细菌基因组测序

产品简介
细菌基因组较小、重复序列较高、比较容易突变。基于二代Illumina（50x）+三代PacBio/Nanopore（100x）的测序策略，进行细菌全基因组测序后进行拼接、组装、分析，可获得该细菌的基因组的全部遗传信息，为研究该菌的致病机制、共生机制、代谢机制等提供了分子生物学基础。目前，细菌基因组测序技术已经广泛应用于微生物进化、细菌流传病学、疫苗开发、抗生素耐药等多个研究领域。  

产品优势
基因组0 Gap，可获得完整的基因组遗传信息
在研究细菌重要特性和变异进化方面有很高的分辨率
可跨越基因组中复杂的重复区域

技术路线


结果展示
非编码RNA预测
非编码RNA即不编码蛋白质的RNA，针对非编码RNA的结构特点，采用不同的策略预测不同的非编码RNA。

COG注释分析
横坐标为COG各分类内容，纵坐标为基因数目。在不同的功能类中，基因所占多少反映对应时期和环境下代谢或者生理偏向等内容，可以结合研究对象在各个功能类别的分布作出科学的解释。

进化关系分析
使用测序物种与参考物种均为单拷贝的基因家族中的基因，利用phyML软件构建进化树，研究物种间的进化关系。

基因组圈图
利用已预测得到的基因组信息，如重复序列、GC含量等，绘制基因组圈图。Circos可视化基因组，可以更清晰的探索基因组组件或位置之间的关系。

全基因组共线性分析
共线性指的是遗传学中的基因连锁关系， 是不同物种基因组上同源基因以相同顺序排列的现象。两个物种之间的共线性程度可以作为衡量他们之间进化距离的尺度，可以知道物种间的亲缘关系。

多个物种的同源基因家族数目Venn图
基因组进化中，一个基因通过基因重复产生了两个或更多的拷贝，这些基因即构成一个基因家族。基因家族是具有共同祖先的一组基因，家族内不同基因往往具有相似的结构和功能。


常见问题
Q1、细菌完成图测序策略及承诺指标？ A：分离纯化出某一种纯菌，首先要进行菌种鉴定，确定其菌株的基本生物信息，若该菌是一株新菌或者对该菌全基因组信息感兴趣，可以将样本寄到公司进行细菌完成图测序。细菌完成图首先要进行Illumina测序50x，先进行污染验证，二代数据后续还可以回比纠错，若验证后该菌是纯菌，即可启动三代测序100x，下机数据拼接组装后进行生物信息分析，承诺指标：0 Gap。

Q2、细菌比较基因组分析内容及研究目的？
A：通过比较基因组分析，对各个样本的编码基因进行同源基因聚类分析，获得每个基因家族与样本的对应关系，包括同源基因、共有特有基因、代谢通路比较分析。为研究菌株种内及种间的功能差异、进化关系提供理论指导。

Q3、细菌完成图测序，可以得到质粒信息吗？
A：质粒基因组一般比较小，细菌基因组测序在文库构建时，为了保证细菌基因组组装结果完整，会构建大片段文库，有些质粒信息在片段筛选的过程中会过滤掉，有些质粒会留在测序数据中，理想状态下，若我们测序结果中有质粒信息，会组装出来质粒，并进行注释分析。