RIP-seq 蛋白质-RNA互作利器

提供商 ：武汉爱基百客

服务名称 ：细胞，组织

技术简介：
RNA immunoprecipitation sequencing (RIP-seq)是RNA免疫共沉淀结合高通量测序的一种技术，它通过免疫沉淀靶蛋白来捕获该蛋白结合的RNA。将捕获的RNA进行高通量测序，能帮助我们发现miRNA的调节靶点，全面了解转录后调控网络的动态过程。
 
技术优势：
1. RNA-seq不仅仅局限于miRNA与RNA结合蛋白（RBP）的传统研究，而且能分析RBP与lncRNA的互作网络，帮助我们了解lncRNA在疾病发生中的作用；
2. 与CLIP-seq相比，RIP-seq不需要进行紫外交联，操作更加简单，成功率更高；
3. 覆盖广：与芯片相比，可在全基因组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定；
4. 分辨率高：结合高通量测序技术，可发现新的蛋白结合位点，并定位RBP结合序列

应用方向
1. 验证RNA与靶蛋白的相互作用；
2. 在全基因组范围内鉴定RNA与RBP的相互作用网络；
3. 分析RBP与miRNA、lncRNA等非编码RNA的相互作用。

实验步骤：
    组织破碎裂解，提取蛋白和RNA混合物；磁珠、抗体、蛋白和RNA混合物过夜孵育；多次洗涤，除去非特异结合的RNA；解交联，纯化RNA片段；q-PCR或测序分析。



材料准备：
样本：
细胞数量：1×10⁷
动物组织量: 0.5-1g
植物组织量：>2g
真菌样本量: 0.5g
自富集RNA量及质量要求
1）请提供浓度≥20 ng/μl，总量≥300n g的RNA，体积≥15ul；
2）OD260/280介于1.8 ~ 2.0之间，OD260/230介于1.5 ~ 1.8之间，确保RNA无降解；

抗体：ChIP grade；

样品运输及保存：
    所取样本离体后，经快速清洗和标记等处理后，应立即投入液氮中速冻至少 1 小时，之后保存于-80℃冰箱或者干冰中，确保在实验操作前样品始终处于-80℃，以避免蛋白的降解；将冻存管置于 50ml 离心管中或密封性好的塑料袋中，干冰运输。