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文献和实验
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服务名称 :代谢组学测试、代谢组学数据分析
提供商 :南京科瑞吉生物科技有限公司
一、代谢组学介绍
代谢组学是继基因组学、蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科。如果把系统生物学中的基因组学、蛋白质组学比作探究生物现象原因的科学,那么,代谢组学可以理解成探究生物现象结果的科学,即直接研究生物体受基因和蛋白调控的所有代谢物的变化规律和功能的科学。以临床医学为例,通过代谢组学的方法,区别正常人和某类病人血液、尿液或其他生物样本的差异,以寻找有意义的生物标志物,用于疾病早期诊断、药物靶点发现、疾病机理研究及疾病诊断等。
代谢组学主要技术手段是核磁共振(NMR)及液相色谱质谱联用(HPLC-MS)等检测技术。代谢组学服务内容包括:样本的制备、谱图的采集、代谢物成分鉴定、数据分析与解释等。
二、技术特征
1 核磁共振(NMR)
最大的优势是对样品无破坏性,测定无偏向性,即适用于血液、尿液体液等液体样品,也适用于组织和器官等固体样品,并且测定速度快,可实现样品代谢组的动态监测,缺点主要是分辨率较低。
2 液相质谱联用(LC-MS)
优势主要表现在样品制备和前处理简单,实验重复性好,分辨率高,分离和分析范围广,缺点则主要表现在数据库完善程度不够,定性相对困难。
三、数据分析特征
1 主成分分析 (PCA)
主成分分析是代谢组数据常用的分析方法之一。通过主成分分析,可以了解不同代谢产物在区分不同样品中的权重,对于差异代谢产物的筛选特别是重要分子标志物的筛选具有极为重要的意义和价值。
2 偏最小二乘法-判别分析 (OPLS-DA)
偏最小二乘法-判别分析是模式识别的重要方法。该方法能够从复杂的数据中最大限度地提取简化后的信息以供分析。
3 代谢物功能分析
在差异代谢产物筛选的基础之上,分析代谢产物的生物学意义是代谢组学研究的最终目的。我们可以通过PCA、聚类等统计学分析结合Pathway回溯,代谢产物和蛋白/基因互作等生物信息学分析对代谢产物在生物体内的功能和作用有更深入的了解。
代谢组学服务项目
样本测试
样本数量:
微生物和细胞每组最少6个样品,模式动物每组最少10个,临床样本每组最少30个(所有样本数越多越好)。
样本收集:
1 血液
血清和血浆样品600μl/例(最少不能低于200μl/例),避免反复冻融,血清和血浆不能溶血。血浆样本使用肝素钠进行外周血采集,血清样本不加肝素钠,直接装入EP管即可,样品准备好后尽快冻存于-80℃。
2 尿液 尿液样品≥1ml/例,尿液分装到离心管,每管1ml,添加一滴(约10μl)质量体积为1/100 (w/v)的NaN3,样品准备好后尽快冻存于-80℃。
3 细胞
细胞样本需要淬灭(反复冻融法、细胞超声破碎等),同时保持细胞不裂解。
4 组织
收集的组织、器官于液氮或-80℃中冻存,或制备成匀浆液于-80℃冻存。
5 其他体液
脑脊液、淋巴液、羊水、卵泡液、膝盖滑液、眼泪、精液、粪便及肠道内容物提取液等样品准备要求请详细咨询我们。
样本制备:
溶解,离心,取上清,添加0.1%的2,2,3,3-三甲基甲硅烷基丙酸 (TSP) 重水溶液,于4℃保存,做1H NMR测试,记录并保存数据。
数据分析
检测谱图的积分
谱峰精细对齐
谱峰指认
多元统计分析(PCA、PLS-DA、OPLS-DA 等)
Box Plot 分析
Heat Map 分析
Fold-change Plot 分析
t test 等单因素统计分析
方差分析、假设检验等各种常规数据分析
代谢组学服务价格
服务类型 | 参考价格 | 时间 | 备注 |
NMR测试 | 商议 | 5-10工作日 | 根据样本的处理难度、所用氘代试剂种类而定,一般150-200元/样 |
LC-MS测试 | 150元/样 | 商议 | 测试样本较多,价格从优 |
代谢组学数据分析 | 商议 | 商议 | 根据代谢组学数据分析的数量及类型而定 |
代谢物成分鉴定 | 商议 | 商议 | 根据样本的类型及测试技术而定 |
全程服务 | 商议 | 商议 | 根据所选服务项目而定,一次收费,持续服务,直至论文发表 |
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