LncRNA测序

服务名称 ：LncRNA测序

提供商 ：武汉爱基百客生物科技有限公司

LncRNA测序及信息分析

简介
    lncRNA（long non-coding RNA）是一类长度超过 200nt 的长链非编码 RNA，通过与 DNA、RNA或蛋白质结合，在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。其中常见的，具有调控作用的非编码 RNA 包括 miRNA、piRNA以及长链非编码 RNA。研究者的大量研究表明非编码 RNA 在表观遗传学的调控中扮演了越来越重要的角色。

技术原理
    采用特定方法（如采用Ribo-Zero TM系列Kit）降低样本中 rRNA 的丰度，对富集到的 RNA 进行文库构建。通过高通量测序仪产出数据，并结合生物信息分析软件，将构建出的转录本与已知 lncRNA 数据库进行比对，筛选出已知 lncRNA；将未比对上转录本与已知蛋白数据库比对进而去除比对上的序列，然后进行CPC（Coding Potential Calculator）预测新 lncRNA，并基于二级结构的保守性对 lncRNA 进行家族分类。最后，对预测的新 lncRNA 和已知 lncRNA 进行功能分析，从而快速全面准确地获得与特定生物学过程（例如发育、疾病等）相关的 lncRNA 信息。

技术优势
        1.   基于高通量测序技术，一次性可以全面获得样本中lncRNA信息；
        2.   不局限于对已知lncRNA的研究，还可进行novel lncRNA预测、功能注释等；
        3.   技术稳定，建库重复性好，同一样本重复建库相关性好。

技术路线


分析流程



样品要求1.   样品类型：细胞、新鲜组织或 RNA 样品。
2.   样品量：细胞样品请提供至少1×10⁷个细胞，组织样品请提供至少300 mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总 RNA。
3.   样品质量：RNA 无明显降解，提取的总RNA OD_260/280值在1.8-2.2之间，浓度≥500ng/μL，28S：18S≥1.5，Rin≥7
4.   样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成短波浪号~50 mg的小块）可用 TRIZOL 或 RNA 保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA 样品可溶于乙醇或RNA-       free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5.   样品运输：样品置于1.5mL管中，Parafilm 膜封好，干冰运输。

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