WGCNA功能模块分析

提供商 ：研载生物科技

服务名称 ：WGCNA功能模块分析

WGCNA功能模块分析

1 分析目的
描述不同样品之间基因关联模式，用来鉴定高度协同变化的基因集,并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候选生物标记基因
2 数据来源
mRNA表达谱（或者差异表达mRNA的表达谱）
3 分析方法
使用WGCNA的R包（Version1.61）[6]来计算各种加权关联分析的功能集合，构建共表达网络，筛选和鉴定基因及基因簇，计算拓扑特征等。执行WGCNA算法的时候，简要步骤如下：首先计算基因两两间的表达相关性，然后定义邻接函数，最后再进行模块划分。此外。我们计算了基因模块与表型的相关性，鉴定性状相关的模块。从基因表达谱中提取差异表达基因的表达数据，整合病人的临床表型，然后对此数据矩阵进行标准化。首先我们对输入矩阵做初步处理，筛选中位绝对偏差前75%的基因，且至少MAD大于0.01，此外去除缺失值。网络构建过程中，设置相关性属性corType为皮尔森相关系数，最小模块基因数目设为50
4 交付文件
（1）WGCNA结果的基因模块划分、WGCNA网络信息（Excel）
（2）基因模块间相关性、基因模块与表型关联的统计结果（Excel）
（3）基因聚类树形图以及热图；WGCNA网络图；基因模块与表型关联的点图
5分析结果示例图



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