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伯豪生物技术服务简介
2013年1月，Science杂志将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首；
2014年1月， Nature Methods将单细胞测序列为 2013 年度最重要的方法学进展。
目前，单细胞测序已广泛应用于肿瘤异质性、免疫微环境、神经科学、胚胎发育、细胞分化等领域的研究。
伯豪生物拥有多元化单细胞测序平台（高通量：10X、BD；低通量：SMART-Seq2/SMART-Seq3等）
伯豪生物提供单细胞测序全流程个性化定制服务解决方案
伯豪生物提供如下单细胞测序服务
| 序号 | 科研服务 | 伯豪生物优势 |
| 1 | 单细胞「RNA测序」 | 1、样本（保存、运输、时效）： ■伯优®品牌 - 科研试剂
------------------------------﹂单细胞测序「组织」保存液 ﹂单细胞测序「细胞」保存液 2、科研服务平台：
﹂10x Genomics；
------------------------------﹂BD Rhapsody； ﹂低通量的 SMART-seq。 ※根据样本、实验需求，任选科研服务平台。 3、科研服务-应用领域：
★肿瘤异质
★肿瘤免疫微环境 ★胚胎发育 ★细胞分化 |
| 2 | 单细胞核「RNA测序」 | 1、样本（保存、运输、时效）： ■伯优®品牌 - 科研试剂
﹂细胞核分离试剂盒
------------------------------2、技术服务平台
﹂10x Genomics
------------------------------3、科研服务-应用领域：
★冰冻组织
|
| 3 | 单细胞核「ATAC+RNA测序」 | 1、样本（保存、运输、时效）： ■伯优®品牌 - 配套科研试剂
------------------------------﹂单细胞测序「组织」保存液 ﹂单细胞测序「细胞」保存液 2、技术服务平台
﹂10x Genomics
------------------------------3、科研服务-应用领域：
★肿瘤异质性
★免疫微环境 ★神经科学 ★胚胎发育 ★细胞分化等领域的研究 联合转录组测序数据生信分析。 |
| 4 | 单细胞「ATAC测序」 | 1、样本（保存、运输、时效）： ■伯优®品牌 - 配套科研试剂
------------------------------﹂单细胞测序「组织」保存液 ﹂单细胞测序「细胞」保存液 2、技术服务平台
﹂10x Genomics
------------------------------3、科研服务-应用领域：
★肿瘤异质性
★免疫微环境 ★神经科学 ★胚胎发育 ★细胞分化等领域的研究 |
| 5 | 单细胞「TCR/BCR测序」 即：单细胞免疫组库测序 |
1、样本（保存、运输、时效）： ■伯优®品牌 - 配套科研试剂
------------------------------﹂单细胞测序「组织」保存液 ﹂单细胞测序「细胞」保存液 2、技术服务平台
﹂10x Genomics
------------------------------3、科研服务-应用领域：
10x genomics 提供了全面的单细胞免疫分析方案；
通过精简的工作流程，可以实现从样品到文库准备、 免疫测序和软件分析全套解决方案，揭示 T 和 B 细胞 多样性、V(D)J 重组和免疫细胞分析。 |
| 6 | 空间「转录组测序」 即：空间基因表达 ◎冰冻样本 ◎FFPE样本 |
1、样本（保存、运输、时效）： ■伯优®品牌 - 配套科研试剂
﹂单细胞测序「组织」保存液 ﹂单细胞测序「细胞」保存液 ﹂细胞核分离试剂盒 ........
-----------------------
2、技术服务平台
﹂10x Genomics Visium
-----------------------
3、科研服务-应用领域：
★肿瘤学；
★免疫学； ★发育生物学； ★神经科学； ★病理学等方向 空间位置信息，或者细胞在组织中天然的状态。 |
专业配套科研试剂：
| 试剂用途 | 产品货号 | 产品名称 | 产品规格 |
| 组织保存 | 01901-100 01901-50 |
RNAsafety™ 组织保存液 | 100ml/瓶 2ml管/50支/包 |
| 21903-10 | 伯优® 单细胞测序组织保存液 |
2ml管/10支/盒； | |
| 细胞保存 | 21904-10 | 伯优® 单细胞测序细胞保存液 |
2ml管/10支/盒； |
| 细胞核提取 | 52009-10 | 伯优® 细胞核分离试剂盒 |
10rxn |
| 更多产品 | 请咨询在线客服获取 | ||
丰富的项目经验/研究成果
伯豪生物单细胞测序相关科研技术服务始于2014年，经过8年的积累，基于SMART-seq，10X genomics和BD Rhapsody的单细胞RNA测序服务平台，为客户提供从样本保存、运输、单细胞（核）悬浮液制备，到单细胞分选、建库、和数据分析的一站式解决方案，目前已为来源于对来源于人、小鼠、大鼠、果蝇、斑马鱼、牛、羊等物种的样本提供了单细胞测序和数据分析服务，研究成果发表在Cell Research、Nature Neuroscience等杂志上。
1、单细胞RNA测序，服务流程
单细胞全转录组测序解决方案【微量样本】
单细胞（微量样本）全转录组测序技术，有助于我们揭示细胞（或同一组织不同区域）之间的基因表达差异，在肿瘤研究、发育生物学、神经生物学等领域具有广阔的应用前景。而且，在揭示组织细胞特异表达的长链非编码RNA方面，单细胞（微量样本）全转录组测序表现尤为突出。
※上海伯豪结合科研成果以及自身对实验方法的摸索优化，推出单细胞（微量样本）全转录组测序服务，为科研工作者提供个性化综合解决方案，欢迎咨询！
单细胞测序平台/技术原理介绍
10X Genomics
10X Genomics 公司的 Chromium 系统利用 8 通道的微流体“双十字”交叉系统，将含 barcode 的凝胶珠（Gel Beads）、细胞和酶的混合物、油三者混合，形成 GEMs（油包水的微体系）。GEMs 形成后，细胞裂解，凝胶珠自动溶解释放大量 barcode 序列，随后 mRNA 逆转录产生带有 10X barcode 和 UMI 信息的 cDNA，构建标准测序文库，其中 10X barcode 用于区分细胞，UMI 用于区分 mRNA 分子。
▲10X Genomics（技术原理）
BD Rhapsody
BD Rhapsody 技术利用卡式芯片在磁性的寡核苷酸条形码标记微球上实现单细胞捕获和 mRNA 转录本的分子标签，然后将这些微球合并到单个管中用于 cDNA 扩增和文库构建。可满足 100~10000 个细胞的自动分选、扩增及建库。
▲BD Rhapsody（技术原理）
SMART-seq
2012 年，由美国和瑞典的科学家共同开发了称为 Smart-Seq（Switching mechanism at 5’end of the RNA transcript）的技术 。在 2013 年，Nature Methods 杂志上报告了新的方案，被称为 Smart-Seq2，随后在 2014 年他们有公布了详细的操作流程 [3]。获取单细胞并裂解细胞后，含有 oligo-dT 的引物与 mRNA 的 poly- A 结合，逆转录酶 MMLV 进行逆转录，逆转录酶到达 mRNA 5’末端时，MMLV 的末端转移酶活性会在一链 cDNA 的 3'末端增加额外的胞嘧啶，这时 TSO 引物 3' 末端的 rGrG+ G 结合到第一链末端的胞嘧啶，然后以第一链 cDNA 为模版进行延伸合成互补的第二链，全长 cDNA 经过 PCR 扩增后进一步进行测序文库的构建。
▲SMART-seq（技术原理）
单细胞数据分析结果展示（部分）
▲图 Loupe Cell Browser 展示细胞分群及 peaks
▲图 单细胞 ATAC 测序细胞类群注释结果
▲图 单细胞RNA测序 数据质控及过滤
▲图 单细胞RNA测序 去除批次效应
▲图 单细胞 RNA 测序 样本间的功能差异分析
▲图 单细胞 RNA 测序 细胞亚群注释
▲图 单细胞 RNA 测序拟时序 GO 注释
▲图 单细胞 RNA 测序 Marker 基因分析
▲图 单细胞 RNA 测序 细胞亚群的功能富集分析
▲图 单细胞 RNA 测序 拟时序分析
▲图 单细胞 RNA 测序 细胞亚群的功能富集在样本间的差异
▲图 单细胞 RNA 测序 拟时序分化转录因子调控网络
▲图 单细胞RNA测序 细胞通讯网络
▲图 空间基因表达 每个 spot 特异表达的基因数统计（盗图必究）
▲图 空间基因表达 聚类结果及切片 spot 位置分布展示（盗图必究）
▲图 空间基因表达 所有 cluster 选择 top5 基因绘制小提琴（盗图必究）
▲图 空间基因表达 特定 pathway 功能富集分析（盗图必究）
案例一：发现天然淋巴细胞的骨髓外发育新途径
Bai L, Vienne M, Tang L, et al. Liver type 1 innate lymphoid cells develop locally via an interferon-γ-dependent loop. Science. 2021;371(6536):eaba4177.
案例二：空间转录组组织制备的临床挑战
Liu X, Jiang Y, Song D, et al. Clinical challenges of tissue preparation for spatial transcriptome[J]. Clinical and Translational Medicine, 2022, 12(1): e669.
本研究调查了可能影响肺癌空间转录组学质量的潜在因素，通过空间转录组学HE染色的质量和空间转录组测序前RNA RIN值确定的RNA完整性来评估切片病理图像的质量。
案例三：发现纳米塑料诱发帕金森样神经退行性病变
Boxuan Liang, Yuji Huang, Yizhou Zhong, et al. Brain single-nucleus transcriptomics highlights that polystyrene nanoplastics potentially induce Parkinson’s disease-like neurodegeneration by causing energy metabolism disorders in mice. Journal of Hazardous Materials. Journal of Hazardous Materials 430(2022) 128459.
本研究通过对口服聚苯乙烯纳米塑料（PS-NPs, polystyrene nanoplastic）的小鼠大脑进行单细胞核转录组测序，发现PS-NPs可能通过引起小鼠能量代谢紊乱，从而诱发帕金森病（PD, Parkinson’s Disease）样神经退行性病变。
该产品被引用文献
[1] Bai L, Vienne M, Tang L, et al. Liver type 1 innate lymphoid cells develop locally via an interferon-γ-dependent loop. Science. 2021;371(6536):eaba4177.
[2] Liu X, Jiang Y, Song D, et al. Clinical challenges of tissue preparation for spatial transcriptome[J]. Clinical and Translational Medicine, 2022, 12(1): e669.
[3] Boxuan Liang, Yuji Huang, Yizhou Zhong, et al. Brain single-nucleus transcriptomics highlights that polystyrene nanoplastics potentially induce Parkinson’s disease-like neurodegeneration by causing energy metabolism disorders in mice. Journal of Hazardous Materials. Journal of Hazardous Materials 430(2022) 128459.
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