CLIP测序

服务名称 ：CLIP测序

提供商 ：上海惠研生物科技有限公司

规格 ：欢迎致电询价。

App NGS-10 RIP/CLIP测序


CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitationandhigh-throughput sequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式，并揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。

主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA片段，经添加接头、RT-PCR等步骤，对这些分子进行高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、总结，挖掘出其特定规律，从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。依据处理环节的稍微差别，CLIP-Seq目前有不同变体形式，例如 PAR-CLIP和HIT-CLIP。



我们的优势


检测范围广：全基因组范围的RNA蛋白结合位点鉴定分析；
高性价比：基于抗体富集目标区域，有效降低测序数据量；
提供从实验设计，样品制备，测序，数据挖掘，到科学问题解析的整体方案
提供给客户专业的结题报告：将结合相关领域的现有研究成果，解析相关功能作用或分子机制


测序服务流程
基础数据分析


1. 原始数据处理: 过滤掉低质量的reads，去除barcode 和adapter序列，去除PCR duplication reads，得到clean reads。

2. 基因组和转录组比对

将clean reads 比对到基因组，将不能比到基因组的reads比到转录组，筛选出唯一比上的reads

3. 显著结合峰的识别与鉴定

将重叠的reads 聚类，鉴定识别结合峰，将一定范围内的结合峰聚成簇(cluster)
4. 结合峰特征分析: 统计结合峰的在基因组的各区域的分布、长度分布、间距分布、结合位点的区域富集特征等。
5. 所结合的靶基因功能聚类: 对有显著结合峰的基因进行功能聚类，分析此RNA结合蛋白所调控的生物学通路。

6. 最小结合基序分析: 分析结合序列的共有基序(motif)，分析结合序列的碱基类型分布

7. 靶基因直系同源基因分析: 分析具有跨物种直系同源性质共同属于CLIP cluster靶基因的基因及其分布测序特征和趋势； 分析不同CLIP-Seq cluster 共同靶向位点临近性（空间距离临近的cluster)



7. 结合靶标的数据可视化展示。

8. 反义转录结合位点(antisense binding sites)分析。

高级数据分析


深度解析CLIP-Seq数据，全基因组范围内鉴定RNA结合蛋白在不同RNA上的结合位点，展示RNA结合目标分布、结合基因、结合位点、结合基序和机制，进而发现新的机制和功能。可将CLIP-Seq与RNA-Seq等数据整合分析，研究RNA与蛋白结合后的转录后加工的调控机制。

1 CLIP-Seq 靶向区域特征高级分析-1

基因区域内splicing区域，intron区域等特征，分析靶基因可变剪切，内含子保留是否收到RNA结合蛋白的调控；同时，物种保守型特征（conservation) 加以分析。


2 CLIP-Seq 靶向区域特征高级分析-2

分析关注lncRNA基因区域的 CLIP-Seq cluster特征分布
3内含子CLIP-seq结合位点特点分析: 内含子位置效应和CLIP Seq cluster 关联性；motif 特征与intron的位置效应
4 RNA-Seq 表达谱关联分析（敲除实验功能验证后期的分析）

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