TargetSeq-03 人类全外显子组测序

服务名称 ：人类全外显子组测序

提供商 ：上海惠研生物科技有限公司

规格 ：欢迎致电询价。

人类全外显子组测序


外显子组测序（exome sequencing）是利用芯片或探针杂交富集外显子DNA序列，然后进行高通量测序的方法。由于疾病相关的突变大部分集中在 蛋白编码序列（开放读码框），且外显子只占基因组大小的1%，因此外显子组测序能够、较经济地、针对性地对基因区域进行扫描，鉴定外显子上与疾病相关的碱 基变异。该方法能够获得指定外显子捕获平台探针设计区域及侧翼200bp序列的遗传信息，极大地提高了人类基因组中外显子区域的研究效率，显著降低了研究 成本。外显子组测序主要用于识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区及UTR区域内的结构变异。结合大量的公共数据库 提供的外显子数据，有利于更好地解释所得变异结构之间的关联和致病机理。目前，外显子组测序已广泛用于单基因病（孟德尔疾病）、癌症等复杂疾病的研究，成为鉴定致病突变、揭示疾病发生机制、提供诊断治疗参考的重要工具。 BioGenius 会针对项目需要采用Roche NimbleGen、Agilent和Illumina公司的捕获芯片富集全外显子组序列，并在Illumina公司的Hiseq2500高通量测序平台对外显子组捕获测序进行深度测序服务。



我们的技术优势

• 高特异性：外显子区域覆盖全面，捕获特异性高。数据量充分，满足精准定位突变体基因
• 发现罕见变异：更深的覆盖度和更高的数据精确性，极大地提高了对稀有变异的检测能力。
• 高性价比：外显子区域的功能注释信息较为全面，且绝大部分疾病或性状相关的变异位于外显子区域，外显子组测序可更为经济有效的发现疾病或性状相关的变异，并结合公共数据库的注释信息方便开展变异序列的生物学意义研究。
• 针对遗传病或复杂疾病提供全面专业系统的生物信息分析服务

捕获技术方法简介-Roche NimbleGen外显子捕获产品

Roche NimbleGen外显子组捕获芯片包括两种不同的产品。SeqCap EZ Exome产品捕获区域达64 Mb，
SeqCap EZ Exome + UTR产品捕获区域达64 Mb + 32 Mb。
用于探针设计的数据库涵盖RefSeq, Vega, Gencode, Ensembl, CCDS和miRBase，可更全面的覆盖编码区序列，捕获效率更高，
可更为经济有效的发现更多的编码区序列变异。Nimblegen外显子组捕获产品支持多个样品混合进行捕获实验。

靶向捕获测序项目 实验流程





全面的生物信息学分析（含疾病突变数据库）


我公司采用基于经过深度优化的分析流程识别SNP/Indel 优势在于控制各类型假阳性错误，包括
1.可识别可能的PCR导致的错误
2.通过训练模型并依据单倍型质量得分（Haplotype Score）去除错误SNP
1.通过Inbreeding Coefficient过去所有杂合Het SNPs
2.根据测序链的偏差判定并过滤假阳性SNP
3.依据低质量区域（MQ resion）判定并过滤假阳性SNP
4.根据ReadPosRankSum指标过滤SNP
5.根据染色质端粒和着丝粒临近区域SNP的质量与特征过滤SNP


1. 基因组比对（BWA）
初步比对 （initial mapping）
重新比对 （refinement of the initial reads）
SNP-InDel识别 （multi-sample indel and SNP calling）
变异体的质量得分矫正（quality score recalibration）




2 突变体注释分析
突变体注释：1000G database, dbSNP, COSMIC, OMIM, HGMD(人类疾病数据库）等专业数据库的注释分析与过滤

•疾病数据库，变异体数据库包括：OMIM，CLINVAR，COSMIC，NCI60，ESP (exome sequencing project)

Database Name	Categorical Prediction
CLINVAR	ClinVar数据库提供变异体与人类健康信息 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/
COSMIC68	COSMIC数据库（Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer） 囊括文献记载的不同肿瘤中的体细胞变异。 http://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/projects/cosmic/
NCI60	NCI-60 cell lines细胞系数据库提供研究常用的人类肿瘤细胞系，注释给出相应 allele 频率信息； 参考文献：http://cancerres.aacrjournals.org/content/73/14/4372.full The Exomes of the NCI-60 Panel: A Genomic Resource for Cancer Biology and Systems Pharmacology Cancer Res July 15, 2013 73:4372-4382; Published OnlineFirst July 15, 2013;
ESP (exome sequencing project)	ESP是NHLBI资助的外显子测序计划，目的是识别超过6000人群内的遗传变异体，包括 健康个体与疾病受测个体。目前注释给出近期发布的该计划数据集内的allele频率 （最近版本：Feburary 2013）。 http://evs.gs.washington.edu/EVS/

•非同义功能变异的蛋白危害性评估
•对于非同义功能变异（non-synonymous）的蛋白危害性和保守型评价有不同的方法和算法,包括：
SIFT scores, PolyPhen2 HDIV scores, PolyPhen2 HVAR scores, LRT scores, MutationTaster scores, MutationAssessor score, FATHMM scores, GERP++ scores, PhyloP scores 和 SiPhy scores。

Score (dbtype)	Categorical Prediction
SIFT (sift)	D: Deleterious (sift<=0.05); T: tolerated (sift>0.05)
PolyPhen 2 HDIV (pp2_hdiv)	D: Probably damaging (>=0.957), P: possibly damaging (0.453<=pp2_hdiv<=0.956); B: benign (pp2_hdiv<=0.452)
PolyPhen 2 HVar (pp2_hvar)	D: Probably damaging (>=0.909), P: possibly damaging (0.447<=pp2_hdiv<=0.909); B: benign (pp2_hdiv<=0.446)
LRT (lrt)	D: Deleterious; N: Neutral; U: Unknown
MutationTaster (mt)	“A" ("disease_causing_automatic"); "D" ("disease_causing"); "N" ("polymorphism"); "P" ("polymorphism_automatic")
MutationAssessor (ma)	H: high; M: medium; L: low; N: neutral. H/M means functional L/N means non-functional
FATHMM (fathmm)	D: Deleterious; T: Tolerated
MetaSVM (metasvm)	D: Deleterious; T: Tolerated
MetaLR (metalr)	D: Deleterious; T: Tolerated
GERP++ (gerp++)	higher scores are more deleterious
PhyloP (phylop)	higher scores are more deleterious
SiPhy (siphy)	higher scores are more deleterious

高级生物信息学分析还有提供：

1. 肿瘤基因组分析：Genome circos plot for mutations/SNV/SNP/INDEL


2. 肿瘤基因组外显子组测序分析-驱动基因预测
driver mutation prediction





3. 肿瘤起源进化分析




4 基于外显子靶向测序的 ctDNA 游离循环肿瘤DNA 测序




目前可以提供多组肿瘤特异基因标志物的 ctDNA技术服务(价格请电话咨询 400-016-9606)：

5 蛋白空间结构预测分析
针对外显子组测序结果识别到的突变位点的蛋白分子结构进行建模与模拟，分析突变体与WT结构差异，解读分析突变体蛋白功能改变。



6 突变与生存期分析
7 突变基因蛋白相互作用网络分析




8 MHC靶向捕获测序

基于MHC靶向捕获测序技术分析MHC基因多态性 （HLA基因等）

Nomenclature for Factors of the HLA System


分析策略-MHC/HLA haplotype 单倍型分析

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