甲基化测序

产品简介：

DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息，获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据，对表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。Bisulfite甲基化测序是以新一代高通量测序平台为基础，结合全基因组Bisulfite处理和生物信息数据分析技术，进行低成本、高效率、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制。

应用领域：

• 表观遗传差异研究：通过分析甲基化水平差异与其调控基因表达的机制，揭示表观遗传差异的原理，解析在胚胎发育、正常细胞功能维持、衰老等生命过程中DNA甲基化导致的表观遗传变化；

• 疾病机制研究：通过对疾病和正常组织进行DNA甲基化测序并比较分析二者差异，揭示DNA甲基化在疾病发生发展过程中所起的作用，阐明疾病发生机制；

• 筛选疾病相关甲基化标记位点：通过比较分析疾病与正常组织DNA甲基化差异，筛选与疾病相关的DNA甲基化标志物，利于疾病的预防和诊断。

产品优势：

• 检测范围广：扫描整个基因组区域的甲基化位点；

• 精确度高：直接对甲基化片段进行测序和定量，相比芯片，背景噪音低；

• 高覆盖度：可在全基因组水平上最大限度的获取完整的每一个C碱基的甲基化信息，精确绘制全基因组甲基化图谱。

技术路线：

分析内容：

1．标准信息分析

1） Bisulfite测序序列与参考基因组比对；

2） 测序深度和覆盖度分析：C碱基有效测序深度的累计分布统计和不同reads测序深度下的基因组覆盖度；

3） C碱基甲基化水平评估：C、CG、CHG和CHH平均甲基化水平；

4） 全基因组甲基化水平分布趋势：

a）甲基化C碱基中CG、CHG和CHH的分布比例；

b）CHG和CHH中的所有C的甲基化水平；

c）各条染色体、不同基因区域和不同基因元件区域中CG、CHG和CHH中C的甲基化水平；

d）CHG和CHH中甲基化C附近9 bp的序列特征分析；

e）全基因组甲基化图谱：染色体水平的甲基化C碱基密度分布，不同基因组区域和转录元件中的DNA甲基化水平。

5） 差异性甲基化区域分析（DMR）：

a）DMRs聚类分析；

b）GO功能分析；

c）KEGG通路分析。

6）甲基化水平与功能元件长度关系。

2.高级信息分析

1） 甲基化水平与转录水平关联分析：

a）差异表达基因的甲基化水平分布；

b）差异表达转座子的甲基化水平分布；

c）甲基化修饰与表达调控关系。

2） 甲基化基因和非甲基化基因的表达分析。

样品要求：

1. 样品类型：基因组DNA；

2. 样品浓度：≥100 ng/µl；

3. 样品总量：≥9ug；

4. 样品纯度：OD260/230=1.7-2.2；

5. 样品完整性：基因组DNA无明显降解，主带清晰，无严重RNA污染。