ceRNA分析

提供商 ：研载生物科技

服务名称 ：ceRNA分析

ceRNA分析

1 分析目的
通过对lncRNA-miRNA-mRNA三者调控关系的挖掘，从中发现疾病相关的重要调控lncRNA以及miRNA，以及这一ceRNA关系主要影响的功能
2 数据来源
基因表达谱、miRNA表达谱
3 分析方法
使用starbase数据库[10]（v3.0，http://starbase.sysu.edu.cn/），对筛选的lncRNA-mRNA共表达关系对中的lncRNA预测其结合的miRNA，得到lncRNA-miRNA关系对；对于上述得到的mRNA，我们使用在线工具mirwalk[11]（version 3.0），综合Targetscan、Mirdb、Mirtarbase这3个数据库，进行miRNA-mRNA预测，绘制韦恩图，得到出现在至少两个数据库中的mRNA-miRNA关系对。在得到的具有共表达关系的lncRNA-mRNA关系对中筛选受到同一个差异表达miRNA负向调控的lncRNA-mRNA关系，整合得到ceRNA网络，并使用Cytoscape软件可视化网络，挑选关键的lncRNA-miRNA-mRNA。为了研究ceRNA所影响的功能，我们对ceRNA网络中的mRNA做GO功能富集分析，或使用GeneCards数据库[12]查询分析关键mRNA的功能注释
4 交付文件
（1）mRNA、lncRNA与miRNA结合的预测结果（Excel）
（2）ceRNA关系（Excel）
（3）ceRNA网络图；网络中mRNA的GO功能富集结果图
5分析结果示例图



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