RRBS

产品简介：

RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing）是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，作为一种关注CpG-rich区域的甲基化研究方法，它通过酶切消化后筛选一定的片段，再辅以Bisulfite sequencing，既能实现单碱基的分辨率，又能避免过多的数据浪费，更有针对性的研究覆盖区域的甲基化状态，使得大样本量单碱基分辨率的甲基化差异研究成为可能。RRBS作为一种高性价比的甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

应用领域：

• 大样本单碱基分辨率甲基化差异分析

• 疾病分子标记开发

技术路线：

分析内容：

1.标准信息分析

1）去接头污染，去低质量的reads和数据产量统计；

2）RRBS序列与参考序列的比对；

3）Promoter和CpG岛（CGI）覆盖度分析：

a）Promoter和CGI覆盖个数统计；

b）Promoter和CGI区域覆盖分析；

c）C碱基有效测序深度的累积分布；

d）CG位点的覆盖度。

4）Promoter和CGI区的甲基化分析：

a）甲基化C碱基中CG、CHG、CHH的分布比例；

b）甲基化C和所有C的平均甲基化水平；

c）Promoter和CGI区域甲基化图谱。

5）差异性甲基化区域分析：

a）差异甲基化（DMRs）分析；

b）DMRs聚类分析；

c）GO功能分析；

d）KEGG通路分析。

6）甲基化水平与功能元件长度关系。

2.高级信息分析

甲基化水平与转录水平关联分析：

a）差异表达基因的Promoter区域的甲基化水平分布；

b）甲基化修饰与表达调控关系。

样品要求：

1.样品类型：无降解且无RNA污染的DNA样品；

2.样品需求量：≥5 μg；单次最低建库起始量可降至200 ng；

3.样品浓度：≥50 ng/μl；

4.适用物种：人和鼠；

5.样品纯度：OD260/280=1.8~2.0。