原核转录组测序-欧易生物

原核转录组测序-欧易生物

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产品详情

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服务名称 :原核转录组测序

提供商 :上海欧易生物医学科技有限公司


产品介绍

原核转录组测序是基于二代高通量测序平台,

构建链特异性文库研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA。

由于原核生物mRNA没有 polyA尾结构,通常需要去除rRNA来获得mRNA。

原核转录组测序从基因序列水平和表达水平来获得原核生物在某个时期或者在某种环境条件下所有的序列信息,

揭示微生物不同表型形成的分子调控机制。

欧易特色

处理复杂样本经验丰富

丰富的原核生物转库组测序建库经验,有效去除rRNA

协助客户快速、准确地进行生物信息分析

技术参数

分析内容

结果展示

案例分享

IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation

and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila

IolR是一种肌醇代谢途径的负调控因子,通过下调嗜水气单胞菌的RpmA来抑制细胞的自聚集和生物膜的形成

发表期刊:npj Biofilms and Microbiomes | 影响因子:7.067

研究背景

嗜水气单胞菌是引起鱼类运动性气单胞菌败血症的病原体。先前的研究表明,肌醇代谢对于这种细菌的毒性至关重要。

IolR是一种负性调节肌醇代谢活性的转录抑制剂。

在研究嗜水气单胞菌流行菌株NJ-35的肌醇分解代谢过程中,偶然发现ΔiolR突变体与野生型相比表现出明显的自聚集,并增加生物膜的形成。

研究结论

表面蛋白在嗜水气单胞菌自聚集中的作用已通过不同的降解处理得到证实。

此外,钙促进聚集体的形成,这种聚集在钙螯合剂EGTA的存在下消失。

转录组分析结合靶向基因缺失研究结果表明:iolR失活引起的生物膜形成和自聚集是由于RTX家族粘附基因rmpA转录增加所致。

此外,还确定了IolR直接调节rmpA的转录。

这些结果表明,iolR与嗜水气单胞菌的自聚集和生物膜形成负相关,并且这种情况与其抑制rmpA的表达有关。

参考文献

Dong Y, Li S, Zhao D, et al. IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila[J]. npj Biofilms and Microbiomes, 2020

案例分享

Ethanol Metabolism Dynamics in Clostridium ljungdahlii Grown on Carbon Monoxide

一氧化碳胁迫下生长的永达氏梭菌的乙醇代谢动力学

发表期刊:Applied and Environmental Microbiology | 影响因子:4.016

研究背景

近年来,使用产乙酸细菌从合成气生产生物乙醇备受关注。然而,低乙醇产率是使用微生物催化剂将合成气发酵为生物燃料商业化道路上的一大挑战。

当前的研究表明自养生长过程中乙醇代谢在NADH / NAD+循环中发挥重要作用。双功能醛/醇脱氢酶(adhE)基因的缺失导致气体发酵中明显的增长不足。


研究结论

使用特定发酵技术将气体压力和pH分别恒定控制在0.1 MPa和6.0,我们发现乙醇是在指数期形成的,并与生物量产生密切相关。

然后,荣格氏梭菌通过醛铁氧还蛋白氧化还原酶途径将乙醇氧化为乙酸。

使用13C标记的乙醇和乙酸盐进行的代谢实验,氧化还原平衡分析和比较转录组分析表明,乙醇的合成和再利用共享代谢途径,但发生在不同的生长阶段。

参考文献

Liu ZY, Jia DC, Zhang KD, et al. Ethanol Metabolism Dynamics in Clostridium ljungdahlii Grown on Carbon Monoxide[J]. Applied and Environmental Microbiology, 2020, 86(14).




常见问题

Q1.物种没有参考基因组,可以做原核转录组分析吗?

不可以。原核转录组要求有参考基因组,因为原核生物的mRNA一般为多顺反子,直接拼接效果较差。

Q2.原核生物可以做sRNA的分析吗?

可以。原核转录组产品的标准分析中就包含sRNA的分析,包括sRNA的表达水平分析及结构水平分析。

Q3.只关注基因的表达情况,可以不做结构上的分析吗?

可以。原核转录组只做基因的表达及差异基因的分析的产品,可以满足不同客户的需求。

Q4.能否提取部分基因来做差异分析?

差异分析是基于整体来做的,差异分析软件的作者推荐用全部数据进行差异分析,若使用部分基因做分析,会影响数据整体的分布特征,如测序深度、reads分布特征。所以不推荐老师抽取部分来做差异分析。


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