转录组denovo测序

服务名称 ：转录组denovo测序

提供商 ：然钠生物

规格 ：2*150 4G数据

转录组的denovo测序，使用Nextseq 500平台，4G数据产出。

转录组是特定物种、组织或细胞类型转录的所有RNA（转录本）的集合，包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA， 非编码RNA又包括：tRNA，rRNA，snoRNA，microRNA，piRNA，lncRNA等。通过比较转录组或基因表达谱的研究以揭示生物学现象或疾病发生的分子机制是高通量组学研究的一个常用策略。利用高通量测序技术研究转录组在全面快速得到基因表达谱变化的同时，还可以通过测定的序列信息精确地分析转录本的cSNP（编码序列单核苷酸多态性）、可变剪接等序列及结构变异，另外对于检测低丰度转录本和发现新转录本具有其独特的优势。

3.1 技术路线

3.2 生物信息学分析

1) 原始数据整理、过滤及质量评估

2) 转录组测序分析：

i. ♦转录组拼接

ii. ♦Unigene聚类及GO注释

iii. ♦eggNOG分类注释

iv. ♦KEGG分类注释

v. ♦Unigene的表达量分析

vi. ♦Unigene的表达量差异分析(样本数≥2)

vii. ♦差异表达的Unigene的聚类分析(热图)(样本数≥3)

viii. ♦差异表达的Unigene的富集分析(GO、KEGG) (样本数≥2)

3) 高级信息分析

i. cSNP分析

ii. SSR分析

iii. ORF分析

4) 3根据客户需求进行个性化分析

3.3 送样要求

1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。

2）样品的量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。

3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 8。

4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。