宏基因组测序

提供商 ：广州美格生物科技有限公司

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    （metagenome)；也称微生物microbial environmental genome, 或）。是由Handelsman等1998年提出的新名词，其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature” , 即中全部遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因组，目前主要指环境样品中的细菌和古菌的基因组总和。而所谓（或元基因组学，metagenomics）就是一种以环境样品中的微生物群体为研究对象，以筛选和/或分析为研究手段，以微生物多样性、、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法。
随着二代测序平台例如Roche 454焦磷酸测序仪、ABI公司的SOLID测序仪、Illumina的MiSeq、HiSeq测序仪应用，带来的测序通量上的大幅提高，加上测序成本的降低使得宏基因组技术应用范围、开展规模得到大幅度的提高，例如Sorcerer II全球海洋采样计划（The Sorcerer II Global Ocean Sampling project, GOS）的开展。对于低丰富度物种组成的生境（如酸性矿山废水生物膜）进行大规模测序，使得群落中优势物种基因组的重建成为可能，同时基于极端生境中主要代谢网络的构建对于微生物生存机制也有所了解。
技术参数

产品	测序平台	测序策略	周期
宏基因组	HiSeq PE150/PE250	350/500 bp文库	35个工作日

样品要求
    野外采集的样品需要低温冷藏运输以避免样品中微生物降解影响样品后续的提取及分析。可以带保温箱、冰袋，或者在野外根据实际条件购买冰冻矿泉水放到保温箱中，以使样品处于冷冻环境。
土壤样品带回实验室后，需先把植物根等一些杂质去除，再过10目的筛，把小石子去除，然后用封口袋装或者50 mL离心管装起来。最好分成两份，一份保存于-20°C及以下温度，一份保存于4°C（保存于4°C的样品时间不能太长）。
   底泥样品带回实验室后，水份含量高的需要经过离心（× 8,000 g）去除水份再保存。和土壤样品一样，最好分成两份，一份保存于于-20°C及以下温度，一份保存于4°C。
对于宏基因组DNA送样，要求提供电泳图来判断DNA质量，宏基因组要求所提取的样品的电泳图上必须有一条明显的主带，并且拖带不严重。
样品DNA的量至少需要达到3 μg以上，按照50 μL的溶液体系，DNA的浓度至少需要达到60 ng/μL以上。
   对于提取出来的宏基因组DNA，在完成质量检测并达到宏因基组测序的要求后，最好把DNA样品保存于-80°C超低温冰箱，以免降解；同时，在能达到宏基因组测序的要求后做好备份，以免因送样去测序的过程造成样品的损坏而无法完成实验。