SNP分型

服务名称 ：SNP分型

提供商 ：武汉爱基百客生物科技有限公司

SNP分型
简介
SNP(single nucleotide polymophism)，即单核苷酸多态，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说，一个 SNP 位点只有两种等位基因，因此又叫双等位基因。SNP 在人基因组中的发生频率比较高，大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点，有些 SNP 位点还会影响基因的功能，从而导致生物性状改变甚至致病。单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据，因此被广泛用于群体遗传学研究（如生物的起源、进化及迁移等方面）和疾病相关基因的研究，在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。

我公司采用先进的ABI 7900 Real-Time PCR 仪器，本仪器是高通量实时荧光定量 PCR 系统。它兼容96孔板，384孔板和 Taqman 低密度表达谱芯片。7900HT 型荧光定量 PCR 仪可满足从中通量到高通量的基因表达定量和 SNP 多态性实验的需求。

服务流程

Real-Time PCR 常用的两种方法为：荧光染料掺入法和 Taqman probe （探针法）。我们选用新一代的染料 EVA Green ，相比 SYBR Green I 稳定性得到大大增强，减少了抑制作用。

服务内容：

1. 目前提供定量PCR检测的方法有：

a. SYBR GREEN 检测，每个基因，每个样品重复三次

b. Tqman 检测，每个基因，每个样品重复三次

c. 杂交探针检测，每个基因，每个样品重复三次
2. 如提供提取完成的RNA要保证符合我们实验的标准

服务承诺

1. 提供详细的报告，报告提供的内容完全可以满足你论文或是写文章的需要；

2. 本公司保证检测结果准确、客观、可信，但不能确保一定要得到某特定结果。

产品服务内容：

成功案例

武汉大学、武汉同济医院、武汉协和医院、华中农业大学、中科院植物研究所、西安交通大学、广东医学院附属医学院、江苏省人民医院、大连医学院附属第二医院、广东医学院病理教研室、医科院病原所、温州医学院、湖南南华大学、山东大学、中国医科大学附属第一医院、湖南湘雅医院、农科院畜牧所、中国农业科学院蔬菜花卉研究所、哈尔滨医科大学、中国疾病预防控制中心、中国农业大学、北京协和医院等。

SNP研究思路

1. 寻找研究相关的 SNP 位点
a. SNP 芯片检测找到相关 SNP 位点；
b. 二代测序检测得到相关的 SNP 位点；
c. 通过参考资料锁定研究相关的基因，通过数据库查到基因内部的 SNP 位点；
d. 若数据库没有查到相关基因的 SNP 位点，需要提供实验组样本进行外显子测序比对，找到 SNP 位点；
e. 查找相关的参考文献，找到研究相关的 SNP 位点。
2. 验证 SNP 位点
采用对照组和实验组的大量样本，验证寻找到的实验相关的 SNP 位点；
a. 质谱法：基于 Sequenom 平台的 SNP 分型检测；
b. SNaPshot 法：基于ABI 3730xl 测序平台的 SNP 分型检测。
3. 关联性分析
根据已有的对照组合实验组的 SNP 分型结果，与实验目的进行关联分析。
a. 与疾病的关联分析等；
b. LOH分析；
c. 遗传连锁分析。

可供利用的公开 SNP 网上资源

1. 由美国国立卫生研究院（National Institutes of Health, NIH）提供的主要是与癌症和肿瘤相关的候选SNP数据库：http://cgap.nci.nih.gov/GAI；
2. 由NIH开辟的适于生物医学研究的dbSNP多态数据库： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP；
3. 由人类基因组组织机构（Human Genome Organization, HUGO）维持的突变数据库：http://ariel.ucs.unimelb.edu.au:80/~cotton/mdi.htm；
4. 由美国白头研究所（Whitehead Institute for Biomedical Research Genome Institute）建立的人类SNP数据库：http://wwwgenome.wi.mit.edu/SNP/human/index.html；
5. 由华盛顿大学（Washington University）支助的按染色体位置组织的SNP数据库： http://www.ibc.wustl.edu/SNP；
6. 由瑞典卡尔林斯卡研究院(Karolinska Institute of Sweden)建立的HGBase数据库：http://hgbase.cgr.ki.se/；
7. 由国际医药与信息加工公司联合组成的SNP 研究联盟（The SNP Consortium, TSC）建立的SNP 数据库：http://snp.cshl.org/db/snp/map；
8. 由美国国立环境健康科学研究院(National Institute of Environmental Health Science)资助的犹他州大学SNP数据库：http://www.genome.utah.edu/genesnps/。

武汉爱基百客生物科技有限公司
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