转录组mRNA 测序

转录组学测序分析与疾病相关的研究策略
mRNA测序分析
mRNA测序分析研究能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

图2 宿主与病原体转录组分析（Alexander J. W et al., NATURE REVIEWS, 2012）

mRNA测序分析的优势

1. mRNA测序监控基因表达和转录组的变化，在临床科研中协助了解肿瘤分类和发展；
2. mRNA测序能帮助鉴别变异基因在临床科研肿瘤样本中的表达；
3. mRNA测序可检测已知和新发的信息，包括转录本亚型、基因融合、单核苷酸变异、等位基因特异性基因表达；
4. 使用FANSe算法+云分析平台进行高精度高稳健分析，结果可验证性程度高，节省时间，可快速发文章。

mRNA主要研究策略（以肿瘤为例）：

1. 收集癌组织以及癌旁组织，并提取其mRNA；
2. 将癌旁和癌组织中的mRNA进行对比，筛选两组之间的差异表达基因mRNA；
3. 通过生物信息学如GO功能分析了解差异基因富集在某种生物学功能、途径以及其定位； KEGG pathway分析差异mRNA其在癌症通路中的相关通路；
4. 找到mRNA分子作为肿瘤的致癌基因或抑癌基因；
5. 优点：与临床相结合，科研成果对药物研究如抑制剂的开发具有指导作用，易发文章。

主要分析内容：
1、测序数据过滤以及参考基因组比对； 
2、新转录本预测以及差异表达基因检测；
3、差异表达基因维恩图分析、层次聚类分析；
4、差异表达基因GO功能分析、Pathway功能分析等。

技术参数
1、样本类型：组织、细胞、血液等。
2、推荐测序数据量：5G clean data
3、测序策略：HiSeq PE 150