研选生物芯片测序｜ceRNA芯片 一张芯片同时检测 lncRNA、circRNA、mRNA★

提供商 ：上海伯豪生物技术有限公司

服务名称 ：ceRNA芯片

规格 ：以电话报价为准

一箭三雕，一张芯片同时检测 lncRNA、circRNA、mRNA。

1、ceRNA 芯片设计了 173011 个探针，其中 mRNA 探针 34549 个，lncRNA 探针 32953 个，circRNA 探针 105509 个。mRNA 来源于 refseq（25830）和 ensembl（8719）；lncRNA 分别来源于 Ensembl（28130）、lncipedia（4822）、genecode（1）3 个数据库。circRNA 探针有 105509 条。
2、LncRNA 主要包含 lincRNA，antisense lncRNA，bi-directional lncRNA 三大类，避免了 lncRNA 和 mRNA 的相互干扰，提高了 lncRNA 的检测有效性和准确性。该版本芯片也剔除了上一版本中没有明确注释信息的 lncRNA。
3、CircRNA 依然是该芯片主要的检测对象，与 V2.0 版本相比，circRNA 的探针数目由 88750 增加到了 105509，除了涵盖 2.0 版本的 ciccFRNA 外，还增加了与 miRNA 有多个结合位点的 circRNA，提升了 circRNA 作为 ceRNA 参与疾病调控的机制研究的效率。circRNA 特异性高：circRNA - 特异的反向剪接位点探针设计，保证每个探针检测的特异性，避免与母基因之间的冗余影响。
4、ceRNA 芯片 采用 Agilent eArray 平台设计，使用 Agilent SurePrint 技术合成，探针长 60mer，检出率高，技术重复性高于 99%，稳定性好；能够比高通量测序技术更灵敏、稳定地对表达丰度较低的 circRNA、lncRNA 进行检测分析。
5、ceRNA 芯片 覆盖 circRNA、lncRNA、mRNA。一份芯片数据同时提供三个层面的表达信息，circRNA 和 lncRNA 作为典型的内源竞争性 RNA（ceRNA 机制），此款芯片更适合 ceRNA 调控研究。
6、除了常规的组织和细胞样本以外，还适用于外泌体，血清，血浆等特殊样本的检测。


1、更适合检测微量样本：特异性检测血清、血浆、外泌体等微量特殊样本中 lncRNA 和 circRNA，避免 rRNA 或外源性序列干扰。
2、更全面的 circRNA 信息：涵盖截至 2020 年 6 月全球主流数据库中的 circRNA 序列 105509 条，并进行了细致注释。
3、更适合检测 lncRNA：芯片比测序更适合检测低表达丰度的 lncRNA 分子。
4、更丰富的芯片实验经验：拥有超过十五年的芯片实验经验，轻松应对各种来源的样本。
5、更系统的实验服务：筛选出候选 lncRNA 和 circRNA 后，配套丰富的 lncRNA 功能验证实验服务。


Agilent 芯片平台


1、成熟的服务平台：稳定而系统的芯片实验全面解决方案，可为客户提供总 RNA 抽提、样品质检、RNA 标记、杂交、洗脱、图像扫描、数据分析等一系列服务。
2、专业的实验人员：从 RNA 抽提到芯片杂交均配备有专业的实验人员，具有丰富的芯片实验操作经验，遵循严格的质控标准，层层把关确保高质量完成实验。
3、强大的分析团队：实战经验丰富的分析团队，除能快速完成基础分析外，还能根据客户需求完成个性化分析，提供各类高大上的图表。
4、稳健的支持团队：一对一服务，为您解决项目全过程中的各类问题，包括但不限于项目方案制定、样本收集、数据结果解读、数据深度挖掘及文章发表支持等。

 

 

案例一

胶质母细胞瘤（GBM) 是常见的原发性恶性脑肿瘤，多发生于中枢神经系统，是人类致命的癌症之一。传统的 GBM 治疗方法术后易复发，预后差，平均存活期约为 15 个月，而个性化治疗往往存在成功率低且副作用大的问题。因此，急需开发新的特别是那些针对复杂基因调控网络的治疗方法。



本研究利用 ceRNA 芯片（上海伯豪提供）筛选 GBM 中差异表达的非编码 RNA，通过 TargetScan 预测和 pulldown 实验，锁定了研究目标 circRNA—circNT5E。体内外表型研究结果显示 circNT5E 不仅对 GBM 细胞的增殖、凋亡、迁移及侵袭有影响，还能有效促进体内 GBM 肿瘤的形成。功能研究实验结果显示 circNT5E 通过与 miRNA-422a 的结合，解除 miRNA-422a 对其下游靶基因的抑制作用，激活 Akt、Smad2 等信号通路来影响 GBM 细胞的增殖、凋亡、迁移及侵袭。


作       者：Wang R, Zhang S, Chen XY, Li N, Li JW, Jia RC, Pan YQ, Liang HQ.
项目发文：CircNT5E acts as a sponge of microRNA-422a topromote glioblastoma tumorigenesis. Cancer Res. 2018. 78(17):4812-4825.

案例二

肺癌是常见的癌症，80-85% 的人类肺癌是非小细胞肺癌（NSCLC），其中肺鳞癌（LUSC）和肺腺癌（LUAD）是主要的亚型。目前用于特定基因突变的靶向药物的开发极大地改善了晚期 LUAD 患者的治疗效果，但这一方法对 LUSC 见效甚微。因此，进一步了解 LUSC 发展的分子机制对于开发更有效的治疗方案至关重要。

研究人员利用 ceRNA 芯片（上海伯豪提供）对 LUSC 及其临近正常组织进行了 circRNA 检测，通过共表达分析及 qPCR 验证，确定目标 circRNA-circTP63。体内外敲减及过表达实验表明 circTP63 能够促进肿瘤细胞增殖和肿瘤生长，且与细胞周期进展相关。共表达分析及 circTP63 敲减 / 过表达分析，确定 FOXM1 为 circTP63 靶基因。进一步生信分析及功能获得 / 缺失实验确定 circTP63 是通过 miR-873-3p 作用于 FOXM1 及下游基因 CENPA 和 CENPB，促进细胞周期的进展，进而促进 LUSC 细胞的增殖和肿瘤生长。

作       者：Cheng Zhuoan, Yu Chengtao, Cui Shaohua et al.
项目文章：circTP63 functions as a ceRNA to promote lung squamous cell carcinoma progression by upregulating FOXM1.[J] .Nat Commun, 2019, 10:3200.
 

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