CLIP-紫外交联免疫沉淀技术

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服务名称：CLIP-紫外交联免疫沉淀技术

提供商：武汉爱基百客

CLIP-紫外交联免疫沉淀技术
简介
紫外交联免疫共沉淀测序（CLIP-seq）即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序（crosslinking-immunprecipitation and high-throughputsequencing），是一项在全基因组水平揭示 RNA 分子与 RNA 结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于 RNA 分子与 RNA 结合蛋白在紫外照射下发生耦联，以 RNA 结合蛋白的特异性抗体将 RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的 RNA 片段，经过添加接头、RT-PCR 等步骤，对这些分子进行高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、总结，挖掘出其特定规律，从而深入揭示 RNA 结合蛋白与 RNA 分子的调控作用及其对生命的意义。
CLIP-seq 技术由于可以高通量的研究蛋白在体内与 RNA 的结合情况，极大的促进了蛋白质-RNA 相互作用的研究。最近，这项技术也被应用到 microRNA 靶标鉴定等工作中。
在动物体内，成熟的单链miRNA 与一系列蛋白形成miRNA 诱导的沉默复合物(RISC)，结合于靶 mRNA 的3"-UTR区，阻止所结合的 mRNA 的翻译或直接降解靶miRNA。基于这一原理，我们可以通过 CLIP-Seq 技术来进行 miRNA 靶基因的筛选。
CLIP-seq 方法的应用能够非常明显地降低 miRNA 结合位点的假阳性预测频率并且减小 miRNA 结合位点搜寻空间的范围。可以在全基因组范围内鉴定 AGO2 蛋白在不同 RNA 上的结合位点。

技术介绍

CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitationandhigh-throughput sequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式，并揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。

技术参数

样本准备：细胞系≥10⁷个

抗体：商业化ICC/IF级别抗体

测序策略：Hiseq PE150；Clean reads≥20M

项目周期：75个工作日

技术路线