真菌基因组测序

产品简介
真菌是低等真核生物，包含具有药用价值和食用价值的有益真菌、引发动植物病害的致病菌、模式真菌酵母菌等。因此，真菌基因组的研究对合理利用有益真菌、控制防御有害真菌具有重要的意义。真菌基因组研究主要基于Illumina+PacBio/Nanopore、Illumina+PacBio/Nanopore+Hic测序策略对其进行精准测序。从而获得真菌基因组结构和功能全部基因遗传信息。该测序技术在病原菌研究、耐药性研究、环境适应性研究及发酵工程研究方向均广泛应用。  

产品优势
实验周期短、质量高、数据交付快。
技术人员项目经验丰富，可根据客户需求进行疑难解答
拥有专业的生物信息团队，可提供专业全面穿心的个性化的生物信息分析服务

技术路线


结果展示
真菌基因组基本信息
真菌基因组进行测序后，发表文章都会整理下该菌的基因组的基本信息，基因组大小、Cotig N50、Cotig N90、GC含量等，通过基本信息来了解该真菌并对基因组组装指标进行评估。

真菌基因组Survey
真菌精细图/准完成图正式进行三代测序组装之前，需要进行一个Survey 调研，从而获得基因组大小、复杂程度等基本信息。

基因功能分析
功能注释的通用功能数据库主要有GO、KEGG、KOG、NR、Pfam和Swiss-Prot。将预测基因的蛋白序列与各功能数据库进行Diamond 比对注释。

真菌基因组圈图
真菌基因组circos基因圈图 从外到内的圆圈代表重叠群的长度、基因密度、重复元素含量等基因组全部的信息。

物种进化分析
系统发生树是表明被认为具有共同祖先的各物种相互间演化关系的树。它用来表示系统发生研究的结果，用它描述物种之间的进化关系。

多物种共线性分析与基因复制区域
通过对不同亲缘关系物种的基因组序列进行比较，能够鉴定出编码序列、非编码调控序列及给定物种独有的序列。


常见问题
Q1、真基因组组测序策略是什么？ A：  针对真菌基因组测序目前研究的主要产品类型有：真菌框架图、真菌调研图、真菌泛基因组、真菌精细图、真菌准完成图等，目前主要热门产品主要有真菌精细图和真菌准完成图。真菌精细图主要是采用Illumina（50x）+PacBio/Nanopore（100x），承诺指标：Cotig N50≥ 1M，真菌准完成图主要采用Illumina（50x）+PacBio/Nanopore（100x）+Hic（100x），承诺指标：组装到近染色体水平。

Q2、做真菌基因组测序前期需要明确哪些内容？
A：老师在做真菌基因组测序之前，首先要将真菌分离培养出来，一定是纯菌，然后进行一代菌种鉴定。确定该菌是纯菌并初步确定该菌同源物种基因组大小，就可以估计出该菌的基因组大小，若不知道该菌的核型，可以先做下核型分析，确定下该菌是单核还是多核，若是多核建议做单核化处理，处理后在进行真菌基因组测序，单核真菌组装质量会更好。确定后先做Illumina二代真菌调研图测序，评估该菌是否是纯菌，基因组大小、单核还多核。若是纯菌，将进行三代测序。

Q3、真菌基因组测序技术怎样进行编码基因预测？
A：真菌与原核生物相比，编码基因的结构更复杂。真菌基因的可变剪切机制，外显子和内含子的结构，很难用一种软件就能准确的预测真菌的编码基因。为了提升真菌基因组编码基因预测的准确性，本公司使用了de novo预测、同源预测、EST预测、转录组数据预测等多种途径进行编码基因预测，最终将结果进行整合，从而获得比较可靠的注释结果。