互作转录组测序（Dual RNA-seq）

提供商 ：康测科技

服务名称 ：互作转录组测序

简介

物种间存在广泛的相互作用，包括寄生、共生、竞争等，而普通的转录组只能研究单一物种的信息，不仅浪费一部分数据，而且在分离中也会对样本本身造成一定的影响。
互作转录组（Dual RNA-seq），无需分离两物种，避免分离造成的干扰，只构建一个转录组文库，便能同时对2个（或多个）物种进行测序和分析，从而揭示互作物种间基因表达的动态变化。同时，还可以通过互作模型图获得物种间基因的调控关系，得到两物种间的相互作用机制。研究互作过程中的调控网络、病原菌感染宿主致病机理和宿主抗病的机制；研究致病性菌在不同物种之间的进化关系、基于同源基因进一步发掘正选择相关基因等。
 

项目流程

 

康测技术优势

（1）自主研发的建库技术，有效降低起始量；
（2）可结合UMI标签技术，提高比对率，让表达量分析精确度更上一个台阶；
（3）强大的生信分析团队，提供多种个性化分析；
（4）从方案设计、建库测序到数据挖掘，贴心全程陪伴，全力帮助您的研究。
 

部分结果展示




案例解析

沙门氏菌感染HeLa细胞过程中非编码RNA的调控作用
为了研究细菌感染细胞后两者的相互作用，作者使用带绿色荧光标记的沙门氏菌感染HeLa细胞，利用绿色荧光分离感染的细胞。然后分别对未感染细胞和感染后2~24小时的细胞进行Dual RNA-seq，同时研究感染过程中两个物种的mRNA和非编码RNA变化。
他们锁定了small RNA——PinT，在细菌感染宿主细胞的最初4个小时，PinT的表达量上调最为显著（图a、b），在感染过程中增加了近100倍。PinT受PhoP的调控（图d）。此外，PinT可影响宿主的转录模式，调控自身毒力相关基因SPI-1下调、存活相关基因SPI-2上调，而SPI-2可以调控宿主JAK–STAT信号通路上调。

参考文献
Westermann A J, Förstner K U, Amman F, et al. Dual RNA-seq unveils noncoding RNA functions in host-pathogen interactions.[J]. Nature, 2016, 529(7587):496-501.

武汉康测科技有限公司是由加州大学圣地亚哥分校（UCSD）、武汉大学、华中农业大学博士团队创建的高新技术企业。截至2017年底，团队核心成员已在Nature、Cell、Molecular Cell、Nat. Struct. Mol. Biol.、Proc Natl Acad Sci USA、Cell Reports等国际顶刊发表文章十余篇。公司秉承技术创新、服务至上的核心理念，与多所985/211院校、中国科学院的实验室建立了长期合作关系。

公司研发团队于2017年成功开发出绝对定量转录组（KC-DigitalRNA）、免疫组库（KC-IRQuant）、16S rDNA绝对定量、ctDNA检测（KC-SMP）等4项建库技术，并成功申请发明专利和配套数据分析系统的软件著作权。成为中国首.家UID（UMI）绝对定量高通量测序服务平台，为广大科研工作者提供转录组（mRNA、lncRNA）/TCR/BCR/ctDNA/肠道微生物多样性等多种绝对定量测序服务。