circRNA测序

产品简介
环状RNA（circular RNA, circRNA）是一类特殊的非编码RNA，呈闭合环状结构，具有进化保守性，可灵活选择两种建库方式测序，准确鉴定circRNA来源基因、miRNA结合位点以及调控基因的差异表达情况，揭示基因表达调控机制

产品优势
环状RNA不易降解，在样本中稳定存在，可准确鉴定； 根据研究目的，可灵活选择建库方式； 应用范围广，技术相对较新，有助于文章发表。

技术路线


结果展示
circRNA的长度分布
通过circRNA的长度分布图，可查看所有样本不同长度circRNA分布情况。

各染色体circRNA密度分布图
对每个样本所有比对到参考基因组的每条染色体的circRNA数目进行统计，展示每条染色体上circRNA的分布情况。

差异circRNA火山图
火山图可评估不同样本间差异circRNA的分布情况及其显著性，可深入挖掘与生物学表型性状相关的差异circRNA。

差异circRNA热图
样本之间每个比较组合都得到一个差异circRNA集，将所有集合在每个实验组样本的TPM值进行层次聚类分析，获得的热图可反映差异基因在不同实验条件下的表达模式，从而鉴定未知基因的功能或已知基因的未知功能。

GO富集分析柱状图
通过基因长度的偏好性进行估计，准确计算GO term被来源基因富集的概率，再统计被富集到每条GO term上的基因数量，获得GO富集分析柱状图，可直观展示circRNA来源基因的注释情况，深入挖掘circRNA的调控机制。

circRNA-miRNA-基因互作网络图
比较circRNA-miRNA-基因之间的竞争性网络，分析预测的靶向关系，结合ceRNA竞争性网络的原理和实验预测，绘制成互作网络图，其中包括circRNA的潜在调控效应、预测的miRNA靶标以及下游调控基因。

常见问题
Q1. circRNA是如何产生的？
A：1.内含子的反义互补序列配对，使3'端剪切供体接近5'端剪切受体，从而攻击5'端受体，形成环状结构；    2. 外显子经过跳跃剪切后，剪切片段形成内部套索结构，诱导环状结构形成，这种方式具有5'端GU富集和3'端C富集的结构特征；    3. RBP或反式因子驱动的环化。

Q2. circRNA测序主要分析哪些物种？
A：circRNA测序主要针对有参考基因组的真核生物，并且有相对完整的基因组注释信息；如果该物种没有参考基因组或者仅有拼接得到的Unigene，可能会出现circRNA预测结果不准确。

Q3.circRNA过表达构建载体有哪些注意事项？
A：首先circRNA载体需要有成环序列，还要有促进成环序列，如长链临近序列。