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文献和实验
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服务名称 :宏转录组测序
提供商 :威斯腾生物
一、转录组测序介绍:宏转录组(Metatranscriptome)测序是指从整体水平上研究某一特定环境,特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律的研究手段,它以生态环境中的全部RNA为研究对象,避开了微生物分离培养困难的问题,能有效的扩展微生物资源的利用空间。相较于宏基因组,宏转录组能从转录水平研究复杂微生物群落变化,能更好的挖掘潜在的新基因。
二、转录组测序优势:
短周期,高通量,全分析,已广泛应用于肠道内容物、土壤、水体等研究中。
三、转录测序操作步骤:
1、研究对象的选取;
2、提取RNA,RNA量≥2.5ug;
3、文库构建;
4、PE150测序(5-10Gb);
5、信息分析,分析内容包含De novo拼接、物种注释及分类、功能注释(KEGG,eggNOG,CAZY),Nr数据库比对,GO富集,KEGG富集,多样品比较分析等。
四、微生物样本的制备(土壤、水体样本制备):
(1)普通土壤样本:根据研究目的确定采样范围,取样器具要事先消毒灭菌处理。采样时应去除表面浮土,使用乙醇火烧的铲子挖取地下5~20cm的土层,去除可见杂质后,土壤过2mm筛网。每个样品从3个或以上采样点采集并混合,去除杂质后,每5~10g分为一份,保存于无菌离心管中,置于0℃以下运回实验室,用于抽提DNA。如不能马上实验,置于-80℃保存。
(2)水体样本:根据研究目的确定采样深度和范围,采集好的水样需要通过滤膜进行过滤,可以根据水样的浑浊程度选择相应孔径的滤膜,之后置于-80℃保存备用。
清亮水样:可选择小孔径的滤膜,一般选0.22μm 或0.45μm 的滤膜,过滤水样体积大于10L;
浑浊水样:过滤前静置分离悬浮颗粒,也可以用大孔径的滤膜预过滤一遍,再用小孔径的滤膜进行过滤。
五、服务周期
65天
六、服务流程:
威斯腾生物服务项目
分子生物学类 | 蛋白质与免疫学 | 动物实验 |
实时荧光定量PCR | 单克隆抗体制备 | 帕金森疾病模型 |
免疫共沉淀(Co-IP) | 多克隆抗体制备 | 抑郁症动物模型 |
ELISA(酶联免疫吸附法)技术 | Western-blot 实验服务 | 脊髓损伤模型 |
生化指标检测 | 蛋白双向电泳实验服务 | 脑外损伤模型 |
双荧光素酶报告基因检测 | 原核蛋白表达纯化 | 骨神经损伤模型 |
染色质免疫共沉淀(ChIP) | 真核蛋白表达纯化 | 心肌缺血模型 |
GST pull Down | ITRAQ定量蛋白质组学 | 心力衰竭模型 |
SLAC蛋白组学 | 肺动脉高血压动物模型 | |
高血压模型 | ||
病毒类 | 实验课题整体外包 | 粥样动脉硬化模型 |
过表达/干扰慢病毒包装纯化 | 整体课题外包 | 大脑中动脉阻塞模型 |
过表达/干扰腺病毒包装纯化 | 细胞整体实验外包 | 慢性之气管炎模型 |
逆转录病毒包装纯化 | 动物整体实验外包 | 过敏性哮喘模型 |
腺相关病毒包装纯化 | 肺炎大鼠模型 | |
肝炎-肝硬化-肝癌模型 | ||
蛋白芯片 | 原代细胞培养 | 肝纤维化模型 |
细胞因子芯片 | 骨髓间充质干细胞培养 | 胆结石模型 |
生长因子芯片 | 脂肪干细胞培养 | 急性胰腺炎模型 |
信号通路磷酸化水平检测芯片 | 心肌成纤维细胞培养 | 急性肾衰竭模型 |
BioPlex悬浮芯片 | 软骨细胞培养 | 体内血栓模型 |
生长因子芯片 | 血管内皮细胞培养 | 关节炎模型 |
炎症因子芯片 | 神经元细胞培养 | I型和II型糖尿病模型 |
血管生成因子芯片 | 内皮组细胞原代培养 | 裸鼠成瘤 |
凋亡因子芯片 | 基因编辑动物 | |
趋化因子芯片 | 电生理相关服务 | 动物整体实验服务 |
HuProt TM 20K人类蛋白组芯片 | 膜片钳实验 | |
细胞生物学 | 高通量测序 | 代谢组学 |
细胞原代培养 | mRNA测序 | 气相色谱GC/MS |
MTT检测 | LncRNA测序 | 液相色谱LC/MS |
细胞凋亡检测 | 全基因组测序 | 核磁共震NMR |
细胞周期检测 | RNA-Seq测序 | |
细胞克隆形成实验 | 外显子测序 | 影像学相关实验 |
Transwell细胞迁移/侵袭 | 16s扩增子测序 | Micro-CT |
流式分选 | Small RNA测序 | 小动物活体成像 |
CCK8/XTT检测 | 宏基因组测序 | 核磁共振 |
台盼蓝检测细胞活性 | 单细胞测序 | PET-CT |
药物筛选细胞学实验 | circleRNA测序 | |
细胞粘附性检测 | 甲基化测序 | 基因编辑动物 |
细胞划痕实验 | 条件性敲除小鼠/大鼠 | |
细胞生物学整体实验 | 全基因敲除小鼠/大鼠 | |
细胞成管实验 | ||
病理类 | CRISPR/Cas9细胞敲除/敲入 | 基因芯片 |
扫描电镜 | 基因定点突变细胞系 | LncRNA芯片 |
透射电镜 | 单基因敲除细胞系 | miRNA芯片 |
HE染色 | 多基因敲除细胞系 | mRNA芯片 |
免疫组化 | 目的基因敲入细胞系 | 甲基化芯片(限人和小鼠来源样本) |
Tunel(原位末端凋亡法)检测 | 报告基因敲入细胞系 | SNP芯片(限人和小鼠来源样本) |
激光共聚焦 | miRNA/LncRNA敲除细胞系 | |
免疫荧光 | ||
Masson染色 | CRISPR/Cas9动物敲除/敲入 | 科研方案设计与SCI相关服务 |
原位杂交 | 基因敲除大鼠/小鼠 | 科研文献论著翻译 |
荧光原位杂交 | 基因敲入大鼠/小鼠 | SCI论文翻译润色服务 |
特殊染色(PSA、茜素红、阿尔新蓝等) | 临床实验/科研实验设计方案指导 | |
行为学检测 | 药物筛选服务项目 | 药效学评价 |
水迷宫实验 | 高通量自动药物筛选平台 | 神经系统药物药效学评价 |
旷场实验 | 细胞高内涵药物筛选平台 | 抗肿瘤药物药效学评价 |
重复性刻板行为检测 | 蛋白质组学靶标研发平台 | 心血管系统药物药效学评价 |
动物跑台检测 | 分子药理研究平台 | 泌尿系统药物药效学评价 |
强迫游泳 | 生物膜片钳药物筛选平台 | 内分泌系统药物药效学评价 |
常规药物体外筛选 | 抗炎免疫药物药效学评价 |
【本平台合作项目】
分子生物学、细胞生物学、基因敲出/入、模式动物、SPF动物保种、病理学检测、免疫学检测、影像学检测、原代培养、细胞药筛、CRISPR/Cas9基因编辑、基因芯片、高通量测序、蛋白组学、代谢组学、高通量高内涵筛选、药效学评价、药理毒理学实验、慢病毒包装与稳转株建立、SiRNA与纳米载药、ChIP、CO-IP、生物信息学分析、知识产权服务!
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