GRO-seq (新生RNA-seq)服务

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服务名称：GRO-seq (新生RNA-seq)服务

提供商：表观生物

项目简介

GRO-seq (Global nuclear Run-On sequencing)是一种专门测量新生RNA的方法。该方法通过对细胞进行迅速冷冻，使细胞核内正在转录的复合体处于冻结状态，然后提取细胞核，加入Run on缓冲液，使其重新恢复RNA的转录。利用抗BrdU抗体提取带BrU标记的新生成RNA ，用于下一步高通量测序分析。

新生RNA的变化直接反映了转录调控的多种机理，通过GRO-seq技术，可以观测到基因组水平正在进行的转录，这是一种对所有参与RNA聚合酶位置、数量和定向的高分辨率虚拟图谱。

应用范围

1、取代常规RNA-seq，精准检测实时转录状态的基因表达

2、精确定位基因的转录位置和转录方向

3、发现直接作用的靶标基因

4、发现新的转录本，包括非编码RNA

5、鉴定eRNAs分子

实验流程

送样要求

1.具备条件的，可以把细胞核分离好液氮速冻并干冰运输。

2. 不具备前期准备条件的，需提供活细胞及配套培养基，常温运输。如需进行细胞前处理，请提供详细说明和相关材料，并收取相应处理费用。细胞培养及收集需根据细胞类型不同而收取相应费用。

细胞数量

1x10⁷个细胞每样本

仅限物种

人、大鼠、小鼠

测序模式

SE 50

测序数据量

20M

生物信息分析

1. 数据产出统计，对原始测序数据去接头、去低质量 reads、去污染；

2. 测序序列与参考基因组序列的比对，Reads在全转录组的分布；

3. Reads在转录起始位点（TSS）附近的meta分析；

4. 转录暂停基因分析

5. eRNA分析

6. 差异基因分析

7. 差异基因 GO 功能聚类分析及KEGG生物通路富集分析

参考文献

Core L J, Waterfall J J, Lis J T. Nascent RNA sequencing reveals widespread pausing and divergent initiation at human promoters[J]. Science, 2008, 322(5909): 1845-1848.

Danko C G, Hyland S L, Core L J, et al. Identification of active transcriptional regulatory elements from GRO-seq data[J]. Nature methods, 2015, 12(5): 433-438.