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文献和实验
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一、产品简介
CUT&Tag是蛋白质-DNA互作关系研究的新方法，与传统的ChIP-Seq研究方法相比，该技术无需交联、超声打断、末端修复和接头连接等操作，因此具有省时高效、所需的样品量少（低于10万个细胞即可），背景信号低、可重复性好和测序数据量少等优点，甚至可用于单细胞水平研究。CUT&Tag对基因调控、表观遗传等领域的研究具有革命性的意义。
二、项目流程
上图：CUT&Tag的重现性和效率
CUT&Tag是蛋白质-DNA互作关系研究的新方法，与传统的ChIP-Seq研究方法相比，该技术无需交联、超声打断、末端修复和接头连接等操作，因此具有省时高效、所需的样品量少（低于10万个细胞即可），背景信号低、可重复性好和测序数据量少等优点，甚至可用于单细胞水平研究。CUT&Tag对基因调控、表观遗传等领域的研究具有革命性的意义。
二、项目流程
三、CUT&Tag技术应用
1.挖掘蛋白质一DNA相互作用
2.检测基因组上的组蛋白修饰，鉴定超级增强子
3.检测转录因子的结合位点
四、CUT&Tag 与ChIP-seq 性能比较
1.挖掘蛋白质一DNA相互作用
2.检测基因组上的组蛋白修饰，鉴定超级增强子
3.检测转录因子的结合位点
四、CUT&Tag 与ChIP-seq 性能比较
五、部分结果展示
六、案例解读
Nature Communication : CUT&Tag高效分析小样本和单细胞的表观基因组学[1]
本研究对比了ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法检测多种组蛋白修饰、RNAPII、 转录因子、染色质开放性的效果。
1.更高的信噪比
Nature Communication : CUT&Tag高效分析小样本和单细胞的表观基因组学[1]
本研究对比了ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法检测多种组蛋白修饰、RNAPII、 转录因子、染色质开放性的效果。
1.更高的信噪比
上图：三种方法检测H3K27me3修饰, CUT&Tag检测灵敏且信噪比高
Henikoff等人在对组蛋白H3K27me3进行研究时对比使用了ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法。通过相同的数据量（8M Reads）进行比较分析发现，三种方法对应的染色体景观相似，但是ChIP-seq需要更高的测序深度才能达到去背景噪音的效果，而CUT&Tag有较低的背景噪声和较强的信号。
2.更高的重复性
2.更高的重复性
上图：CUT&Tag的重现性和效率
使用CUT &Tag、CUT & RUN和ChIP- seq三种实验方法（各两种生物学重复）鉴定染色体H3K4me1组蛋白修饰。实验数据证实CUT&Tag的灵敏度更高，实验可重复性更好。
参考文献：
[1] Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, et al. CUT&Tag for eficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nature Communication，2019 ，10(1):1930.
参考文献：
[1] Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, et al. CUT&Tag for eficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nature Communication，2019 ，10(1):1930.
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