细菌/真菌全新基因组测序 (de novo Genome Sequencing)

服务名称 ： 细菌/真菌全新基因组测序(de novo Genome Sequencing)

研究内容：

Ø 对全新的物种进行测序，获得精细图/完成图

Ø 基因组/Pan-基因组重测序，获得精细图/完成图

Ø 通过全基因组测序获得基因簇的完整序列

Ø 基因预测、功能注释和比较基因组学分析

Ø 多种基因预测软件和转录组信息结合，确保基因预测的准确性

Ø 多种基因功能数据库，确保基因功能，代谢途径重建的完整

技术特点：

Ø Roche 454 GS-FLX、 Solexa GA/HiSeq2000或SoLID4不同长短序列读长完美结合

Ø Single read、Paired-end read和Mate Pair-end read (3, 8，20 kb插入片段)的完美整合

Ø 独特的Mate Pair-end read技术，read读长增加，配对效率高达90%以上

Ø 针对高GC的细菌(如：链霉菌、结核分枝杆菌等)，先进处理方案，获得高覆盖度，高质量的基因组序列

Ø 有完整的Gap Closing流程，高效快速获得基因组的完成图

Ø 全基因组完成图的序列精确度>99.99%

Ø 高质量的生物信息学分析，内容完全满足基本和深度分析

实际应用：

Ø 应用454 GS FLX系统，已完成百种细菌/古细菌（0.8-10Mb）的全基因组测序

Ø 应用Solexa系统，已完成几十种细菌（包括10余株结核分枝杆菌）的精细图测序工作

Ø 已完成子囊菌和担子菌等不同亚门的10多个真菌（25-70Mb）的全基因组测序

客户发表文章：

Ø The complete genome of Comamonas testosteroni reveals its genetic adaptations to changing environments. Appl Environ Microbiol. 2009; 75(21):6812-9

Ø Genome sequence of the versatile fish pathogen Edwardsiella tarda provides insights into its adaptation to broad host ranges and intracellular niches. PLoS One. 2009; 4(10):e7646.

Ø Complete genome sequence of Lactobacillus plantarum JDM1. J Bacteriol. 2009; 191(15):5020-1.

Ø Complete genome sequence of the rifamycinSV-producing Amycolatopsis mediterranei U32 revealed its genetic characteristics in phylogeny and metabolism. Cell Research 2010; June: 1-13.