CUT&RUN价格_品牌:-丁香通官网

CUT & RUN（cleavage under targets and release using nuclease），即核酸酶靶向切割和释放技术，是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA复合体的新方法，与传统的ChIP-Seq研究方法相比，该技术无需甲醛进行交联剂免疫沉淀等操作，因此具有快速、所需低细胞量，背景信号低、重复性好等优点，可用于单细胞水平研究。CUT & RUN对于表观遗传、基因调控等领域的研究具有革命性意义。

技术原理

无需用甲醛进行交联剂免疫沉淀，通过针对靶蛋白（如转录因子、染色质重塑蛋白）特异性抗体和特异结合免疫球蛋白G（Protein A）的介导，使与Protein A融合的pAG-微球菌核酸酶（pAG-MNase）切割并释放靶蛋白结合的序列，获得目的DNA片段，并进一步建库测序。

技术应用

1. 挖掘蛋白质—DNA相互作用2. 检测基因组上的组蛋白修饰，鉴定超级增强子3. 检测基因组的开放性、转录因子结合图谱，鉴定超级增强子4. 绘制核小体、RNAPII等蛋白的染色质图谱

技术特点

1. 样本量仅需50万个细胞2. 数据信噪比高，背景低，数据重复性好3. 操作简便，实验操作时间短，仅1天

分析内容

1. 基因组比对分析2. 基因组富集分析2.1 富集区域基本信息2.2 富集区域分布特征2.3 Peak相关基因GO分析2.4 Peak相关基因KEGG分析 2.5 差异Peak相关基因GO，KEGG分析 3. 富集区域motif分析4. 超级增强子分析（H3K27ac抗体、BRD4抗体）

送样要求

样本类型：活细胞，5 x10⁵ 个细胞/样本样本物种：仅限人、大小鼠，其他物种需评估。

表观生物实测数据

图1. TSS附近的reads分布图

*注释：reads分布在TSS附近

图2 TSS附近的heatmap图

*注释：由热图可见，TSS附近reads富集程度

图3 footprinting图

*注释：motif的footprinting可查看motif在各个位置上的切割频率，与峰调用相比，该方法可实现结合位置的更高分辨率映射。切割位点源自通过募集至抗体结合位点的pA-MN融合物染色质切割后产生的单个DNA片段的两端。由于染色质相关的蛋白结合，切割频率较低的区域倾向于受到保护，而没有结合的侧翼区域则显示较高的切割频率，特征性双峰，中心位置反映出motif位置范围

图4：log-odds图

*注释：由log-odds值对数量化了footprinting图中的切割位点，通过log-odds值得分对切割点进行排名，log-odds>5的得分位点可视为直接结合位点。

图5：IGV视图

图6：KEGG富集

参考案例Cell：CUT & RUN技术的低细胞和高灵敏度的表观基因组学[1]本研究方法检测多个转录因子（干细胞相关转录因子OCT4、SOX2和NANOG）、组蛋白修饰、鉴定超级增强子、染色质的开放性效果。CUT & RUN技术将蛋白质-DNA相互作用应用于低细胞量研究；甚至在单细胞研究中，仍然有较高的灵敏度。1. 低细胞用量：CUT & RUN技术分析CTCF 或H3K4me3测序结果：在这两种蛋白已知结合位点处的read可视化，显示10个细胞起始量的测序结果可以展现出类似50万个细胞量的结合位点富集热图。CTCF的结合区更为狭窄集中，而H3K4me3则占据相对宽的区段。而对照组（无抗体组）的热图则没有这种特征。