SSR标记开发

服务名称 ：SSR标记开发

提供商 ：武汉爱基百客生物科技有限公司

SSR标记开发
简介
SSR（Simple Sequence Repeats），又叫微卫星DNA(Microsatellite DNA)。重复单元很短，只有1-6 bp；重复数可变，总长度为几十个bp，分布于整个基因组的不同位置上。微卫星 DNA 两端的序列一般是相对比较保守的单拷贝序列，据此可设计特异引物进行 PCR 扩增。根据串联重复数不同，便可以揭示微卫星 DNA 长度的多态性，具长度多态性的片段可用作分子标记。微卫星标记因具多态性丰富、重复性好、共显性等优点广泛应用于遗传图谱构建、种群遗传学、指纹分析、系统发育等研究领域。

实验仪器

推荐平台：ABI3730。

服务内容

我们提供客户 PCR 产物扫描图及数据分析，针对客户特定的样本设计实验方案，包括荧光标记的选择，引物的合成，荧光分子量 Marker 的选用等，并完成特定样本的 SSR&STR 分型服务。

信息分析

1. 原始数据整理、过滤及质量评估

a. 测序数据量统计

b. 测序质量评估

c. 单碱基质量分布

d. 碱基 GC 含量

e. 模糊碱基分布

2. SSR 分析

a. SSR 搜索

b. 重复序列信息

c. SSR 碱基分布

d. 不同长度SSR 分布

e. 引物设计

f. 引物列表

3. 样品间SSR 聚类及统计比较

a. 相似SSR 统计

b. SSR 多重比对

送样要求

1. 基因组DNA：浓度≥100 ng/μL，总量≥10 μg，OD_260/280介于1.8~2.0之间，电泳检测无明显 RNA 条带，基因组条带清晰、完整。样品浓度越高越好。

2. 血液样品：≥1mL，请使用专业抗凝管储存样品。

3. 动物组织样品：要求新鲜动物组织，避免脂肪组织，各样品重量＞10 g，干冰或液氮保存寄送。

4. 植物组织样品：要求新鲜较嫩的叶片组织，各样品重量＞10 g，干冰或液氮保存寄送。

5. 样品保存期间切忌反复冻融。

6. 请使用冰袋或干冰运输，避免 DNA 降解。

7. 请填写完整的送样单，用自封袋密封后随同样品一起送样。

8. 您还需要提供所有用于该项目实验的引物及荧光标记的类型。

适用领域

传统的 SSR 分子标记过程中存在挑克隆建库等繁琐的实验流程，而本方案是通过高通量测序的方法来寻找一条高效快速的取代途径。

1. 可进行未知基因组的物种进行 SSR 标记开发。

2. 文库筛选率高，可最高达70%；而传统方法筛选率在30%左右。

3. 数据产出量高，可得到几十万条包含 SSR 位点的序列。

4. 结合高通量测序技术及强大的生物信息分析技术，可对整个未知基因组进行搜寻，提高分子标记的开发力度。更容易发现新的 SSR 标记。

5. 更专业的 SSR 标记分析系统，个性化的数据分析。

武汉爱基百客生物科技有限公司
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