KAPA HiFi高保真二代测序文库扩增试剂kk2620/kk2621

3、优异表现

　　(1)高GC含量对于使用普通具有校正功能(proof-reading) (B-家族)扩增酶扩增的文库在测序读深中的影响

　　(2)根据文库扩增所用的扩增酶的不同，低GC含量的文库会产生不同的扩增偏好性

　　上图：采用相同的物理打断的　P.falciparum(恶性疟原虫，AT含量65%)gDNA制备的文库用图中所示的PCR试剂(KAPA　HiFi，Phusion®)分别进行扩增，然后与没有进行扩增的同等文库进行比较。不同条件下测序read的观察到的不同GC含量的频率如图中曲线所示(黑色=没有扩增;绿色=KAPA HiFi热启动Master　Mix;蓝色=Phusion® HF　Master　Mix)。Reads的期望频率分布为图中灰色阴影区域。未经扩增的文库曲线基本与期望频率分布区域外缘重合。使用KAPAHiFi作为扩增的文库表现出最小的偏差，而使用Phusion®进行扩增的文库中高GC含量的片段，和低GC含量的片段相比，表现出巨大扩增偏差。各文库平均覆盖深度为16.0X(作为对照的未扩增样本);16.5X(KAPA HiFi);18.8X(Phusion®)。以上数据由The Wellcome Trust Sanger Institute,Dr.Michael A.Quail提供。

　　(3)文库扩增会极大影响测序覆盖度的一致性

　　以下在Artemis的截屏图像描绘了分别使用KAPA HiFi热启动Master Mix、Phusion® HF Master Mix进行文库扩增后，与未进行文库扩增的对照相比，出现的覆盖度偏差。经过上诉不同的扩增途径，无论是高GC含量还是低GC含量的片段，覆盖度偏差的程度也有不同。

　　上图：P.falciparum(恶性疟原虫)基因组中一7kb片段的覆盖深度和GC含量

　　在这段基因组序列中，有3处AT含量>80%，从而导致覆盖度偏差(灰色标注区域)。在这三处高AT区域中，使用PHusion®(蓝色)进行文库扩增后，覆盖深度急剧下降;而使用KAPA HiFi(绿色)进行文库扩增后，三处区域覆盖深度与基因组其他区域统一、一致，而且与没有进行扩增的对照组的覆盖深度结果基本重合。

　　上图：B.pertussis(百日咳鲍特菌)基因组中一7kb片段的覆盖深度和GC含量

　　在这段基因组片段中，有4处GC含量>75%，从而导致覆盖度偏差(灰色标注区域)。在这4处高GC含量区域中，使用PHusion®(蓝色)进行文库扩增后，覆盖深度和未进行扩增的对照相比，急剧下降;而使用KAPA HiFi(绿色)进行文库扩增后，4处区域覆盖深度比较统一、一致，与没有进行扩增的对照组(黑色)的覆盖深度结果相似。

　　(4)高保真文库扩增的超高准确性

　　上图：DNA扩增酶(包括混合酶)的错误率KAPA HiFi扩增酶对的错误率/错配率是每覆盖3.54×106 碱基仅出现一个错误(2.82×10-7)，错误率比Taq扩增酶低100倍，比基于Taq的混合酶低40倍，比Phusion®低2倍。

　　4、产品信息