蛋白质组学

蛋白质作为生命功能的最终执行者，其重要性不言而喻，深入研究蛋白质的结构、功能以及他们之间的相互作用，将成为最终揭示疾病发生、发展和转化规律最关键的环节之一。SELDI-TOF-MS是由美国赛弗吉生物系统有限公司（现属Bio-Rad公司）开发的一种利用表面增强激光解离/离子化质谱技术的蛋白芯片分析系统，广泛应用于各类疾病特异性生物标志物的检测和筛选，蛋白质的相互作用研究，揭示蛋白酶的作用，测定血清中小分子物质的含量以及新药的研制和开发等领域。该系统在检测低丰度、低分子量蛋白方面有独特优势。

一、技术路线和方法：

采样（血样、尿样或其他）

芯片类型的选择（亲水，疏水，阴、阳离子交换等）

点样

未结合成分洗脱

阅读机上进行分析

生物信息学分析

二、生物信息学分析
2.1 基本数据分析
分析模块01：数据预处理
分析模块02：差异peak筛选
分析模块03：层次聚类分析
分析模块04：PCA分析
分析模块05：决策树模型构建
分析模块06：差异蛋白鉴定
2.2 高级数据分析
分析模块07：差异蛋白互作网络构建
分析模块08：差异蛋白代谢通路分析
分析模块09：多组学数据关联分析（具备多组学数据）
三、样品要求
3.1 血清
1） 样品量要求：50ul/例 （不得低于20ul/例），一定避免反复冻融。
2） 收集步骤：抽取静脉血2ml，至于4℃冰箱静置2-4h，然后4℃，3000r/min离心10min，取上清分装，-80℃冻存。
3.2 尿液：
1） 样品量要求：100ul/例。
2） 收集步骤：收集晨起第二次中段尿， 1000r/min离心5min，取上清分装，-80℃冻存。同时采用双辛可宁酸法（BCA法）测定每份尿液蛋白浓度。
3.3 组织
3） 1）样品量要求：100ul/例。
2）收集步骤：组织样品100mg，加入裂解液（建议使用碧云天裂解液，详细操作参照说明书），裂解后15000r/min，4℃离心10min，取上清分装，-80℃冻存。同时采用BCA法测定每份样品蛋白浓度。
其他种类的样品在收集之前请联系公司销售工程师。