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文献和实验
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提供商 :鹿明生物
服务名称 :TimsTOF pro基于离子烫淌度质谱仪
TimsTOF pro 基于捕获离子淌度的4D-DIA/LFQ/PRM蛋白质组学
引领4D新时代 鹿明生物4D蛋白组学正式上线
案例展示
英文标题:Standardization and harmonization of distributed multi-center proteotype analysis supporting precision medicine studies
研究对象:timsTOF Pro质谱仪 (Bruker Daltonik)
发表期刊:Nature communications
影响因子:12.121
发表时间:2020
运用生物技术: 4D-DIA蛋白质组学
研究背景:
包括蛋白质组学数据在内的精准医学可以为临床诊断提供准确的信息,这就要求蛋白组学分析得到极可能多并且稳定的蛋白质信息,并且要要满足高通量的实验需求。这成为评价蛋白质组学实验体系的金标准。
在10月Nature Communication上发表了基于全球11个实验室的实验数据,展示了基于数据非依赖型采集方法(Data-Independent Acquisition, DIA)的完整工作流程(图1)及其测试结果(1),对来自不同实验室、不同天数的蛋白定性和定量结果进行了比较(图2),并针对卵巢癌组织的结果进行了深入的分析(图3),针对标准品定量的不同实验室结果也进行了比较(图4).
图1 | 完成的HRMSI-DIA工作流程
图2 | 跨实验室定性/定量结果比较
图3 | 卵巢癌组织实验结果
图4 | 不同实验室对标准品定量的结果比较
DIA技术使得蛋白定性定量稳定性大幅提升,随着色谱、质谱硬件相关技术的不断发展,数据的获取变得越来越容易,进而带来的结果是数据量也越来越大,推动精准医学进入了大数据时代,对数据分析的要求和标准越来越高。本文比较了不同实验室,不同天数和不同物种来源的标准品分析结果,证明了DIA技术的稳定性和高数据量,采取了云平台对数据进行分析,为今后精准医学大数据的处理,提供了良好的思路。
温馨提示:
1.对于精准医学研究来说,理想的实验平台是既能稳定而高通量的产生实验数据,又能为科研提供新的思路。通过跨实验室比较,展示了基于QE HF-x质谱平台的DIA工作流程,为精准医学研究,提供了参考方案。
2.剧透剧透,鹿明生物已经引入了刚刚荣获HUPO技术突破大奖的布鲁克公司的TimsTOF pro质谱,为精准医学研究的客户提供更多的选择方案。
欢迎致电鹿明生物,了解更多详情!!
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上海鹿明生物科技有限公司
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