单细胞外显子测序

单细胞外显子测序

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提供商 :丰能医药科技(上海)

服务名称 :单细胞测序

概念和原理:
    迄今为止使用的测序材料无一例外都是数百万甚至更多细胞的混合DNA样本。这种方法能够得到全基因组序列信息,但是对其进行研究得到的结 果只是一群细胞中信号的平均值,或者只代表其中占优势数量的细胞信息,单个细胞独有的特性被忽视。例如,科学家想找出哪种突变存在于哪种细胞中几乎是不可 能的,只存在于少数细胞(如早期癌细胞)中的突变也基本上被掩藏。另一方面,有些样品稀少无法在实验室培养,样品量不足以进行全基因组分析,例如肿瘤循环 细胞、组织微阵列、早期发育的胚胎细胞等。这些都是全基因组测序遇到的难题。 作为“在单个细胞水平上对基因组进行测序”的单细胞测序技术能够解决上述难题。与传统的全基因组测序相比,单细胞测序不仅测量基因表达水平更加精确,而且还能检测到微量的基因表达子或罕见非编码RNA,其优势是全方位和多层次的。

科研和临床应用:
    单细胞测序的主要应用:癌症,辅助生殖以及免疫学领域:

    当单细胞被分离,细胞内的DNA/RNA被提取和扩增后,二代基因测序(Next Generation Sequencing)可以用来进行后续的测序。当把基因测序应用于单个细胞层面,在下游应用领域有着先天独到的优势。

1单细胞基因测序技术有助研究癌症起因和治疗
    实体瘤由一系列不同的细胞组成,包括癌症纤维细胞,内皮细胞,淋巴细胞,巨噬细胞等。同时,实体瘤由多个肿瘤克隆亚种群构成,使得临床样本的分析更加复杂。当多个肿瘤克隆同时存在时,标准方法检测的要么是平均信号要么是主要的克隆群体(并不一定是最致病的)的信号。而同时,肿瘤的异质性和癌症产生抗药性以及转移密切相关,所以,单细胞测序开始用来检测肿瘤内基因异质性,对于癌症起因以及后续治疗的研究非常关键和重要。
除了肿瘤细胞,单细胞基因测序同样可以应用于循环肿瘤细胞(Circulating tumor cells)和外周血播散肿瘤细胞DTCdisseminated tumor cells),该部分内容将在后续的研究报告中深入讨论。

2 单细胞基因测序助力辅助生殖
    PGSPre-implantation Genetic Screening)是胚胎注入前遗传学筛查,主要是通过检测胚胎的23对染色体结构、数目,来分析胚胎是否有遗传物质异常;PGDPreimplantation Genetic Diagnosis),主要用于检测胚胎是否携带遗传缺陷的基因,关于PGS/PGD的介绍,请参考我们之前的行业深度《基因+大数据的颠覆:从癌症基因测序到辅助生殖》。 PGD过程中,目前主要有三种方式获得活检材料:1)卵子的第一极体和第二极体;2)培养至第3天胚胎卵裂期的卵裂球细胞(一般取1-2个细胞);3)培养第5天左右的囊胚细胞。

3 单细胞基因测序打开免疫报多样性研究之门
    用单细胞基因测序分析免疫细胞的原因是现存的多样的病原体导致了免疫细胞的高度异质性,传统的检测方法,取样来自一大堆细胞,低估了单个免疫细胞的多样性,所以我们需要更加精确检测单个免疫细胞的遗传物质,从而理解机体复杂的免疫机制。正如开篇提到的Juno收购的单细胞基因测序公司AbVitro致力于T细胞和B细胞的基因测序。


客户须知:
    全血样本:EDTA抗凝管收集 2 ml 全血,颠倒混匀抗凝管 8-10 次,-80℃保存,冷冻运输。
    组织样本:新鲜组织样本离体后,用预冷PBS或生理盐水快速将表面残留的血迹冲洗干净,切成黄豆大小,装入2.0 mL EP管或体积更大的体积更大的旋盖冻存管中,立即置于液氮中冷冻 3-4 h 以上,然后转移至-80℃或液氮中保存,冷冻运输。
    细胞样本:离心收集细胞 (1×106) 。加入适量(如使用TRIzol,通常1mL )细胞裂解液,反复吸打数次,直至看不见成团的细胞块,使之充分溶解于裂解液中形成清亮不粘稠的液体,-80℃保存,冷冻运输。

联系电话:021-54533696
企业邮箱:service5@fun-med.cn

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