App Epi-01E02 核小体定位预测与基因表达调控分析

服务名称 ：核小体定位预测与基因表达调控分析

提供商 ：上海惠研生物科技有限公司

规格 ：欢迎致电询价。

App Epi-01E02 核小体定位预测与基因表达调控分析

核小体组织(nucleosome organization)与定位(Positioning)会影响基因的表达。核小体在基因组上的定位分析证实了核小体富集和消除的DNA区域具有特殊的DNA序列特征，并且与基因的表达活性相关。本方案可以针对二代测序或ChIP-on-chip数据对核小体组织进行精细的全面的解析。我们将根据组学手段获得的核小体DNA结合片段重构核小体在基因调控中的关联，核小体结合信号与DNA区域特征的识别，基于DNA序列特征预测基因组核小体的全基因组范围的结合情况。

主要分析内容与步骤：

（1）根据基因组序列特征预测核小体结合位置信号

根据基因组序列构建核小体结合谱模型：考虑在核小体长度(147bp)上的特异性二核苷酸周期出现频度规律；核小体结合序列的偏好性。核小体结合序列的偏好性不会考虑在核小体长度上具体位置，主要是核小体非结合区域（消除区域）的DNA序列偏好性。

a. 在核小体结合区域中心临近的146-148bp长度上，分析是否具有大约以10bp为周期重复出现的AA/AT/TA/TT和CC/CG/GC/GG双核苷酸组成（图例2A）；

b. 分析linker和核小体结合DNA序列区域上5-mer富集情况，包括考虑A/T和C/G的成分富集情况（图例2B）；

c. 预测核小体结合模型所需要考虑的因素（图例2C）；

（2）基因起始和末端附近核小体depletion的水平和长度计算

a. 通过计算nucleosome depletion strength (NDS)将基因序列边界分类为5类：no boundary; Boundary strength 2;Boundary strength 5; Boundary strength 10;Boundary strength 20。计算统计分析每类基因边界上的核小体结合（强度/富集）情况 （图例3A，B）。

b. 根据本方案构建的基于基因组序列的核小体结合定位模型，我们计算统计相应基因边界上的核小体平均结合强度分布（图例3C,D）

c. 核小体消除区域与Poly(dA:dT)边界关联分析：核小体边界分为3种情况：

<1>. 远离转录因子结合位点的边界

<2>. 靠近转录因子结合位点的边界

<3>. 在非启动子序列上的边界

（3）染色质调控类型分析

分析<1>. 具有TATA序列成分和转录因子结合位点被核小体覆盖的启动子，以及<2>. 缺少TATA序列成分和转录因子结合位点上核小体缺失的启动子；这两种情况是具有最大和最小噪音的启动子，其他类型的TATA特征与转录因子结合位点上核小体富集程度组合情况下的转录噪音水平也可以分别给出。

首先，针对<1>. 情况分析最大噪音的启动子时，在TATA存在时核小体也同时存在的情况下，被覆盖核小体的转录因子结合位点上就越需要转录因子同核小体竞争。这种情形会导致转录调控的复杂性。我们可以针对这类基因的转录结合位点特征，靶基因的功能类型展开深入的探索，因为有研究证实这类基因启动子上核小体定位区域富集了TATA序列成分，并且是染色质重构复合物的靶点。本方案可以同步利用组蛋白替换速率进行染色质重构复合物与核小体定位的综合分析。

另外，针对<2>.情况分析最小噪音的启动子时，在TATA缺失时核小体也同时缺失会使得转录因子易于接近并使得靶基因组成型表达；已有研究证实这类基因属于核心基因，核糖体蛋白基因等。这些基因的调控存在非常低噪音，着保证了他们表达的稳定性。

根据对应的基因表达芯片，通过K-means聚类，我们可以将包含TATA的基因和表达谱情况关联分类。

-----------------------------------------------------------

惠研云 | DaaS数据即服务 开创科学研究新思路
0 经验 0 背景的生物信息学小白也能立马上手

惠研生物致力于转化医学的技术研发服务为肿瘤基因组与疾病基因组提供强有力的大数据分析平台依据临床需求，为医生科室医院级别构建专病特色数据库通过AI遗传解读系统为临床患者提供自动化全方位解读病情，诊疗的方案，为患者获取更大获益的质量方案；为医生临床科研联动提供信息化平台。

其自主创新研发的“惠研云 BioGenius“平台，基于新一代测序技术，为科研工作者提供一站式生物医学大数据与临床转化服务：如实验方案（iProtocol）, 实验服务，数据存储，医学统计与生物信息学自动计算分析平台，基础科研应用与转化医学解决方案，样本管理与项目管理等辅助信息系统等产品；满足从样本，实验，数据，分析到课题架构的全栈式开发服务，相应快速便捷的转化医学的研发需求。

我们的优势

• 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台，实验周期短，质量可靠。

• 拥有Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多种高通量测序平台。

• 技术人员经验丰富，可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。

• 拥有专业的生物信息团队和超算服务器，可为合作伙伴提供全面生物信息分析服务与技术支持。
  

惠研生物科技服务内容

• 科研方案咨询服务

• 课题基金申请指导

• 实验方案设计服务

• 整体实验实施服务

• 生物统计与数据挖掘

• 临床支持与转化服务

• SCI论文发表全程支持

服务流程
整体实验技术服务分为两种类型：

1. 当提供方案时，进行可行性评估并进行报价，然后进行反馈沟通，最终敲定方案执行；

2. 当无方案时，根据研究热点和方向进行个性化设计，然后进行沟通从而确定方案。
   

为什么选择BioGeniusCloud进行生命科学和人工智能分析？
生命科学分析软件

丰富的数据科学工具库
为研究与论文发表提供高质量可靠保证
BioGenius 帮助科学家准确快捷的搜素感兴趣的生物分子基因和研究候选对象，加速了科学研究进程。我们了解高质量研究需要的软件和算法，可以提供可追溯，可重复验证和可发表的数据分析。因此，我们能为您提供可以信赖的数据科学工具和无代码化的部署和运用方式体验，帮助您更好的将精力用于课题和科学问题的设计和提出等更重要的方面。




惠研云 | 挖掘生命数字大数据产业价值
基于异构架构和超高速网络计算 | 成为科学研究第一推动力

BioGenius 惠研云平台，目前含有R语言包（>7万），Python包（>3万），Perl模块（>20万）等累计超过>500万个模块函数，满足需求、快速落地，程序自由搭建组合，并提供行业内细分领域丰富的最佳实践案例。惠研云平台已经对每个上线的程序完成了基准测试，可以按需提供智能连接和使用，实现线上快速部署，精准批量自动调度运行，以优化研发需求。借助惠研云AI智能分析工具，比如肿瘤基因组研究和新药研发等领域，可以实现在云端快速部署实验和运行分析，达到更快、更简单地完成研究任务 。





万物之始 大道至简 衍化至繁
惠研云 | 生物医学大数据计算平台 助力科研澎湃动力

惠研生物累计参与1000+科研项目
累计参与发表文献数目130多篇，累计影响因子919分

BioGeniusCloud 数据科学分析，帮助研究人员顺利登顶重磅学术期刊 发表高引用率论文获得同行认可。

研究领域




丰富的应用程序
通过惠研云无感知接口完成计算 | 从实验到数据得心应手

领先的数据驱动精准医学研发平台




DaaS数据即服务｜提供科研澎湃动力

制定一份可靠的疾病研究路线图和目标识别战略耗时数月，在数据搜索、收集和解释等方面投入大量资源。告别传统繁琐模式，借助惠研云分析工具，可以更快，更简单地完成研究任务，这些工具可以在我们的云端快速部署和运行，探索数据的未知，并能够结合和利用科学界生成的所有科学数据解释 OMICs 数据。

同时，你无需花费时间试图将数据转换成可解读的格式或等待生物信息学家的解读，您可以通过惠研云平台访问和获取截至目前为止科学界生成的全部组学数据。所有的数据会以统一的方式进行处理和上传，让你能够完全专注于科学和数据解读。



数据为驱动｜拓展可视化视野

想要获得科研的突破性优势，必须进行竞争性的实验设计以及周密严谨的分析,并可视化绘制出漂亮的报表与图。我们的分析报告就是这样做的。惠研云15年技术沉淀，利用知识驱动的数据库和无感知计算接口提供无偏差的图片和数据信息资源，用于推动科学研究的决策，制定研究策略，识别新的探索未知可能的机会和线索。

高性能节点服务器 | 分析无忧

基于Dell，超威等国际知名服务器供应商的支持，运用高性能刀片节点高密度计算性能，总计提供20000+核心算力，保证24x7连续生产力安全稳定。

Nvme SSD硬盘 | 让分析速度飞起来

基于Nvme SSD固态硬盘加速器，可以淋漓尽致发挥出网络计算的魅力，让你的任务计算飞起来！

高通量 | 高速率 | 无阻塞网络集群

高通量测序数据日益加大，呈指数型积累上升，必须交由高速网络提速分析。

基于以色列Infiniband技术，惠研云构建优化了集群计算性能，使得计算IO提升300%，持续数据交互速率提高到2T总带宽，保证集群中任务与数据0延迟，无阻塞。

深耕科研领域15年
国内数百家知名医疗机构信赖之选

惠研生物BioGenius为客户带来基因组的实时计算服务，构建全自动化云计算平台 。目前，惠研生物联合中国科学院生命科学院与全国三甲级医院科研团队共同研发 ，基于BioGenius 探索人类健康预防与机制的科学课题，人基因组学大数据, 多项成果陆续发表登录国际知名期刊，并与国内数百家知名企业深度合作，值得信赖！

点击上图了解“惠研云”生物医学数据计算平台


联系我们
上海惠研生物科技有限公司
官方网站：www.biogenius.cn
微信号：微信搜索“惠研生物”
客服电话：：400-016-9606
技术咨询：180-1908-2932（微信同号）
企业邮箱：service@biogenius.cn