抗体测序服务

艾柏森生物科技有限公司作为值得信赖的抗体研发服务供应商，拥有专业的技术团队，可为客户提供卓越的抗体测序服务。艾柏森生物打造的全新一代抗体测序平台，基于世界领先的PEAKS AB技术，这项技术还适用于其他亚型和不同形式的抗体，如：IGM，荧光偶联抗体，固定化抗体，不同物种的抗体等。
技术平台
基于质谱的抗体药物一站式平台
样品无需出国序列全覆盖测序保准确
技术优势
BSI 独家授权的质谱抗体测序技术
全球排名前五十大制药公司使用
二十年的专业技术服务团队
技术流程
抗体测序是直接针对抗体蛋白进行从头测序，无需细胞株。BSI授权的质谱抗体测序技术应用多酶解技术，高分辨率质谱和独特数据分析的抗体测序技术。目前，我们的标准程序结合了自上而下和自下而上的质谱技术，确保了每一个氨基酸的正确性和全抗体的序列精度，包括N末端及C末端的修饰和N-连接的聚糖。


服务介绍

服务项目 (Service items)	周期（工作日/个） Time(day)	服务要求 （Service requirements）		价格 （RMB）
抗体蛋白全测序服务 (Antibody   protein complete sequencing services)	5个工作日/单个样品	提供：单克隆抗体样品（理想状态：≥0.1 mg，≥95%纯度）。	获得：全蛋白质序列Ile/Leu区分（可选）；全面的PEAKS   AB报告；原始LC-MS / MS数据（可选）	RMB 45,000
亮氨酸/异亮氨酸甄别(Leucine/isoleucine screening)		提供：纯化蛋白样品（理想状态：≥20 µg，≥95%纯度）&蛋白质序列	获得：通过EThcD质谱进行Ile / Leu区分；PEAKS AB分析报告	RMB 45,000

注：如果您的样品不满足上面列出的所有标准（数量有限，纯度较低或样品混合，稀有物种或工程样品）
或者有任何特殊需求，请与我们联系。我们仍然会根据您提供的样品和提出的需求尽量提供定制化服务。


核心优势
1. 全序列覆盖和保测序准确
我们的抗体测序技术可确保序列的每个位点的氨基酸有超过十种不同的肽段支持，并在氨基酸水平上进行质量控制，确保每个氨基酸在质谱里有强的离子片段峰证据。




2. 完整抗体质量核对
进行重链和轻链的完整质量测定，以确认组装的抗体序列，包括N末端焦谷氨酸修饰，重链C末端赖氨酸离去和N-连接的聚糖。



3. 亮氨酸（L）和异亮氨酸（I）的确定
亮氨酸（Leu）和异亮氨酸（Ile）残基通常被MS认为是无法区分的。由于这种歧义性，很难在两个残基之间进行区分，并且这可能会对抗体的特异性和亲和力的整体表现产生严重影响。在我们的抗体测序服务中，我们使用一种集成策略，该策略结合了：1）EThcD中的w-ion检测、2）酶裂解选择性、3）同源性统计数据，以明确区分Leu / Ile残基。




等重氨基酸测序

与其它基于MS测序方法不同的是，我们可以分辨大多数等重氨基酸复合物
★ W可与GE、AD、SV区分
★ R可从GV中区别出来
★ Q可从GA、K中区别出来
★ N可从GG中区别出来

Figure 1.Workflow of Service


运用DASS技术对V、J、C片段测序

　　目前已有的一些数据库（如NCBI）虽包含抗体V、J、C片段序列，但是在抗体成熟的过程中，一个B细胞中的抗体基因要经过体细胞突变的过程才会产生高亲和力的成熟抗体。
　　我们采用独特的计算方法，并能匹配相应物种的突变肽段，保证每条肽段都会被检测到，且每一个氨基酸位点都会生成20-7-条MS/MS光谱，对最难测序的proline和arginine的肽段也可实现测序。



Figure 2.Sequence coverage is verified with the integrity of the combination of multipleLC-MS/MS datasets


CDR3区测序
　　抗体轻链的CDR3去多由胚系基因编码，而重链的CDR3区则由D基因编码，D基因大部分区域由于受到核酸酶及末端转移酶等重组酶的作用而发生基因重排，导致抗体重链CDR区在数据库中无法进行同源对比，而只能对其进行de novo测序。高质量的质谱数据与高效率的数据挖掘算法的结合，使我们对抗体CDR3区域的解读更为有力，我们可以测得数据库中无同源序列的20kDa的蛋白质。


服务优势


 

保证100%测序准确度 对轻链的测序误差范围在+/-1.2Da，对重链的误差范围在+/-1.8Da	保证VJC、DVJC区域100%覆盖	可对荧光标记单抗、IgMs及其他非传统抗体进行测序	无需杂交瘤，仅需50-100ug纯化的抗体

结果交付
★ MS测定抗体氨基酸序列
★ 超变区分析
★ 数据库辅助序列拼接
★ 精确抗体序列生成
★ Intact Mass序列再确认
★ MS/MS再验证高变位点和CDR3



案例：
Antibody Light Chain

1. Amino Acid Sequence

001	DVIMTQTPLS LPVSLGDQAS LSCRSSQYIV HSNGNTYLEWYLQKPGQSPK	050
051	LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLGVYYCFQGSHVP	100
101	LTFGAGTKLE LKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCFLNNFYPKDIN	150
151	VKWKIDGSER QNGVLNSWTD QDSKDSTYSM SSTLTLTKDEYERHNSYTCE	200
201	ATHKTSTSPIVKSFNRNEC	219

 

2. Intact Mass

Calculated Average Mass (Mc): 24,197.9Da
Measured Average Mass (Mm): 24,197.4Da
Average Mass Difference: Mm – Mc = 24197.4 – 24,197.9 = - 0.5 Da¶
If the absolute massdifference is smaller than 1.2 Da for light chains, we regard it is a match betweenthe calculated and measured averagemasses.

* This figureof the light chain intact mass measurement result is only used forillustration. Some data information is removed.

3. Eptide Mapping at 0.1% of FDR at Peptide-SpectrumLevel

Fragment Ion Confidence:   RED>95%    BLUE>85% BLACK<85%




 

4. Typical Peptides Selected for VariableRegion

 

5. Ile/Leu Differentiation

Note: Themention of Antibody Light Chain as above.