1、动植物基因组de nove测序和重测序价格

服务名称：高通量测序——动植物基因组de nove测序和重测序

提供商：圣庭生物

全基因组从头测序
全基因组从头测序（De Novo Sequencing）在没有参考基因组的情况下对某物种的全基因组进行测序和组装，从而绘制该物种的全基因组序列图谱。随着测序技术的发展，测序成本和测序时间大大降低，全基因组从头测序已经成为快速了解该物种的一个重要途径。尤其与人类生存相关的物种，如水稻、玉米、棉花等基因图谱的绘制完成，标志着我们可以从基因组水平对这些物种的生长、发育、进化、起源等问题进行研究，从而对基础生物学、分子育种、遗传基因改良等方面的研究起到巨大的推动作用。
1、技术线路

2、信息分析
基因组拼接组装统计：原始数据统计、测序覆盖度统计Contig N50大小、基因组GC含量等信息
基因组注释：基因预测、功能基因注释（与Nt、Nr、Swiss-Prot、Interpro等数据进行同源比对）、重复序列分析及Non-coding RNA注释等
基因功能分析：包括GO富集分析、KEGG通路分析等
比较基因组学及进化分析：通过比较相近物种的基因组数据，从基因功能、基因组骨架结构、分子进化等方面对目标物种基因组进行深入分析）
3、样品要求

注：1、动植物全基因组de novo测序建议总DNA样品量不少于500ug；
2、构建大片段文库，需根据脉冲场电泳检测结果，如果构建2-5k文库，主带要求在20k以上。如果构建10-20k文库，主带要求在40k以上。

基因组重测序
基因组重测序是指对已有参考基因组序列的物种进行个体或群体的基因组测序。通过重测序可以在全基因组水平上发现不同个体或组织细胞之间的差异。通过这种方法，可以寻找出大量的单核苷酸多态性位点（SNP），插入缺失位点（InDel，Insertion Deletion），结构变异位点（SV，Structure Variation），拷贝数变异（Copy Number Variation，CNV）等变异信息，从而获得生物群体的遗传特征。这对在群体水平上研究物种的进化历史、环境适应性、自然选择等方面具有重大意义。利用全基因组重测序有助于快速发现与动植物重要性状相关的遗传变异，缩短分子育种的实验周期；有助于发现人类疾病相关的重要变异基因，加快生物医药研发的速度等。
1、技术线路

2、信息分析
原始数据处理
序列mapping至参考基因组
SNP、InDel、SV及CNV等结构变异的检测
结构变异数据的深度过滤
结构变异数据的功能注释
3、样品要求
1、动物组织样品：要求新鲜动物组织，避免脂肪组织，每个样品重量＞10 g。
2、血液样品：每份新鲜血液样本的体积＞5 mL。
3、植物样品：要求新鲜较嫩的叶片组织，每个样品重量＞10 g，干冰或者液氮保存寄送。
4、 DNA样品：请提供浓度＞100 ng/μl，总量＞20 μg的DNA，OD 260/280介于1.8~2.0之间，并确保DNA无降解。
5、样品保存期间切忌反复冻融。
6、送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm 膜密封。

以上仅供参考，具体细节有意者详谈（建库大小、测序深度等），联系QQ1003229891