宏基因组测序（Metagenomics Sequencing）和宏转录组测序

高通量测序服务-宏基因组测序（Metagenomics Sequencing）和宏转录组测序

2016年，世和基因引进10台HiSeq X “超级” 测序平台，致力于成为全球领先的基因组学研究解决方案提供者，专注于动植物生命科学，临床转化医学，人类健康，及药物研发等领域的开发应用。现在公司高通量测序平台包括 10 台 HiSeq X、HiSeq 4000、MiSeq、NextSeq 500等平台，可满足临床诊疗业务及科研业务不同需求，是基因组学的首选合作伙伴。HiSeq X Ten是Illumina公司推出的最高通量，最高效率，最低成本的测序系统，首次实现了将人类基因组重测序成本降低到了1000美金以下。HiSeq X Ten由10台超高通量测序仪HiSeq X组成，系统单台仪器每次运行可产出高达1.8Tb的数据，测序读长为2×150b，运行时间为三天以内。10台仪器同时运行时，每年可完成可超过18000个人类基因组重测序（30×覆盖度）。因此，HiSeq X Ten系统将使研究人员更易于开展大规模人类基因组测序，并将有利于深入挖掘与癌症及复杂疾病相关的遗传变异。

宏基因组测序（Metagenomics Sequencing）是对特定环境（或者特定生境）样品中的微生物群体基因组进行高通量测序，解读微生物种群结构、多样性与丰度、基因功能活性、微生物与环境，微生物与宿主相互协作关系。宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制，扩展了微生物资源的利用空间，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。宏基因组测序分为两种： 一种是对对样本中全部DNA进行建库并测序，另一种16s rDNA区段进行PCR特异扩增后再对扩增产物测序。

16S/18S rDNA测序与宏基因组测序的区别：16S/18S rRNA基因测序以细菌16S rRNA 或者真菌18S rRNA 基因测序为主,核心是研究样品中的物种分类、物种丰度以及系统进化。宏基因组测序以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，直接从环境样品中提取全部微生物的DNA，构建宏基因组文库，利用高通量测序技术分析环境样品所包含的全部微生物的群体基因组成及功能和参与的代谢通路，解读微生物群体的多样性与丰度，探求微生物与环境，微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。

宏转录组测序是以环境中全部RNA作为研究对象，从整体水平上研究某一特定环境，特定时期环境微生物群落的全部基因组转录情况以及转录调控规律，提取环境微生物群落中的全部转录本，进行高通量测序，通过信息分析手段揭示微生物在不同环境条件下的基因调节调控和表达的差异性，与宏基因组研究相辅相成。

一、服务平台以及技术路线：世和基因--高通量测序服务专家



全 DNA 测序 16s rDNA 测序

宏转录组测序技术路线

二、主要研究对象
1、人体微生物：口腔、消化道、呼吸道、鼻腔、生殖道、皮肤等部位的微生物；
2、动物微生物：瘤胃、昆虫肠道等部位的微生物；
3、环境微生物：土壤、海洋、湖水、矿地、极地微生物等；
4、植物内生菌：植物的菌根等；
5、工业微生物：酿酒微生物、发酵微生物、沼气微生物等；
6、特殊环境的微生物：矿井、火山口等环境微生物。

三、服务相关-样品要求

样品类型	DNA 样本
样品量	≥ 3ug DNA
样品质量	OD260/280值在1.8～2.0 之间；样品的主带应在23kb以上，保证基因组无降解，浓度≥50 ng/μL。
样品保存	溶于TE或者双蒸水，样品必须注明溶剂成分.
样品运输	样品置于1.5 mL管中，封口膜封好，低温寄送样品或干冰邮寄，

样品类型	总 RNA 样本
样品量	≥ 5ug
样品质量	RNA无明显降解，提取的总RNA，OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥500 ng/μL，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。
样品保存	RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
样品运输	置于1.5 mL管中，封口膜封好，干冰运输。

四、生物信息学分析内容
宏基因组:

1. 数据质量评估与过滤
2. 物种鉴定，注释与分类
3. 物种丰度分析与聚类
4. 多样品群落结构差异性比较分析

宏转录组：

1. 数据质量评估与过滤
2. 基因预测
3. 基因表达分析
4. 基因功能注释
5. 差异性表达分析
6. GO功能分析和KEGG代谢通路分析

公司简介：

世和基因是癌症个体化医疗诊断及高通量测序行业的先行者与领航者，2008年末一批在生物医药领域有突出贡献的北美华人科学家开始致力于高通量全景癌症基因测序的研究。世和基因生物技术团队由多名多伦多大学，哈佛大学，斯坦福大学，新加坡国立大学，北京大学及NIH博士和专家组成，专注于高通量测序、癌症生物学、生物信息学领域并拥有丰富的分子遗传研究及临床转化经验。 世和基因依托雄厚的技术实力与世界顶级综合性医院、大学、研究所携手生命科学领域研究，共同推进基础研究向临床成果转化。同时，世和基因科研团队在科研立项、投稿、沟通、修改上处于国际领先水平，至今已发表高影响因子文献（20分以上）近10篇，并拥有数项核心专利。

世和优势：

1. 严格的质量把控

世和基因的测序流程在符合国际标准的临床实验室开展，执行最严格的质量监控，完善的实验流程管理，智能化LIMS报告系统。

2. 高稳定的数据输出

使用illumina原厂进口测序试剂，配备了高通量测序所需的整套分子生物学设备。世和基因在碱基准确度、测序均一性、可用数据比例等方面的质量标准均全球遥遥领先。我们不仅承诺lane/flow cell/run 的总数据量，还承诺测序数据的Q30。

3. 多样化的测序平台

世和基因拥有HiSeq X， HiSeq 4000, MiSeq, NextSeq 500等测序仪，多种测序平台保证了项目的快速进行及灵活性。

4. 强大的技术支持与生物信息分析团队

丰富的基因组项目及处理不同样品的经验，技术支持由国际名校的博士团队承担，强大的生物信息团队可针对不同项目进行深入分析与数据挖掘，保证提供最优最新最全的解决方案。

5. 价格优势及短周期

世和基因致力于不断降低顾客的测序成本，缩短测序周期。我们承诺提供优于同行的测序价格和测序周期。

世和基因中国总部

南京世和基因生物技术有限公司

南京高新技术产业开发区新锦湖路3号-1

中丹生态生命科学产业园02栋18楼

邮编：210061

电话： 400-636-2325

信息咨询：

业务咨询：

合作咨询：