高通量测序数据分析

提供商 ：上海源兹生物科技有限公司

介绍
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。基于高通量测序平台的转录组测序技术能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息，从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。
 
应用
1. 观察疾病发生过程中病灶部位内部的基因表达水平变化
2. 在肿瘤研究中，使用RNA-seq技术可以预测潜在的融合基因
3. 新lncRNA预测和已知lncRNA表达水平研究
4. 新物种的转录组数据构建和功能研究
 
数据分析流程图
 

 

预期结果展示

 
示例图1 差异表达基因筛选

 
示例2 基因聚类分析heatmap图

 
示例3 差异基因互作网络图

 

示例4 lncRNA、基因与上游共有miRNA网络图

 
参考文献
 
[1] Guttman, M. and J. L. Rinn (2012). "Modular regulatory principles of large non-coding RNAs." Nature482(7385): 339-346.
[2] Xia, T., Q. Liao, et al. (2014). "Long noncoding RNA associated competingendogenous RNAs in gastric cancer." Scientific reports4.
[3] Barrett C L, Schwab R B, Jung H C, et al. Transcriptome sequencing of tumor subp