SLAM-seq服务（RNA代谢测序）

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      传统的转录组测序技术，可以揭示RNA在一个稳定状态下质和量上的变化，但是这仅仅是基因表达的一个“快照”，无法观察到RNA转录、加工和降解的细胞内动态过程。SLAM-seq，即thiol(sh)-linked alkylation for the metabolic sequencing of RNA，可以理解为“S⁴U烷基化RNA代谢测序技术”，可观察转录的实时情况和特征。通过研发成熟的代谢RNA标记方法和高通量测序技术，SLAM-seq能从单核苷酸水平上检测整合到总RNA中的核苷类似物4-硫尿苷(S⁴U)，绘制RNA聚合酶II依赖性的基因表达动态，是一种操作性强、稳定、可靠的基因表达调控机制研究方法。


技术应用
1. 检测基因转录水平的变化
2. 研究RNA半衰期、稳定性
3. 深入研究基因转录调控机制
4. RNA修饰如m6A、m1A、ac4C等作用机制的研究


送样要求
样本类型：细胞，1x10⁶个细胞/每样本；
样本物种：仅限人、大小鼠，其他物种需评估
注：需要在培养的活细胞中掺入S⁴U碱基，可免费提供


技术原理
       向合成中的mRNA链中掺入4-thiouridine (S⁴U)，使原本的碱基T被S⁴U修饰，从而在反转录中被错认为C，导致原本应该为碱基A的位置错配成为G。通过测序分析这些错配的G，就可以对新合成mRNA或其他longRNA进行直接的定量。
 



分析内容
1. 序列比对
2. 文库质控
3. Mapped Reads过滤
4. 背景T>C SNP校正
5. mRNA或longRNA*异表达分析
6. 靶基因GO富集分析
7. 靶基因KEGG富集分析
8. mRNA或longRNA转录本水平T>C counts计数与表达量化
9. mRNA或longRNA转录本水平Total reads计数与表达量化
10. mRNA或longRNA稳定性分析
11. mRNA或longRNA半衰期计算
* longRNA包括mRNA、lncRNA和circRNA，客户可选择mRNA分析或longRNA全套分析。


表观生物实测数据
         



案例    Cell Stem Cell: m6A阅读器YTHDF2下调可抑制白血病 （详细解读可点击阅读）^[2]
      本研究发现m6A阅读蛋白YTHDF2在AML患者身上广泛过表达，在小鼠和人类AML发生和发展过程中起着关键的作用。研究者敲除白血病前期细胞的YTHDF2，再进行meRIP-seq，发现敲除组中表达水平显著上调的mRNA具有丰富的m6A修饰。为了研究带有m6A修饰的mRNA的上调机制，研究者利用SLAM-seq检测mRNA的半衰期，证实m6A修饰使这些基因的半衰期延长了。
 

参考文献：

[1].Herzog V A, Reichholf B, Neumann T, et al. Thiol-linked alkylation of RNA to assess expression dynamics[J]. Nature methods, 2017, 14(12): 1198.
[2].Paris J, Morgan M, Campos J, et al. Targeting the RNA m6A Reader YTHDF2 Selectively Compromises Cancer Stem Cells in Acute Myeloid Leukemia[J]. Cell stem cell, 2019.