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文献和实验
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RNA干扰主体实验
服务简介:
shRNA表达载体构建好后,即可进行RNA干扰主体实验。
RNA干扰主体实验的重点在于:
- 成功将shRNA表达载体导入目的细胞。
如果目的细胞的质粒转染效率较低(低于70%) ,则应采用腺病毒或慢病毒载体,利用病毒载体的高感染率、高表达特性,以更好地开展RNA干扰主体实验。
- 设置好分组和对照。
详情见【TIPS : RNA干扰实验中的对照】。
- RNA干扰效率的检测(体外)。
一般应该从mRNA水平、蛋白质水平、细胞表型水平三个层次来检测干扰效率。
- mRNA 水平:RT-PCR、Real-Time PCR;
- 蛋白质水平Westem-Blot、ELISA 、免疫组化;
- 细胞表型水平MTT、克隆形成实验、流式细胞检测、细胞小室实验等。
- RNA干扰效率在动物模型上的进一步验证(体内)。
动物模型实验同以采取"体内法"和"体外法"。
体内法,即先做裸鼠成瘤模型,再将质粒或病毒导入裸鼠,检测RNA干扰效果。此法操作复杂,对质粒和病毒产品的质和量要求都较高,但是比较贴近实际,说服力较显著。
体外法,即先将质粒或病毒导入肿瘤细胞,再将肿瘤细胞导入动物体内,然后检测阳RNA干扰效果。此法操作较简单,对质粒和病毒产品的质量要求较低。
TIPS:RNA干扰实验中的对照
按照nature的标准,一个严格的RNAi介导knockdown实验要有6个对照:
- 转染试剂对照(监控转染及培养条件对结果的影响);
- nonsense siRNA对照(监控外源核酸本身对结果的影响);
- positive siRNA对照(监控假阴性);
- 技术重复对照(也叫off-target 对照,也就是利用至少2个靶点的siRNA同时实验,2个siRNA互为off-target control,当两者的表型相同时,才有可能是特异性的knockdown效应);
- rescue对照(knockdown之后做超表达,看是否有性状的逆转,这也是为了说明knockdown的特异性);
- 全表达组扫描对照(即转录/表达芯片扫描,以最终确定表型不是由于off-target造成)。
实际实验中,全表达组扫描对照很少有文献涉及。其它几个对照中,①、②两种对照即所谓的空白细胞对照、NC对照,基本是所有杂志都要求具备的。④、⑤两种对照, 主要是为了解决off-target效应,选做一种即可, 一般建议选⑤,涉及的实验即所谓的“RNA干扰回复实验”,本公司针对这一实验,有专门的“RNA干扰回复实验套餐”,详情请参见相关内容。
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