，转录边界，可变剪切等。其精确的计数方法更可对基因进行精确的定量分析。RNA-Seq是获取转录组情况的有效高通量试验方法，它不仅可以获取de novo的转录本，也可以同时检测转录本的绝对表达量和差异表达分析，它包括以下几种测序类型：

PolyA-Seq
PolyA-seq是基于真核生物的mRNA 3' 端具有polyA尾结构，采用oligo（T）富集总RNA中的mRNA的建库方法进行高通量测序。PolyASeq适用于mRNA及其他具有polyA结构RNA的研究。

Nascent RNA-Seq
RNA转录活性是细胞活动的基本特征，其变化常常意味着细胞活力的显著变化，以及细胞功能的改变。EU是一种尿嘧啶核苷类似物，能够在RNA转录时间代替尿嘧啶（U）深入正在合成的RNA分子中，通过与叠氮生物素的特异性反应捕捉新生的RNA。这些特异表达的RNA可以进行高通量测序分析，快速准确地分析细胞中各种RNA变化情况，有助于对细胞活动变化的深入研究。

技术特点

任意物种的检测： 无需了解物种的基因或基因组信息，便可直接对任意物种进行最全面的转录组分析。可检测未知基因，发现新的转录本

高精确度： 数字化信号，可精确检测到基因家族中相似基因以及可变剪切造成的不同转录本的单碱基差异

高覆盖度： 新一代高通量测序技术的高深度覆盖，可以检测到低丰度的稀有转录本

服务流程

生物信息学分析内容
有参考基因组序列的转录组

标准信息分析

1. 去除接头序列及低质量reads的处理

2. 测序质量评估

3. 参考基因组比对

4. 全基因组reads分布图谱

5. 基因表达分析

6. 差异基因KEGG生物通路富集分析

7. 差异基因GO功能富集分析

8. 预测新转录本

9. 可变剪切

定制化信息分析

1. time series差异表达

2. 基因融合

3. RNA编辑

4. 新长非编码预测和组间差异分析

5. SNP分析和eQTL分析

6. 基因结构优化及优化基因的表达值计算

7. 蛋白互作网络分析

8. 样品间可变剪切和新转录本的比较

9. 新lncRNA的功能分析(五个lncRNA)

10. 组间差异分析

11. 共表达网络构建(样品数大于10)

无参考基因组序列的转录组

标准信息分析

1. 去除接头序列及低质量reads的处理

2. 测序质量评估

3. 组装

4. Unigene的GO功能注释

5. Unigene的COG分析

6. Unigene的KEGG功能富集分析

7. ORF区域及编码蛋白框(CDS)

8. Unigene表达差异分析

定制化信息分析

1. 差异Unigene的GO功能注释

2. 差异Unigene的COG分析

3. 差异Unigene的KEGG功能富集分析