lncRNA-seq实验及分析价格_品牌:-丁香通官网

服务名称：lncRNA-seq实验及分析

提供商：上海嘉因生物科技有限公司

1 简介

基因组的70%可以形成转录本，然而其中极少数能够翻译成为蛋白质；人类基因组中蛋白编码基因（protein-coding gene）仅占2%，果蝇中占17%。因此，大部分的转录本都是非编码RNA（non-coding RNA）。lncRNA长度大于200bp，能够形成高级结构，从而特异性地与生物大分子相互作用，且很多lncRNA都有很高的保守性。小鼠中70%的转录本都是antisense转录本，其中多为lncRNA。
lncRNA-seq检测非编码RNA（lncRNA）的表达水平，识别新的lncRNA，可以有效的解析lncRNA参与生物过程的分子机制。

2 技术路线

3 生物信息学分析

标准信息分析：

原始数据的下机处理
Fastq文件的基本质控
Fastq文件回贴到参考基因组以及RNA-seq数据的特殊质控
检测lncRNA表达量
lncRNA差异表达分析
差异表达的lncRNA的
疾病关联性注释
从差异表达的lncRNA列表中提取出功能诠释较为完备的lncRNA
预测与lncRNA特异性结合的蛋白质

定制化信息分析：

特定lncRNA的生存分析
多组学综合分析
其他定制化分析

4 应用案例

竞争性内源lncRNA-BGL3是抑癌基因：

lncRNA的异常表达与许多癌症相关。这里，研究人员揭示了lncRNA-BGL3在由Bcr-Abl介导的细胞转化过程中的重要作用。研究人员有两个重要发现。
研究人员利用高通量技术，发现抑制Bcr-Abl的表达会诱导lncRNA-BGL3的表达。细胞实验和动物实验又进一步揭示了lncRNA-BGL3的抑癌作用。
研究人员又通过生物信息学分析，揭示了lncRNA-BGL3作为竞争性的内源基因，通过作为若干microRNA的靶基因，从而调控抑癌基因PTEN的丰度。

5 参考文献

Transcriptional profiling of long non-coding RNAs and novel transcribed regions across a diverse panel of archived human cancers. AL Brunner, AH Beck, B Edris, RT Sweeney. Genome biology (10.288), 2012