产品详情
文献和实验
相关推荐
服务名称 :ChIP-Seq
提供商 :锐博生物
染色质免疫沉淀-深度测序(ChIP-Seq)是将染色质免疫沉淀(ChIP)与深度测序技术相结合所产生的一种高通量技术。这种技术,为全基因组 范围内分析DNA结合蛋白结合位点分布、组蛋白修饰、核小体定位和DNA甲基化等研究领域提供了一种高分辨率、低噪音、高覆盖率的研究方法,是进行基因调 控和表观遗传机制研究的极佳选择。锐博生物结合自身多平台技术优势,独家提供最全面的组蛋白修饰位点ChIP-Seq整体服务,助您解开表观遗传组学“组蛋白密码子”的神秘面纱!
目前所提供的组蛋白修饰ChIP-seq服务,涵盖以下26种组蛋白修饰形式:
Histon H3 | Histon H3K36me1 |
Histon H3.3 | Histon H3K79me2 |
Histon H2A.Z | Histon H3K14ac |
Histon H3K4me3 | Histon H3K18ac |
Histon H3K4me2 | Histon H3K27ac |
Histon H3K4me1 | Histon H4K12ac |
Histon H3K9me3 | Histon H3K9ac |
Histon H3K9me2 | Histon H3K36ac |
Histon H3K9me1 | Histon H2BK5ac |
Histon H3K27me3 | Histon H2BK120ac |
Histon H3K27me2 | Histon H3K56ac |
Histon H3K27me1 | Histon H2AK119ub1 |
服务内容:
ChIP:
锐博生物采用国际知名品牌最高质量的ChIP级别抗体,提供前期ChIP实验,确保获得最佳的实验结果;
Seq:
采用国际主流新一代测序平台,提供专业的测序及生物信息学分析服务。
测序平台:Illumina HiSeq 2500
测序参数:SE 50,20M clean reads
注:仅限于人、大小鼠物种的细胞样本,细胞数量达到10的7次方 。
ChIP简图
生物信息分析内容:
标准数据分析内容:
1、去除接头序列及低质量reads的处理
2、测序质量评估
3、序列比对
4、测序reads全基因组分布图
5、结合峰鉴定
6、结合峰基因元件分布
7、差异结合峰检测
8、差异结合峰相关基因GO功能富集分析
9、差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析
个性化数据分析内容:
结合峰的motif检测
应用案例:
组蛋白甲基化修饰一种重要的表观遗传学调控机制,参与基因转录调控过程。其中H3K4me3、H3K36me3与基因激活相关。
2012年,来自西班牙、意大利等国科学家组成的研究团队,利用ChIP -Seq技术检测了全基因组范围的H3K4me3、H3K36me3组蛋白修饰情况,结合转录组测序技术,鉴定了在胰岛组织及β细胞中特异性表达的lncRNA。
(A)分析流程大纲。
(B)10个H3K4me3高表达阳性基因在3种胰腺细胞组分(Islets、FACS β及Acinal)的RNA-seq表达情况。
(C)INS位点分别在染色质(ChIP-Seq)及RNA-Seq的定位。
(D)不同lncRNA分类的定义及数量。
(E)密码子替换率的核密度估计图。红色表示islet lncRNAs,黑色曲表示随机基因间区,绿色表示随机编码蛋白的外显子。
(F)转录水平的核密度估计图。绿色表示所有RefSeq 基因,红色表示基因间区lncRNA,绿色表示反义链lncRNA。(Mor?n I, et al. Cell metab.2012)
广州市锐博生物科技有限公司
品牌商实名认证
钻石会员
入驻年限:16年