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文献和实验
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提供商 :epibiotek
规格 :询价
表观生物CUT&Tag服务作为一种颠覆以往繁琐复杂的蛋白质—互作研究方法的革命性技术,将协助客户掀起表观遗传学研究领域新的风暴!
技术原理
将特异的抗体(如H3K27ac),与染色质蛋白原位结合,然后锚定到A-Tn5转座融合蛋白。Tn5转座酶活性被激活,仅将抗体靶蛋白结合的染色质片段化,高效产生高分辨率、低背景的片段文库。
CUT&Tag技术原理:一抗染色质上的目的蛋白结合,二抗与一抗结合,随后A-Tn5转座体与抗体结合;激活转座体,将目的蛋白结合的的DNA片段化
技术应用1. 挖掘蛋白质—DNA相互作用2. 检测基因组上的组蛋白修饰,鉴定超级增强子3. 检测基因组的开放性、转录因子结合图谱,鉴定超级增强子4. 绘制核小体、RNAPII等蛋白的染色质图谱
技术特点1. 样本量仅需20万个细胞2. 操作便捷,一管完成所有步骤3. 信噪比高(背景低),重复性好
分析内容1. 基因组比对分析2. 基因组富集分析2.1 富集区域基本信息2.2 富集区域分布特征2.3 Peak相关基因GO分析2.4 Peak相关基因KEGG分析 2.5 差异Peak相关基因GO,KEGG分析 3. 富集区域motif分析4. 超级增强子分析(H3K27ac抗体、BRD4抗体)
送样要求样本类型:活细胞,2x105 ~5 x105 个细胞/样本样本物种:仅限人、大小鼠,其他物种需评估。
表观生物实测数据
图1 表观生物CUT&Tag文库质控图
图2 表观生物利用CUT&Tag检测组蛋白修饰H3K27me3的读长覆盖图,显示CUT&Tag H3K27me3 peaks(第二行),与文献数据对比(第一行)[1]
图3 表观生物利用CUT&Tag检测H3K27me3的TSS分布热图(左列),与文献数据对比(右列)[1]
案例 Nat Commun:CUT&Tag 高效分析小样本和单细胞的表观基因组学[1]
本研究对比了ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法检测多种组蛋白修饰、RNAPII、转录因子、染色质开放性的效果。通过相同的数据量(8M Reads)进行比较分析发现,三种方法检测结果基本一致,但是ChIP-seq需要更高的测序深度才能达到去背景噪音的效果,而CUT&Tag有最低的背景噪声和最强的信号。
本研究对比了ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法检测多种组蛋白修饰、RNAPII、转录因子、染色质开放性的效果。通过相同的数据量(8M Reads)进行比较分析发现,三种方法检测结果基本一致,但是ChIP-seq需要更高的测序深度才能达到去背景噪音的效果,而CUT&Tag有最低的背景噪声和最强的信号。
图1 三种方法检测H3K4me1修饰,CUT&Tag检测灵敏且信噪比高
图2 三种方法检测H3K4me1修饰的重复性相关矩阵,显示CUT&Tag的重复性较好。
图3. 三种方法检测转录因子CTCF的读数,CUT&Tag结果出色。
新品限时优惠!
从即日起至2020年3月31日CUT&Tag技术服务测三送一!CUT&Tag服务可免费提供以下ChIP级抗体:
H3K4me1,H3K4me3,H3K27me3,H3K27ac,H3K9me3,CTCF,Brd4。
欢迎拨打400-775-0875或QQ: 746199904咨询!
参考文献:
[1] Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, et al. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat Commun. 2019 Apr 29;10(1):1930.
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